8bjt

Structure of human PLK1 in complex with 2-Allyl-1-[6-(1-hydroxy-1-methyl-ethyl)-pyridin-2-yl]-6-[4-(4-methyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-1,2-dihydro-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PLK1

Homo sapiens

UniProt P53350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 37–330 未记录 ACT ACETATE ION × 1 8X7 1-[6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;16% w/v PEG4000, 0.1 M Na citrate pH 6.50, 0.6 M Mg acetate, 0.0003 M Zn acetate 分辨率 2.19 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–294; UniProt 37–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bjt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bjt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bjt
沉积日期 deposition_date2022-11-06
结构标题 titleStructure of human PLK1 in complex with 2-Allyl-1-[6-(1-hydroxy-1-methyl-ethyl)-pyridin-2-yl]-6-[4-(4-methyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-1,2-dihydro-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one
关键词 keywords;PLK1, SELECTIVITY RESIDUES, KINASE, POLO-LIKE KINASE, STRUCTURE BASED DRUG DESIGN, ATP-BINDING, NUCLEOTIDE-BINDING, PHOSPHORYLATION, SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.88
零角强度 I(0) i019178800.00
分子量 molecular_weight34187.0 kDa
排除体积 excluded_volume43325 ų
包络体积 envelope_volume51366 ų
水化壳体积 shell_volume21411 ų
包络直径 envelope_diameter70.5
壳层 Rg shell_rg26.67
包络 Rg envelope_rg20.36
形状 Rg shape_rg19.86
总 Rg total_rg20.90
总原子数 total_atoms2407
残基数 n_residues292
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.4
Rg (实空间) rg_real20.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50
I(0) (实空间) i0_real1.9180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19180000.0000
解质量估计 total_estimate0.6371
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.272
峰度 Kurtosis kurtosis-0.342
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6739000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.301; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)