8by6

Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to NCBP3(560-620) and cap-analogue m7GpppG

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 99.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear cap-binding protein subunit 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–790	未记录	Nuclear cap-binding protein subunit 2 × 1 （P52298） Nuclear cap-binding protein subunit 3 × 1 （Q53F19） GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BY6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H2T Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG 提交 2002-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–652（633 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-653,701-790 链 C 702–790（89 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-653,701-790	突变：YES 突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00	分辨率 2.10 Å R-free 0.269
1H2U Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG 提交 2002-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–652（633 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-652,701-790 链 A 702–790（89 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-652,701-790	突变：YES 突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
1H2U Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG 提交 2002-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–652（633 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-652,701-790 链 B 702–790（89 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-652,701-790	突变：YES 突变：YES	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
1H2V Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) 提交 2002-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–790（771 aa）片段：MIF4G DOMAIN, RESIDUES 20-790	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；10 % PEG6000, 100 MM MES PH6, pH 6.00	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1H6K nuclear Cap Binding Complex 提交 2001-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–670（651 aa）片段：MIF4G DOMAIN 链 A 685–790（106 aa）片段：MIF4G DOMAIN	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCES, pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1H6K nuclear Cap Binding Complex 提交 2001-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–670（651 aa）片段：MIF4G DOMAIN 链 B 685–790（106 aa）片段：MIF4G DOMAIN	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCES, pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1H6K nuclear Cap Binding Complex 提交 2001-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–670（651 aa）片段：MIF4G DOMAIN 链 C 685–790（106 aa）片段：MIF4G DOMAIN	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCES, pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1N52 Cap Binding Complex 提交 2002-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 16 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；298 K；PEG 400, magnesium chloride, Tris, Glycine, Ethylene Glycol , pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.11 Å R-free 0.246
1N54 Cap Binding Complex m7GpppG free 提交 2002-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；298 K；Peg 400, Magnesium chloride, glycerol, Tris, glycine, ethylene glycol, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.72 Å R-free 0.282
3FEX Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. 提交 2008-12-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM KCl, 12% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.55 Å R-free 0.292
3FEX Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. 提交 2008-12-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM KCl, 12% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.55 Å R-free 0.292
3FEY Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. 提交 2008-12-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；100 mM MES, pH 6.0, and 8% PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
6D0Y X-ray Crystal Structure of PGC-1beta C-terminus bound to the CBP80-CBP20 Cap Binding Complex 提交 2018-04-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–790（767 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris (pH 7.0), 10% [w/v] polyethylene glycol 8000	分辨率 2.68 Å R-free 0.240
7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric	链 A5 1–790（790 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
8PMP Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP 提交 2023-06-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8PNT Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to PHAX and m7G-capped RNA 提交 2023-07-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–790（771 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8SRR Cryo-EM structure of the CBC-ALYREF complex 提交 2023-05-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8SUY Cryo-EM structure of the human cap binding complex (CBC) 提交 2023-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–790（790 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9HFL Cryo-EM structure of the human snRNA export complex comprising CBC-PHAX-CRM1-RanGTP and capped-RNA 提交 2024-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 C 1–790（790 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å

共 17 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCBP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–772； UniProt 20–790

Nuclear cap-binding protein subunit 2

Homo sapiens

UniProt P52298

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–156	未记录	Nuclear cap-binding protein subunit 1 × 1 （Q09161） Nuclear cap-binding protein subunit 3 × 1 （Q53F19） GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8BY6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H2T Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG 提交 2002-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 1–156（156 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00	分辨率 2.10 Å R-free 0.269
1H2U Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG 提交 2002-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–156（156 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
1H2U Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) in complex with a cap analogue m7GpppG 提交 2002-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 1–156（156 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.25 TO 1 % PEG 4000, 100 MM MES PH6, 75 TO 100 MM MAGNESIUM FORMATE, pH 6.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.245
1H2V Structure of the human nuclear cap-binding-complex (CBC) 提交 2002-08-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；10 % PEG6000, 100 MM MES PH6, pH 6.00	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1H6K nuclear Cap Binding Complex 提交 2001-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 22–77（56 aa）片段：RNP DOMAIN 链 X 79–120（42 aa）片段：RNP DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCES, pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1H6K nuclear Cap Binding Complex 提交 2001-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 22–77（56 aa）片段：RNP DOMAIN 链 Y 79–120（42 aa）片段：RNP DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCES, pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1H6K nuclear Cap Binding Complex 提交 2001-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 22–77（56 aa）片段：RNP DOMAIN 链 Z 79–120（42 aa）片段：RNP DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；SEE REFERENCES, pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1N52 Cap Binding Complex 提交 2002-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 16 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；298 K；PEG 400, magnesium chloride, Tris, Glycine, Ethylene Glycol , pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.11 Å R-free 0.246
1N54 Cap Binding Complex m7GpppG free 提交 2002-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；298 K；Peg 400, Magnesium chloride, glycerol, Tris, glycine, ethylene glycol, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.72 Å R-free 0.282
3FEX Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. 提交 2008-12-01	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM KCl, 12% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.55 Å R-free 0.292
3FEX Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. 提交 2008-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；100 mM KCl, 12% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.55 Å R-free 0.292
3FEY Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. 提交 2008-12-01	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；100 mM MES, pH 6.0, and 8% PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 T 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OO6 Complex of human nuclear cap-binding complex with ARS2 C-terminal peptide 提交 2017-08-06	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 W 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；CBC was mixed with an access of ARS2(827-871) in the presence of 1 mM m7GTP and subjected to gel filtration (120 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM HEPES pH 7.8). The complex was concentrated to 8 mg/ml. Crystals were obtained in mother liquor containing 0.1 M sodium acetate pH 5, 8% (v/v) MPD and 0.1 M guanidine hydrochloride at 20 C.	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
5OOB COMPLEX OF HUMAN NUCLEAR CAP-BINDING COMPLEX WITH M7GTP AND NELF-E C-TERMINAL PEPTIDE 提交 2017-08-07	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；6 mg/ml of CBC were mixed with 500 microM m7GTP and 500 microM NELF-E peptide in 120 mM NaCl, 1 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, 20 mM HEPES pH 7.8. Crystals grew at 20 C in mother liquor containing 0.2 M lithium citrate and 20% (w/v) PEG 3350.	分辨率 2.79 Å R-free 0.229
6D0Y X-ray Crystal Structure of PGC-1beta C-terminus bound to the CBP80-CBP20 Cap Binding Complex 提交 2018-04-11	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris (pH 7.0), 10% [w/v] polyethylene glycol 8000	分辨率 2.68 Å R-free 0.240
7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric	链 A1 1–156（156 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
8PMP Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP 提交 2023-06-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
8PNT Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to PHAX and m7G-capped RNA 提交 2023-07-01	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8SRR Cryo-EM structure of the CBC-ALYREF complex 提交 2023-05-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8SUY Cryo-EM structure of the human cap binding complex (CBC) 提交 2023-05-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–156（156 aa）	未记录	M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9HFL Cryo-EM structure of the human snRNA export complex comprising CBC-PHAX-CRM1-RanGTP and capped-RNA 提交 2024-11-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 D 1–156（156 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å

共 17 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCBP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–158； UniProt 1–156

Nuclear cap-binding protein subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q53F19

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 561–620	未记录	Nuclear cap-binding protein subunit 1 × 1 （Q09161） Nuclear cap-binding protein subunit 2 × 1 （P52298） GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCBP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–60； UniProt 561–620

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8by6
沉积日期 deposition_date	2022-12-12
结构标题 title	Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to NCBP3(560-620) and cap-analogue m7GpppG
关键词 keywords	Nuclear cap-binding complex, NCBP3, Pol II transcript metabolism, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.70 Å
零角强度 I(0) i0	181942000.00
分子量 molecular_weight	108020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135370 Å³
包络体积 envelope_volume	171720 Å³
水化壳体积 shell_volume	45405 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.84 Å
包络 Rg envelope_rg	30.74 Å
形状 Rg shape_rg	30.70 Å
总 Rg total_rg	31.41 Å
总原子数 total_atoms	7601
残基数 n_residues	923
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	182000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.352
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.794

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear cap-binding protein subunit 1
分子量 formula_weight	89810.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7601

MKTSDANETEDHLESLICKVGEKSACSLESNLEGLAGVLEADLPNYKSKILRLLCTVARLLPEKLTIYTTLVGLLNARNYNFGGEFVEAMIRQLKESLKANNYNEAVYLVRFLSDLVNCHVIAAPSMVAMFENFVSVTQEEDVPQVRRDWYVYAFLSSLPWVGKELYEKKDAEMDRIFANTESYLKRRQKTHVPMLQVWTADKPHPQEEYLDCLWAQIQKLKKDRWQERHILRPYLAFDSILCEALQHNLPPFTPPPHTEDSVYPMPRVIFRMFDYTDDPEGPVMPGSHSVERFVIEENLHCIIKSHWKERKTCAAQLVSYPGKNKIPLNYHIVEVIFAELFQLPAPPHIDVMYTTLLIELCKLQPGSLPQVLAQATEMLYMRLDTMNTTCVDRFINWFSHHLSNFQFRWSWEDWSDCLSQDPESPKPKFVREVLEKCMRLSYHQRILDIVPPTFSALCPVNPTCIYKYGDESSNSLPGHSVALCLAVAFKSKATNDEIFSILKDVPNPNQDDDDDEGFSFNPLKIEVFVQTLLHLAAKSFSHSFSALAKFHEVFKTLAESDEGKLHVLRVMFEVWRNHPQMIAVLVDKMIRTQIVDCAAVANWIFSSELSRDFTRLFVWEILHSTIRKMNKHVLKIQKELEEAKEKLARQHKRRSDDDDRSSDRKDGVLEEQIERLQEKVESAQSEQKNLFLVIFQRFIMILTEHLVRCETDGTSVLTPWYKNCIERLQQIFLQHHQIIQQYMVTLENLLFTAELDPHILAVFQQFCALQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear cap-binding protein subunit 2
分子量 formula_weight	18156.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMSGGLLKALRSDSYVELSQYRDQHFRGDNEEQEKLLKKSCTLYVGNLSFYTTEEQIYELFSKSGDIKKIIMGLDKMKKTACGFCFVEYYSRADAENAMRYINGTRLDDRIIRTDWDAGFKEGRQYGRGRSGGQVRDEYRQDYDAGRGGYGKLAQNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nuclear cap-binding protein subunit 3
分子量 formula_weight	6734.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KKVDHRAPGAEEDDSELQRAWGALIKEKEQSRQKKSRLDNLPSLQIEVSRESSSGSEAES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE
分子量 formula_weight	803.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	152563

fit	/app/data/saxs_computation/by/8by6/8by6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/8by6/8by6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/8by6/8by6.dat

Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to NCBP3(560-620) and cap-analogue m7GpppG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear cap-binding protein subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear cap-binding protein subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear cap-binding protein subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)