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8bah

Human Mre11-Nbs1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 109.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Double-strand break repair protein MRE11

Homo sapiens

UniProt P49959

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–708 链 B； UniProt 1–708 突变：H129N Nibrin × 1 （O60934） MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；20 mM HEPES (pH 7.0), 140 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2, 0.020 mM ZnCl2, 0.2 mM TCEP, 2 mM ATPgS, plus 0.05 percent beta-OG cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.13 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BAH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3T1I Crystal Structure of Human Mre11: Understanding Tumorigenic Mutations 提交 2011-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–411（411 aa） 片段：UNP residues 1-411
链 B 1–411（411 aa） 片段：UNP residues 1-411
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 4 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；14% PEG 3350, 0.1M Bicne, 0.5mM manganese chloride, 2mM Dithiothreitol, 4mM Glutathione, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.250
3T1I Crystal Structure of Human Mre11: Understanding Tumorigenic Mutations 提交 2011-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–411（411 aa） 片段：UNP residues 1-411
链 D 1–411（411 aa） 片段：UNP residues 1-411
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 4 GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；14% PEG 3350, 0.1M Bicne, 0.5mM manganese chloride, 2mM Dithiothreitol, 4mM Glutathione, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.250
8K00 RPA70N-MRE11 fusion 提交 2023-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 538–563（26 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Ammonium sulate
分辨率 1.40 Å R-free 0.199
9Q9H Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 complex bound to DNA 提交 2025-02-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
9Q9I Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA 提交 2025-02-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9Q9J Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9Q9K Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50 (MR) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.59 Å
9Q9M Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 提交 2025-02-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 1–708（708 aa）
链 E 1–708（708 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9ULO Cryo-EM structure of Human Mre11-Nbs1 complex 提交 2025-04-20 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–708（708 aa）
链 B 1–708（708 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MRE11_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–708； UniProt 1–708 作者链 B； PDB构建体 1–708； UniProt 1–708

Nibrin

Homo sapiens

UniProt O60934

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–754 未记录 Double-strand break repair protein MRE11 × 2 （P49959） MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7；20 mM HEPES (pH 7.0), 140 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2, 0.020 mM ZnCl2, 0.2 mM TCEP, 2 mM ATPgS, plus 0.05 percent beta-OG cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.13 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BAH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
5WQD Crystal structure of TRF2 TRFH in complex with an NBS1 peptide 提交 2016-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 423–438（16 aa） 片段：UNP residues 423-438
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, 20% PEG8000, 2mM DTT
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
7SID Human ATM Dimer Bound to Nbs1 提交 2021-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 727–754（28 aa）
链 D 727–754（28 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
9Q9I Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to DNA 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 F 1–754（754 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9Q9J Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 fragment (438-542) 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–754（754 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9Q9M Cryo-EM structure of human Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) complex bound to DNA and telomeric factor TRF2 提交 2025-02-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 F 1–754（754 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 1 mM ATP, 1mM BeF3, 5 mM MgCl2, 1 mM MnCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9ULO Cryo-EM structure of Human Mre11-Nbs1 complex 提交 2025-04-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–754（754 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NBN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bah

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bah
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bah
沉积日期 deposition_date2022-10-11
结构标题 titleHuman Mre11-Nbs1 complex
关键词 keywordsDNA repair, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.87 Å
零角强度 I(0) i0147757000.00
分子量 molecular_weight97624.0 kDa
排除体积 excluded_volume122440 ų
包络体积 envelope_volume155930 ų
水化壳体积 shell_volume40158 ų
包络直径 envelope_diameter116.2 Å
壳层 Rg shell_rg38.95 Å
包络 Rg envelope_rg33.11 Å
形状 Rg shape_rg32.91 Å
总 Rg total_rg33.26 Å
总原子数 total_atoms13675
残基数 n_residues855
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.3 Å
Rg (实空间) rg_real33.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal147800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8912
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.9 Å
偏度 Skewness skewness0.299
峰度 Kurtosis kurtosis-0.510
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29740000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.889
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)