8bkb

Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 2.2 A plunged 205ms after mixing with b-galactosidase

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 136.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin heavy chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–182 链 B； UniProt 1–182 链 C； UniProt 1–182 链 D； UniProt 1–182 链 E； UniProt 1–182 链 F； UniProt 1–182 链 G； UniProt 1–182 链 H； UniProt 1–182 链 I； UniProt 1–182 链 J； UniProt 1–182 链 K； UniProt 1–182 链 L； UniProt 1–182 链 M； UniProt 1–182 链 N； UniProt 1–182 链 O； UniProt 1–182 链 P； UniProt 1–182 链 Q； UniProt 1–182 链 R； UniProt 1–182 链 S； UniProt 1–182 链 T； UniProt 1–182 链 V； UniProt 1–182 链 W； UniProt 1–182 链 X； UniProt 1–182 链 Y； UniProt 1–182	未记录	FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BKB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
22FX Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 1.24 A on CRYO ARM 200 II 提交 2026-01-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 24 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM dithiothreitol (DTT) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 ul sample, 20 s blot time	分辨率 1.24 Å
22IX cryo-ET subtomogram-averaged structure of mouse heavy-chain apoferritin resolved at 2.71 Angstroms 提交 2026-01-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 38	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30 mM HEPES 150 mM NaCl 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
23WJ Subtomogram average of Apoferrtin (11x11) using CRYO ARM 300II 提交 2026-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）链 B 6–177（172 aa）链 C 6–177（172 aa）链 D 6–177（172 aa）链 E 6–177（172 aa）链 F 6–177（172 aa）链 G 6–177（172 aa）链 H 6–177（172 aa）链 I 6–177（172 aa）链 J 6–177（172 aa）链 K 6–177（172 aa）链 L 6–177（172 aa）链 M 6–177（172 aa）链 N 6–177（172 aa）链 O 6–177（172 aa）链 P 6–177（172 aa）链 Q 6–177（172 aa）链 R 6–177（172 aa）链 S 6–177（172 aa）链 T 6–177（172 aa）链 U 6–177（172 aa）链 V 6–177（172 aa）链 W 6–177（172 aa）链 X 6–177（172 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
3WNW Structure of Mouse H-chain modified ferritin 提交 2013-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 40 FE FE (III) ION × 8 GOL GLYCEROL × 24 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；286 K；0.1M Na-cacodylate PH 6.5, 0.2 M Mg-Ac, 30% MPD, vapor diffusion, sitting drop, temperature 286K	分辨率 2.24 Å R-free 0.265
5OBA Structure of a modified mouse H-chain ferritin with a lanthanide binding motif 提交 2017-06-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–177（177 aa）链 B 1–177（177 aa）链 C 1–177（177 aa）链 D 1–177（177 aa）链 E 1–177（177 aa）链 F 1–177（177 aa）链 G 1–177（177 aa）链 H 1–177（177 aa）链 I 1–177（177 aa）链 J 1–177（177 aa）链 K 1–177（177 aa）链 L 1–177（177 aa）链 M 1–177（177 aa）链 N 1–177（177 aa）链 O 1–177（177 aa）链 P 1–177（177 aa）链 Q 1–177（177 aa）链 R 1–177（177 aa）链 S 1–177（177 aa）链 T 1–177（177 aa）链 U 1–177（177 aa）链 V 1–177（177 aa）链 W 1–177（177 aa）链 X 1–177（177 aa）	突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G 突变：H177G	FE FE (III) ION × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Ammonium sulphate, Tris-HCl	分辨率 2.85 Å R-free 0.170
5OBB Structure of a modified mouse H chain ferritin with a lanthanide binding motif in complex with Terbium 提交 2017-06-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–177（177 aa）链 B 1–177（177 aa）链 C 1–177（177 aa）链 D 1–177（177 aa）链 E 1–177（177 aa）链 F 1–177（177 aa）链 G 1–177（177 aa）链 H 1–177（177 aa）链 I 1–177（177 aa）链 J 1–177（177 aa）链 K 1–177（177 aa）链 L 1–177（177 aa）链 M 1–177（177 aa）链 N 1–177（177 aa）链 O 1–177（177 aa）链 P 1–177（177 aa）链 Q 1–177（177 aa）链 R 1–177（177 aa）链 S 1–177（177 aa）链 T 1–177（177 aa）链 U 1–177（177 aa）链 V 1–177（177 aa）链 W 1–177（177 aa）链 X 1–177（177 aa）	未记录	TB TERBIUM(III) ION × 32	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；ammonium sulphate, TRIS-HCl	分辨率 2.65 Å R-free 0.173
6S61 Apoferritin from mouse at 1.84 angstrom resolution 提交 2019-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.84 Å
6SHT Molecular structure of mouse apoferritin resolved at 2.7 Angstroms with the Glacios cryo-microscope 提交 2019-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 24 MG MAGNESIUM ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å R-free 0.254
6V21 Mouse heavy chain apoferritin determined using single-particle cryo-EM at 200 keV 提交 2019-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 5–178（174 aa）链 B 5–178（174 aa）链 C 5–178（174 aa）链 D 5–178（174 aa）链 E 5–178（174 aa）链 F 5–178（174 aa）链 G 5–178（174 aa）链 H 5–178（174 aa）链 I 5–178（174 aa）链 J 5–178（174 aa）链 K 5–178（174 aa）链 L 5–178（174 aa）链 M 5–178（174 aa）链 N 5–178（174 aa）链 O 5–178（174 aa）链 P 5–178（174 aa）链 Q 5–178（174 aa）链 R 5–178（174 aa）链 S 5–178（174 aa）链 T 5–178（174 aa）链 U 5–178（174 aa）链 V 5–178（174 aa）链 W 5–178（174 aa）链 X 5–178（174 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample/grid was manually blotted for 4 seconds prior to immediate plunge-freezing in liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 1.75 Å
7A4M Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 1.22 A 提交 2020-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 24 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES pH 7.5 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.22 Å
7KOD Cryo-EM structure of heavy chain mouse apoferritin 提交 2020-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.66 Å
7TB3 cryo-EM structure of MBP-KIX-apoferritin 提交 2021-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 7–182（176 aa）链 B 7–182（176 aa）链 C 7–182（176 aa）链 D 7–182（176 aa）链 E 7–182（176 aa）链 F 7–182（176 aa）链 G 7–182（176 aa）链 H 7–182（176 aa）链 I 7–182（176 aa）链 J 7–182（176 aa）链 K 7–182（176 aa）链 L 7–182（176 aa）链 M 7–182（176 aa）链 N 7–182（176 aa）链 O 7–182（176 aa）链 P 7–182（176 aa）链 Q 7–182（176 aa）链 R 7–182（176 aa）链 S 7–182（176 aa）链 T 7–182（176 aa）链 U 7–182（176 aa）链 V 7–182（176 aa）链 W 7–182（176 aa）链 X 7–182（176 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
7TBH cryo-EM structure of MBP-KIX-apoferritin complex with peptide 7 提交 2021-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 7–182（176 aa）链 B 7–182（176 aa）链 C 7–182（176 aa）链 D 7–182（176 aa）链 E 7–182（176 aa）链 F 7–182（176 aa）链 G 7–182（176 aa）链 H 7–182（176 aa）链 I 7–182（176 aa）链 J 7–182（176 aa）链 K 7–182（176 aa）链 L 7–182（176 aa）链 M 7–182（176 aa）链 N 7–182（176 aa）链 O 7–182（176 aa）链 P 7–182（176 aa）链 Q 7–182（176 aa）链 R 7–182（176 aa）链 S 7–182（176 aa）链 T 7–182（176 aa）链 U 7–182（176 aa）链 V 7–182（176 aa）链 W 7–182（176 aa）链 X 7–182（176 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8BK9 Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 2.1 A plunged 5ms after mixing with b-galactosidase 提交 2022-11-08	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）链 Y 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
8BKA Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 2.7 A plunged 35ms after mixing with b-galactosidase 提交 2022-11-08	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）链 Y 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8EMQ Mouse apoferritin heavy chain with zinc determined using single-particle cryo-EM with Apollo camera. 提交 2022-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）链 B 6–177（172 aa）链 C 6–177（172 aa）链 D 6–177（172 aa）链 E 6–177（172 aa）链 F 6–177（172 aa）链 G 6–177（172 aa）链 H 6–177（172 aa）链 I 6–177（172 aa）链 J 6–177（172 aa）链 K 6–177（172 aa）链 L 6–177（172 aa）链 M 6–177（172 aa）链 N 6–177（172 aa）链 O 6–177（172 aa）链 P 6–177（172 aa）链 Q 6–177（172 aa）链 R 6–177（172 aa）链 S 6–177（172 aa）链 T 6–177（172 aa）链 U 6–177（172 aa）链 V 6–177（172 aa）链 W 6–177（172 aa）链 X 6–177（172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24 FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；DTT are added freshly before use. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.66 Å
8EN7 Mouse apoferritin heavy chain without zinc determined using single-particle cryo-EM with Apollo camera. 提交 2022-09-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）链 B 6–177（172 aa）链 C 6–177（172 aa）链 D 6–177（172 aa）链 E 6–177（172 aa）链 F 6–177（172 aa）链 G 6–177（172 aa）链 H 6–177（172 aa）链 I 6–177（172 aa）链 J 6–177（172 aa）链 K 6–177（172 aa）链 L 6–177（172 aa）链 M 6–177（172 aa）链 N 6–177（172 aa）链 O 6–177（172 aa）链 P 6–177（172 aa）链 Q 6–177（172 aa）链 R 6–177（172 aa）链 S 6–177（172 aa）链 T 6–177（172 aa）链 U 6–177（172 aa）链 V 6–177（172 aa）链 W 6–177（172 aa）链 X 6–177（172 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；DTT are added freshly before use. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.68 Å
8J5A Single-particle cryo-EM structure of mouse apoferritin at 1.19 Angstrom resolution (Dataset A) 提交 2023-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 1.19 Å
8J5A Single-particle cryo-EM structure of mouse apoferritin at 1.19 Angstrom resolution (Dataset A) 提交 2023-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–177（172 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 1.19 Å
8J5A Single-particle cryo-EM structure of mouse apoferritin at 1.19 Angstrom resolution (Dataset A) 提交 2023-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–177（172 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 1.19 Å
8PVC Structure of mouse heavy-chain apoferritin determined by cryoEM at 100 keV 提交 2023-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 24 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8RQB Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin 提交 2024-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）链 B 6–177（172 aa）链 C 6–177（172 aa）链 D 6–177（172 aa）链 E 6–177（172 aa）链 F 6–177（172 aa）链 G 6–177（172 aa）链 H 6–177（172 aa）链 I 6–177（172 aa）链 J 6–177（172 aa）链 K 6–177（172 aa）链 L 6–177（172 aa）链 M 6–177（172 aa）链 N 6–177（172 aa）链 O 6–177（172 aa）链 P 6–177（172 aa）链 Q 6–177（172 aa）链 R 6–177（172 aa）链 S 6–177（172 aa）链 T 6–177（172 aa）链 U 6–177（172 aa）链 V 6–177（172 aa）链 W 6–177（172 aa）链 X 6–177（172 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.09 Å
8T4Q 2.07 Angstrom CryoEM Structure of Heavy Chain Apoferritin from Mus Musculus From 200kV Microscope 提交 2023-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 6–177（172 aa）链 B 6–177（172 aa）链 C 6–177（172 aa）链 D 6–177（172 aa）链 E 6–177（172 aa）链 F 6–177（172 aa）链 G 6–177（172 aa）链 H 6–177（172 aa）链 I 6–177（172 aa）链 J 6–177（172 aa）链 K 6–177（172 aa）链 L 6–177（172 aa）链 M 6–177（172 aa）链 N 6–177（172 aa）链 O 6–177（172 aa）链 P 6–177（172 aa）链 Q 6–177（172 aa）链 R 6–177（172 aa）链 S 6–177（172 aa）链 T 6–177（172 aa）链 U 6–177（172 aa）链 V 6–177（172 aa）链 W 6–177（172 aa）链 X 6–177（172 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.07 Å
8TU7 Cryo-EM structure of Apoferritin collected by EPU on Glacios at 2.5 Angstrom resolution 提交 2023-08-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
8TU8 Cryo-EM structure of Apoferritin collected by SerialEM on Glacios at 2.1 Angstrom resolution 提交 2023-08-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6 ZN ZINC ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
8TUE Cryo-EM structure of Apoferritin collected by Leginon on Glacios at 2.1 Angstrom resolution 提交 2023-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 24 FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9IUY Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin resolved at 1.51 Angstroms 提交 2024-07-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–182（182 aa）链 B 1–182（182 aa）链 C 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）链 E 1–182（182 aa）链 F 1–182（182 aa）链 G 1–182（182 aa）链 H 1–182（182 aa）链 I 1–182（182 aa）链 J 1–182（182 aa）链 K 1–182（182 aa）链 L 1–182（182 aa）链 M 1–182（182 aa）链 N 1–182（182 aa）链 O 1–182（182 aa）链 P 1–182（182 aa）链 Q 1–182（182 aa）链 R 1–182（182 aa）链 S 1–182（182 aa）链 T 1–182（182 aa）链 U 1–182（182 aa）链 V 1–182（182 aa）链 W 1–182（182 aa）链 X 1–182（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 32 K POTASSIUM ION × 24 FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.51 Å
9WAL Apoferritin (118% Super resolution Nyquist, 236% physical Nyquist) by PASR on Acquisition-time Super Resolution K3 data 提交 2025-08-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 5–178（174 aa）链 B 5–178（174 aa）链 C 5–178（174 aa）链 D 5–178（174 aa）链 E 5–178（174 aa）链 F 5–178（174 aa）链 G 5–178（174 aa）链 H 5–178（174 aa）链 I 5–178（174 aa）链 J 5–178（174 aa）链 K 5–178（174 aa）链 L 5–178（174 aa）链 M 5–178（174 aa）链 N 5–178（174 aa）链 O 5–178（174 aa）链 P 5–178（174 aa）链 Q 5–178（174 aa）链 R 5–178（174 aa）链 S 5–178（174 aa）链 T 5–178（174 aa）链 U 5–178（174 aa）链 V 5–178（174 aa）链 W 5–178（174 aa）链 X 5–178（174 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.67 Å

共 26 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRIH_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 B； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 C； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 D； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 E； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 F； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 G； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 H； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 I； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 J； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 K； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 L； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 M； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 N； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 O； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 P； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 Q； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 R； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 S； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 T； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 V； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 W； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 X； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 Y； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bkb
沉积日期 deposition_date	2022-11-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of mouse heavy-chain apoferritin at 2.2 A plunged 205ms after mixing with b-galactosidase
关键词 keywords	iron storage, ferritin, octahedral, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.16 Å
零角强度 I(0) i0	3494710000.00
分子量 molecular_weight	480950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	595310 Å³
包络体积 envelope_volume	968800 Å³
水化壳体积 shell_volume	148670 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.9 Å
壳层 Rg shell_rg	63.80 Å
包络 Rg envelope_rg	47.89 Å
形状 Rg shape_rg	53.15 Å
总 Rg total_rg	53.49 Å
总原子数 total_atoms	33822
残基数 n_residues	4128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.4 Å
Rg (实空间) rg_real	53.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4950e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3500000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	89.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.638
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	386300000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferritin heavy chain
分子量 formula_weight	21097.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,V,W,X,Y
原子数 atom_count	35139

MTTASPSQVRQNYHQDAEAAINRQINLELYASYVYLSMSCYFDRDDVALKNFAKYFLHQSHEEREHAEKLMKLQNQRGGRIFLQDIKKPDRDDWESGLNAMECALHLEKSVNQSLLELHKLATDKNDPHLCDFIETYYLSEQVKSIKELGDHVTNLRKMGAPEAGMAEYLFDKHTLGHGDES

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1317

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	8bkbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbP01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbQ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbS01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbT01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbV01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbW01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbX01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	8bkbY01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	60146

fit	/app/data/saxs_computation/bk/8bkb/8bkb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/8bkb/8bkb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/8bkb/8bkb.dat