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8bpc

Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex with SAHA at 2.8 Angstrom

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 119.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Paired amphipathic helix protein Sin3b

Homo sapiens

UniProt O75182

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1130 未记录 Histone deacetylase 2 × 1 （Q92769） PHD finger protein 12 × 1 （Q96QT6） SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1130（1130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8BPB Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1130（1130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1130（1130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIN3B_HUMAN
Isoform O75182-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1130； UniProt 1–1130

Histone deacetylase 2

Homo sapiens

UniProt Q92769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–488 未记录 Isoform 2 of Paired amphipathic helix protein Sin3b × 1 （O75182） PHD finger protein 12 × 1 （Q96QT6） SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–374（366 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.204
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 9–374（366 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.204
3MAX Crystal Structure of Human HDAC2 complexed with an N-(2-aminophenyl)benzamide 提交 2010-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 9–374（366 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 LLX N-(4-aminobiphenyl-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；298 K；40% (v/v) PEG-600, 0.1 mM CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.05 Å R-free 0.204
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LXZ Structure of Human HDAC2 in complex with SAHA (vorinostat) 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.57 Å R-free 0.187
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.57 Å R-free 0.187
4LY1 Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide 提交 2013-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 8–376（369 aa） 片段：core domain (UNP residues 8-376)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 20Y 4-(acetylamino)-N-[2-amino-5-(thiophen-2-yl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.1M CHES, pH 9.5, 40% PEG-600, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.57 Å R-free 0.187
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–375（368 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–375（368 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IWG HDAC2 WITH LIGAND BRD4884 提交 2016-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 8–375（368 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 IWX N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)oxane-4-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.208
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
链 B 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
链 C 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
5IX0 HDAC2 WITH LIGAND BRD7232 提交 2016-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 7–375（369 aa） 片段：UNP residues 7-375
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 6EZ (3-exo)-N-(4-amino-4'-fluoro[1,1'-biphenyl]-3-yl)-8-oxabicyclo[3.2.1]octane-3-carboxamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 400, potassium phosphate
分辨率 1.72 Å R-free 0.200
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–376（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400
分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 7–376（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400
分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6G3O Crystal structure of human HDAC2 in complex with (R)-6-[3,4-Dioxo-2-(4-trifluoromethoxy-phenylamino)-cyclobut-1-enylamino]-heptanoic acid hydroxyamide 提交 2018-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 7–376（370 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EL8 (6~{R})-6-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N}-oxidanyl-heptanamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS, pH 9.15, 54 %(w/v) PEG 400
分辨率 2.27 Å R-free 0.219
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBW Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor 提交 2020-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 TV1 N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.46 Å R-free 0.197
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WBZ Structure of Human HDAC2 in complex with an ethyl ketone inhibitor containing a spiro-bicyclic group 提交 2020-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TV7 (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHN Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.192
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHO Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40 % PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHQ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WHZ Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.281
6WI3 Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6WI3 Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6WI3 Histone deacetylases complex with peptide macrocycles 提交 2020-04-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–385（384 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；40% (v/v) PEG600 and 100mM CHES pH 9.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.254
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XDM STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ARYL KETONE INHIBITOR 提交 2020-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1D N-[(1S)-1-[4-(2-fluorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxy-7-(1,2-oxazol-3-yl)heptyl]-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.56 Å R-free 0.189
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEB STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND E) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
6XEC STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH KETONE INHIBITOR (COMPOUND O) 提交 2020-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1S (1S)-N-{(1S)-1-[5-cyano-2-(4-fluorophenyl)-1H-imidazol-4-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.203
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7JS8 STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN ETHYL KETONE INHIBITOR CONTAINING A SPIRO-BICYCLIC GROUP (COMPOUND 22) 提交 2020-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 VJV (1S)-N-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[4-(2-methylquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]nonyl}-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.190
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBG Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 20) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WBA N-{(1S)-5-[(2-fluoro-6-hydroxybenzene-1-carbonyl)amino]-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 WBD 2,5-dichloro-1H-benzimidazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
分辨率 1.26 Å R-free 0.196
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7KBH Structure of Human HDAC2 in complex with a 2-substituted benzamide inhibitor (compound 16) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 WB4 N-{(1S)-5-{[2-(methylsulfanyl)benzene-1-carbonyl]amino}-1-[5-(naphthalen-2-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1,3-thiazole-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 2.68 Å R-free 0.221
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTG STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH APICIDIN 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YED (3S,6S,9S,15aR)-9-[(2S)-butan-2-yl]-3-(6,6-dihydroxyoctyl)-6-[(1-methoxy-1H-indol-3-yl)methyl]octahydro-2H-pyrido[1,2-a][1,4,7,10]tetraazacyclododecine-1,4,7,10(3H,12H)-tetrone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTK STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR THAT LACKS A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 12) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YEM N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}-1-methylazetidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.59 Å R-free 0.198
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7LTL STRUCTURE OF HUMAN HDAC2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR LACKING A ZINC BINDING GROUP (COMPOUND 19) 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 YEV (2R)-2-(5-hydroxy-2-methyl-1H-indol-3-yl)-N-{(1S)-1-[5-(2-methoxyquinolin-3-yl)-1H-imidazol-2-yl]pentyl}propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.49 Å R-free 0.195
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOS Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 4) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLV (3S,18S,20aR)-18-(6,6-dihydroxyoctyl)-1,5,6,7,8,18,19,20a-octahydro-4H-14,17-epiminoazeto[1,2-g][1,7,10,13]benzoxatriazacycloheptadecin-20(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.208
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOT Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 9) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 V1P 5-{(1S)-7,7-dihydroxy-1-[(1-methylazetidine-3-carbonyl)amino]nonyl}-2-phenyl-1H-imidazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.203
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOX Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 14) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLS (1S)-N-[(1S)-7,7-dihydroxy-1-{4-[(1R,4S)-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-methanonaphthalen-6-yl]-1H-imidazol-2-yl}nonyl]-6-methyl-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.69 Å R-free 0.202
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOY Structure of HDAC2 in complex with an inhibitor (compound 19) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZLM (1S)-6-ethyl-N-{(1S)-1-[5-(2-ethyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-6-yl)-1H-imidazol-2-yl]-7,7-dihydroxynonyl}-6-azaspiro[2.5]octane-1-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.78 Å R-free 0.208
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7MOZ Structure of HDAC2 in complex with a macrocyclic inhibitor (compound 25) 提交 2021-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–376（376 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZL4 (1R,3S,6S,18R,27R)-6-(6,6-dihydroxyoctyl)-5,8,18,27,34-pentaazahexacyclo[25.2.2.1~7,10~.1~11,15~.1~14,18~.0~1,3~]tetratriaconta-7,9,11(33),12,14,16-hexaene-4,32-dione (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5
分辨率 1.54 Å R-free 0.201
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZO HDAC2 in complex with an inhibitor 提交 2022-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KIZ [(2~{R})-1-(dimethylamino)-3-(4-fluorophenyl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]azanium × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；38% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.00 Å R-free 0.225
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH
分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 2 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH
分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZP Structure of HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 KJ6 6-methyl-4-oxidanyl-pyran-2-one × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；39% PEG 300 0.1M pH=8.4 CHES/NaOH
分辨率 1.52 Å R-free 0.174
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZR HDAC2 in complex with inhibitory ligand 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 KJN [(2~{R})-1-(dimethylamino)-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]azanium × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 2.17 Å R-free 0.247
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZS HDAC2 complexed with an inhibitory ligand 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 KK0 (5~{S})-5-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.88 Å R-free 0.207
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZT Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KJF [(2~{R})-1-oxidanylidene-4-phenyl-1-pyrrolidin-1-yl-butan-2-yl]azanium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% PEG 300 0.1M pH=8.6 CHES/NaOH
分辨率 1.56 Å R-free 0.173
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZU Inhibitory Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKI 2-[4-[(2~{R},4~{S})-4-phenylpyrrolidin-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]pyridine-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；43% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 KZF 2-(cyclohexylazaniumyl)ethanesulfonate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.73 Å R-free 0.189
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.73 Å R-free 0.189
7ZZW Ligand binding to HDAC2 提交 2022-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 KKW [(2~{R},4~{S})-4-(3-chlorophenyl)pyrrolidin-2-yl]-(4-thieno[2,3-c]pyridin-7-ylpiperazin-1-yl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 0.1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.73 Å R-free 0.189
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8A0B Inhibitor binding to HDAC2 提交 2022-05-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 KRU 1,3-dihydroisoindol-2-yl-[(2R,4S)-4-phenylpyrrolidin-1-ium-2-yl]methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；41% PEG 300 .1M pH=8.8 CHES/NaOH
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8BPB Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9DTQ The structure of HDAC2-CoREST in complex with KBTBD4R313PRR mutant 提交 2024-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–488（487 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
9GGL Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2 2:1 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2024-08-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9GGM Cryo-EM structure of KBTBD4 P313PRR mutant-HDAC2 2:2 complex 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
链 D 1–488（488 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9GGN Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2 2:2 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2024-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
链 D 1–488（488 aa）
未记录 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9I2C Cryo-EM structure of KBTBD4 WT-HDAC2-CoREST1 2:1:1 complex mediated by molecular glue UM171 提交 2025-01-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–488（488 aa）
未记录 A1ACV (1r,4r)-N~1~-[(7P)-2-benzyl-7-(2-methyl-2H-tetrazol-5-yl)-9H-pyrimido[4,5-b]indol-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JV3 Structure of Human HDAC2 提交 2024-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 2.57 Å R-free 0.256
9JWJ Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-amino-5-(furan-2-yl)phenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamid 提交 2024-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 A1L4X N-(2-amino-5-(furan-2-yl)phenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamid × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600
分辨率 1.78 Å R-free 0.202
9K0G Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide 提交 2024-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–404（404 aa）
链 B 1–404（404 aa）
链 C 1–404（404 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 6 A1L47 N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M CHES pH 9.5, 35-38% (v/v) PEG 600)
分辨率 1.62 Å R-free 0.196
9NTB Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260 提交 2025-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9NTB Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260 提交 2025-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–404（404 aa）
未记录 A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9NTB Crystal structure of human HDAC2 in complex with TNG260 提交 2025-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–404（404 aa）
未记录 A1B1V (R)-N-(4-amino-4'-fluoro-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(S-methylsulfonimidoyl)benzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；35% PEG 600, 100 mM CHES pH 9.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.197

共 47 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HDAC2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488

PHD finger protein 12

Homo sapiens

UniProt Q96QT6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–256 链 C； UniProt 257–364 未记录 Isoform 2 of Paired amphipathic helix protein Sin3b × 1 （O75182） Histone deacetylase 2 × 1 （Q92769） SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2L9S Solution structure of Pf1 SID1-mSin3A PAH2 Complex 提交 2011-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 200–241（42 aa） 片段：sequence database residues 200-241
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 0.75-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 0.75-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LKM Structural Basis for Molecular Interactions Involving MRG Domains: Implications in Chromatin Biology 提交 2011-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 200–241（42 aa） 片段：UNP residues 200-241
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.9 mM protein_2, 50 mM sodium phosphate, 10 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.9 mM protein_2, 50 mM potassium chloride, 100 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.9 mM protein_1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 50 mM sodium phosphate, 10 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.9 mM protein_1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 50 mM sodium phosphate, 100 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1004（1004 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8BPB Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–256（256 aa）
链 C 257–364（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1004（1004 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHF12_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 C； PDB构建体 257–364； UniProt 257–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bpc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bpc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bpc
沉积日期 deposition_date2022-11-16
结构标题 titleCryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex with SAHA at 2.8 Angstrom
关键词 keywordsHDAC, Chromatin, Cell cycle, transcription, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.26 Å
零角强度 I(0) i0220294000.00
分子量 molecular_weight119450.0 kDa
排除体积 excluded_volume149470 ų
包络体积 envelope_volume200180 ų
水化壳体积 shell_volume47945 ų
包络直径 envelope_diameter129.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.16 Å
包络 Rg envelope_rg35.05 Å
形状 Rg shape_rg35.27 Å
总 Rg total_rg35.67 Å
总原子数 total_atoms8389
残基数 n_residues1030
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.3 Å
Rg (实空间) rg_real35.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal220300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8855
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.0 Å
偏度 Skewness skewness0.351
峰度 Kurtosis kurtosis-0.342
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47640000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.904
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)