8cgu

Gentamicin bound to the 30S body

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small ribosomal subunit protein uS4

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS4_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–206； UniProt 1–206

Small ribosomal subunit protein uS5

物种未注明

UniProt P0A7W1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS5_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform

物种未注明

UniProt P02358

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS6_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Small ribosomal subunit protein uS8

物种未注明

UniProt P0A7W7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS8_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Small ribosomal subunit protein uS11

物种未注明

UniProt P0A7R9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS11_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

Small ribosomal subunit protein uS12

物种未注明

UniProt P0A7S3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS12_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Small ribosomal subunit protein uS15

物种未注明

UniProt P0ADZ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS15_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

30S ribosomal protein S16

物种未注明

UniProt P0A7T3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS16_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

Small ribosomal subunit protein uS17

物种未注明

UniProt P0AG63

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS17_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

Small ribosomal subunit protein bS18

物种未注明

UniProt P0A7T7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS18_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

30S ribosomal protein S20

物种未注明

UniProt P0A7U7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） Small ribosomal subunit protein bS21 × 1 （P68679） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS20_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

Small ribosomal subunit protein bS21

物种未注明

UniProt P68679

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS4 × 1 （P0A7V8） Small ribosomal subunit protein uS5 × 1 （P0A7W1） Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform × 1 （P02358） Small ribosomal subunit protein uS8 × 1 （P0A7W7） Small ribosomal subunit protein uS11 × 1 （P0A7R9） Small ribosomal subunit protein uS12 × 1 （P0A7S3） Small ribosomal subunit protein uS15 × 1 （P0ADZ4） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） Small ribosomal subunit protein uS17 × 1 （P0AG63） Small ribosomal subunit protein bS18 × 1 （P0A7T7） 30S ribosomal protein S20 × 1 （P0A7U7） 23S rRNA × 1 POTASSIUM ION × 24 ;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ; × 4 MAGNESIUM ION × 58 water × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS21_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cgu
沉积日期 deposition_date	2023-02-06
结构标题 title	Gentamicin bound to the 30S body
关键词 keywords	Antibiotic, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cgu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cgu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cgu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.46 Å
Rg（电子密度）	54.92 Å
总 Rg	54.94 Å
原子数	33325
残基数	2332
排除体积	509640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cgu__assembly_1__model_1`	14-meric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S rRNA
分子量 formula_weight	499197.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	35196

AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGCCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS4
分子量 formula_weight	23514.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MARYLGPKLKLSRREGTDLFLKSGVRAIDTKCKIEQAPGQHGARKPRLSDYGVQLREKQKVRRIYGVLERQFRNYYKEAARLKGNTGENLLALLEGRLDNVVYRMGFGATRAEARQLVSHKAIMVNGRVVNIASYQVSPNDVVSIREKAKKQSRVKAALELAEQREKPTWLEVDAGKMEGTFKRKPERSDLSADINEHLIVELYSK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS5
分子量 formula_weight	17629.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAHIEKQAGELQEKLIAVNRVSKTVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGYGKAREVPAAIQKAMEKARRNMINVALNNGTLQHPVKGVHTGSRVFMQPASEGTGIIAGGAMRAVLEVAGVHNVLAKAYGSTNPINVVRATIDGLENMNSPEMVAAKRGKSVEEILGK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform
分子量 formula_weight	15211.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRHYEIVFMVHPDQSEQVPGMIERYTAAITGAEGKIHRLEDWGRRQLAYPINKLHKAHYVLMNVEAPQEVIDELETTFRFNDAVIRSMVMRTKHAVTEASPMVKAKDERRERRDDFANETADDAEAGDSEE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS8
分子量 formula_weight	14146.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSRPGLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS11
分子量 formula_weight	13872.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAKAPIRARKRVRKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPGRESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHDGCRPPKKRRV

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS12
分子量 formula_weight	13814.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKXLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS15
分子量 formula_weight	10290.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQLIERLGLRR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S16
分子量 formula_weight	9207.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNKAA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS17
分子量 formula_weight	9724.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MTDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEKAVL

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS18
分子量 formula_weight	9005.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S20
分子量 formula_weight	9708.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTAQINKLA

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS21
分子量 formula_weight	8524.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	23S rRNA
分子量 formula_weight	941811.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	a

GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGAAUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCCAGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGAUACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUGAAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGCGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUCUUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACUAACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUUUAGGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGGGGGUCAUCCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAACGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACAUAAGUAACGAUAAAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACXAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAGUGAAAUUGAACUCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUAUAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGUUAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUCGACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGCUGGAGAACUGAGGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGUAGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAAGGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUACUAAUGAACCGUGAGGCUUAACCUU

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	;(2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL ;
分子量 formula_weight	449.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	58

实体 18 Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1871

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	8cguD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	8cguD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA-binding S4 domain

结构域编号 domain_id	8cguE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8cguE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8cguH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	8cguH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	207.420 Å
R 因子 r_factor	0.2605
R_work r_work	0.2605
R_free r_free	—

分辨率 resolution	1.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1301160

Gentamicin bound to the 30S body

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small ribosomal subunit protein uS4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein bS6, non-modified isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein bS18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体