NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–399 | 未记录 | Active regulator of SIRT1 × 1 （Q86WX3） ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl | 分辨率 3.27 Å R-free 0.261 |
| 2 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 1–399 | 未记录 | Active regulator of SIRT1 × 1 （Q86WX3） ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl | 分辨率 3.27 Å R-free 0.261 |
| 3 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 C； UniProt 1–399 | 未记录 | Active regulator of SIRT1 × 1 （Q86WX3） ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl | 分辨率 3.27 Å R-free 0.261 |
| 4 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 D； UniProt 1–399 | 未记录 | Active regulator of SIRT1 × 1 （Q86WX3） ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl | 分辨率 3.27 Å R-free 0.261 |
| 5 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 E； UniProt 1–399 | 未记录 | Active regulator of SIRT1 × 1 （Q86WX3） ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl | 分辨率 3.27 Å R-free 0.261 |
| 6 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 F； UniProt 1–399 | 未记录 | Active regulator of SIRT1 × 1 （Q86WX3） ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl | 分辨率 3.27 Å R-free 0.261 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8BBK | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3GLR Crystal Structure of human SIRT3 with acetyl-lysine AceCS2 peptide 提交 2009-03-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 BCT BICARBONATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 15% (w/v) PEG 12000 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
突变：residues 118-399 | ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
突变：residues 118-399 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
突变：residues 118-399 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
突变：residues 118-399 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
突变：residues 118-399 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
突变：residues 118-399 | ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.244 |
| 3GLT Crystal Structure of Human SIRT3 with ADPR bound to the AceCS2 peptide containing a thioacetyl lysine 提交 2009-03-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 17% w/v PEG 12000 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.228 |
| 3GLU Crystal Structure of Human SIRT3 with AceCS2 peptide 提交 2009-03-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：Human SIRT3, residues 118-399
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 17% w/v PEG 12000 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.248 |
| 4BN4 Structure of human SIRT3 in complex with ADP-ribose 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 OP2 2-[2-[2-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
30% (V/V) PEG600, 5%(W/V) PEG1000, 10% (V/V) GLYCEROL, 0.1 M MES, PH 6.0
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.179 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 J
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 K
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 12 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 L
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 G
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 H
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 I
119–399（281 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.265 |
| 4BV3 CRYSTAL STRUCTURE OF SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND NAD 提交 2013-06-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.2 M (NH4)2SO4, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.209 |
| 4BVB CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
|
未记录 | OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.08 M KH2PO4 18 % PEG 8000 20% GLYCEROL
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 4BVE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE 提交 2013-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.208 |
| 4BVE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE 提交 2013-06-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.208 |
| 4BVF CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF THE INHIBITOR EX-527 提交 2013-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：;RESIDUES 116-399'
;
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.230 |
| 4BVF CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF THE INHIBITOR EX-527 提交 2013-06-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：;RESIDUES 116-399'
;
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.230 |
| 4BVG CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH NATIVE ALKYLIMIDATE FORMED FROM ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF THE INHIBITOR EX-527 提交 2013-06-25 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 XYQ (2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL ACETATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M BISTRIS PH 5.5, 21% PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.248 |
| 4BVH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 4BVH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 4BVH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 4C78 Complex of human Sirt3 with Bromo-Resveratrol and ACS2 peptide 提交 2013-09-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：RESIDUES 116-399
|
未记录 | BVB 5-[(E)-2-(4-bromophenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；250 MM (NH4)2SO4, 100 MM BISTRIS PH 6, 21% (W/V) PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.241 |
| 4C7B Complex of human Sirt3 with Bromo-Resveratrol and Fluor-De-Lys peptide 提交 2013-09-20 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
117–399（283 aa）
片段：RESIDUES 117-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BVB 5-[(E)-2-(4-bromophenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；200 MM NACL,100 MM HEPES PH 7, 10% (V/V) ISOPROPANOL
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 4FVT Human SIRT3 bound to Ac-ACS peptide and Carba-NAD 提交 2012-06-29 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
122–395（274 aa）
片段：UNP residues 122-395
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；0.2M lithium sulfate monohydrate, 15% (w/v) poly-ethylene glycol (PEG) 12000, and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.47 Å R-free 0.249 |
| 4FZ3 Crystal structure of SIRT3 in complex with acetyl p53 peptide coupled with 4-amino-7-methylcoumarin 提交 2012-07-06 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.85M HEPES-NA, 8.5%(V/V) ISO-PROPANOL, 17%(W/V) PEG4000, 15%(V/V) GLYCEROL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.282 |
| 4HD8 Crystal structure of human Sirt3 in complex with Fluor-de-Lys peptide and piceatannol 提交 2012-10-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：UNP residues 116-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PIT PICEATANNOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200 mM NaCl, 100 mM HEPES pH 7, 10% (v/v) isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.240 |
| 4JSR Crystal Structure of human SIRT3 with ELT inhibitor 11c [N-{2-[1-(6-carbamoylthieno[3,2-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-yl]ethyl}-N'-ethylthiophene-2,5-dicarboxamide] 提交 2013-03-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：UNP residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 1NQ N-{2-[1-(6-carbamoylthieno[3,2-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-yl]ethyl}-N'-ethylthiophene-2,5-dicarboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 4000 or 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 4JT8 Crystal Structure of human SIRT3 with ELT inhibitor 28 [4-(4-{2-[(2,2-dimethylpropanoyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide[ 提交 2013-03-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：UNP residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 1NR 4-(4-{2-[(2,2-dimethylpropanoyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.241 |
| 4JT9 Crystal Structure of human SIRT3 with ELT inhibitor 3 [14-(4-{2-[(methylsulfonyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide] 提交 2013-03-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：UNP residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 1NS 4-(4-{2-[(methylsulfonyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.247 |
| 4O8Z Crystal structure of human SIRT3 in complex with compound (2-butylbenzofuran-3-yl)(4-(2-(diethylamino)ethoxy)-3,5-diiodophenyl)methanone 提交 2013-12-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
116–399（284 aa）
片段：UNP RESIDUES 116-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.204 |
| 5BWN Crystal Structure of SIRT3 with a H3K9 Peptide Containing a Myristoyl Lysine 提交 2015-06-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：UNP RESIDUES 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2M Ammonium tartrate dibasic (pH 7.0), 20% w/v PEG 3350, 0.01M Urea
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.275 |
| 5BWO Crystal Structure of Human SIRT3 in Complex with a Palmitoyl H3K9 Peptide 提交 2015-06-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：UNP RESIDUES 118-399
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2M Ammonium formate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.287 |
| 5D7N Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution 提交 2015-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.203 |
| 5D7N Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution 提交 2015-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.203 |
| 5D7N Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution 提交 2015-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.203 |
| 5D7N Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution 提交 2015-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.203 |
| 5D7N Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution 提交 2015-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.203 |
| 5D7N Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution 提交 2015-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.203 |
| 5H4D Crystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Amiodarone hydrochloride 提交 2016-10-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
121–391（271 aa）
片段：UNP residues 121-391
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MCM 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10%(v/v) 2-Propanol, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.372 |
| 5H4D Crystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Amiodarone hydrochloride 提交 2016-10-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
121–391（271 aa）
片段：UNP residues 121-391
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MCM 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10%(v/v) 2-Propanol, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4,000
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.372 |
| 5Y4H Human SIRT3 in complex with halistanol sulfate 提交 2017-08-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
片段：UNP residues 118-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 8QF [(2~{S},3~{S},5~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{R},17~{R})-17-[(2~{R})-6,6-dimethylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-disulfooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-6-yl] hydrogen sulfate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Potassium phosphate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.269 |
| 5YTK Crystal structure of SIRT3 bound to a leucylated AceCS2 提交 2017-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric |
链 A
121–394（274 aa）
链 B
121–394（274 aa）
链 C
121–394（274 aa）
链 D
121–394（274 aa）
链 E
121–394（274 aa）
链 F
121–394（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 LEU LEUCINE × 6 LYS LYSINE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.1M MES monohydrate (pH6.2) and 8% PEG 20,000
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.237 |
| 5Z93 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K9bhb peptide 提交 2018-02-02 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
117–399（283 aa）
片段：UNP residues 117-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 1000
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.210 |
| 5Z94 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide 提交 2018-02-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
117–399（283 aa）
片段：UNP residues 117-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.191 |
| 5Z94 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide 提交 2018-02-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
117–399（283 aa）
片段：UNP residues 117-399
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.191 |
| 5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
121–394（274 aa）
片段：UNP residues 121-394
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.280 |
| 5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
121–394（274 aa）
片段：UNP residues 121-394
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.280 |
| 5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
121–394（274 aa）
片段：UNP residues 121-394
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.280 |
| 5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
121–394（274 aa）
片段：UNP residues 121-394
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.280 |
| 5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
121–394（274 aa）
片段：UNP residues 121-394
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.280 |
| 5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
121–394（274 aa）
片段：UNP residues 121-394
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.280 |
| 6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
121–394（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.275 |
| 6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
121–394（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.275 |
| 6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
121–394（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.275 |
| 6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
121–394（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.275 |
| 6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 K
121–394（274 aa）
|
未记录 | CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.275 |
| 6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
121–394（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.275 |
| 8ANC 14-3-3 sigma sirtuin-3 phospho-peptide complex 提交 2022-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 P
98–108（11 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M Hepes/NaOH pH 7.5, 0.2 M CaCl2, 26% (v/v) PEG 400, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP
|
分辨率 1.11 Å R-free 0.146 |
| 8CCW Crystal structure of human Sirt3 in complex with an acetylated HIV1 Tat-46-54 substrate peptide 提交 2023-01-27 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10 mg/ml human Sirt3-(118-399) in 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP were incubated with 2 mM ac-Tat-46-54 for 60 min at 293.15 K. The complex was crystallized using the sitting-drop vapor-diffusion method at 293.15 K with 100 mM MES, pH 6.0, 30% (w/v) PEG 200, 5% (w/v) PEG 3000 as reservoir solution.
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.209 |
| 8CCZ Crystal structure of human Sirt3 in complex with an inhibiting HIV1 Tat-37-59 peptide 提交 2023-01-28 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10 mg/ml human Sirt3-(118-399) in 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP were incubated with 2 mM Tat-37-59 in 10% (v/v) DMSO for 60 min at 293.15 K. The complex was crystallized using the sitting-drop vapor-diffusion method at 293.15 K with 100 mM CHES, pH 9.0, 20% (w/v) PEG 8000 as reservoir solution.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.276 |
| 8CCZ Crystal structure of human Sirt3 in complex with an inhibiting HIV1 Tat-37-59 peptide 提交 2023-01-28 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10 mg/ml human Sirt3-(118-399) in 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP were incubated with 2 mM Tat-37-59 in 10% (v/v) DMSO for 60 min at 293.15 K. The complex was crystallized using the sitting-drop vapor-diffusion method at 293.15 K with 100 mM CHES, pH 9.0, 20% (w/v) PEG 8000 as reservoir solution.
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.276 |
| 8HLW Crystal structure of SIRT3 in complex with H4K16la peptide 提交 2022-12-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
119–399（281 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.243 |
| 8HLY Crystal structure of SIRT3 in complex with H3K23la peptide 提交 2022-12-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
119–399（281 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS pH at 6.5, 28% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.203 |
| 8HN9 Human SIRT3 Recognizing CCNE2K348la peptide 提交 2022-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
122–395（274 aa）
链 B
122–395（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.8 M succinic acid, pH 7.0, 0.01M Imidazole
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.218 |
| 8V15 Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide, Carba-NAD, and Honokiol 提交 2023-11-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.303 |
| 8V15 Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide, Carba-NAD, and Honokiol 提交 2023-11-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 Y4T (1P)-3',5-di(prop-2-en-1-yl)[1,1'-biphenyl]-2,4'-diol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.303 |
| 8V2N Human SIRT3 co-crystallized with ligands, including p53-AMC peptide and Carba-NAD 提交 2023-11-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
|
未记录 | CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.282 |
| 8V5U Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide and Honokiol 提交 2023-12-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 Y4T (1P)-3',5-di(prop-2-en-1-yl)[1,1'-biphenyl]-2,4'-diol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.246 |
| 9CBT Crystal structure of human sirtuin 3 fragment (residues 118-399) bound to intermediates from reaction with NAD and inhibitor NH6-10 提交 2024-06-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 5IA 2-{[(2S)-6-[(Z)-(1-{[(2R,3R,4R,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-hydroxy-2-sulfanyloxolan-3-yl]oxy}tetradecylidene)amino]-2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}hexanoyl]amino}-N,N,N-triethylethan-1-aminium (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.9, 100 mM MgCl2, 20 % w/v PEG8000, and 17.5 % w/v PEG400
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.239 |
| 9CBT Crystal structure of human sirtuin 3 fragment (residues 118-399) bound to intermediates from reaction with NAD and inhibitor NH6-10 提交 2024-06-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
118–399（282 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 5I7 (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-6-[[(2~{R},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-6-oxidanyl-2-tridecyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-1-[2-(triethyl-$l^{4}-azanyl)ethylamino]hexan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.9, 100 mM MgCl2, 20 % w/v PEG8000, and 17.5 % w/v PEG400
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.239 |
| 9KTK Crystal structure of human SIRT3 with its activator SKLB-11A 提交 2024-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
118–391（274 aa）
链 B
118–391（274 aa）
链 C
118–391（274 aa）
链 D
118–391（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 A1EHU methyl 2-azanyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]pyrrolo[3,2-b]quinoxaline-3-carboxylate × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 1.1M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.340 |
| 9KTK Crystal structure of human SIRT3 with its activator SKLB-11A 提交 2024-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–391（274 aa）
链 D
118–391（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 A1EHU methyl 2-azanyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]pyrrolo[3,2-b]quinoxaline-3-carboxylate × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 1.1M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.340 |
| 9KTK Crystal structure of human SIRT3 with its activator SKLB-11A 提交 2024-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
118–391（274 aa）
链 C
118–391（274 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 A1EHU methyl 2-azanyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]pyrrolo[3,2-b]quinoxaline-3-carboxylate × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 1.1M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.340 |
| 9S27 Crystal structure of human SIRT3 in complex with the covalent adduct of peptide triazole inhibitor LTDi1 and ADP-ribose 提交 2025-07-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
118–395（278 aa）
片段：UNP residues 118-395
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 2 A1JK8 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-(5-dodecyl-3-propyl-1,2,3$l^{4}-triazacyclopenta-2,4-dien-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of the SIRT3-[LTDi1-ADPR] complex (10.0 mg/mL SIRT3, 15 mM NAD+, 3 mM of LTDi1 with 1.5 % (v/v) final DMSO concentration) formed after 2 days in wells with an equal volume of 300 nL protein solution and 300 nL reservoir solution containing 3 M NaCl in 0.1 M Tris at pH 8.5.
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分辨率 1.60 Å R-free 0.194 |
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| UniProt名称 | SIR3_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399 作者链 B； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399 作者链 C； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399 作者链 D； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399 作者链 E； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399 作者链 F； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399 |
