8crg

E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenylate kinase

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–214	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.191
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–214	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5	分辨率 1.49 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8CRG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKE STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE 提交 1991-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1AKE STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE 提交 1991-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1E4V Mutant G10V of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：G10V	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.85 Å
1E4V Mutant G10V of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：G10V	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.70	分辨率 1.85 Å
1E4Y Mutant P9L of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：L9P	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 1.85 Å
1E4Y Mutant P9L of adenylate kinase from E. coli, modified in the Gly-loop 提交 2000-07-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：L9P	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20	分辨率 1.85 Å
2ECK STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1996-12-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2ECK STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE 提交 1996-12-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3HPQ Crystal structure of wild-type adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Wild-type	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3HPQ Crystal structure of wild-type adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：Wild-type	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
3HPR Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：V148G	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HPR Crystal structure of V148G adenylate kinase from E. coli, in complex with Ap5A 提交 2009-06-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：V148G	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；45 mg/ml AK in 50 mM MES pH 6.7, 1 mM EDTA, with 50% 50mM MES pH 7.0-7.3, 3% w/v PEG 2000 and 1.8-2.3 Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
4AKE ADENYLATE KINASE 提交 1995-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）链 B 1–214（214 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
4X8H Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：P177A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4X8L Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：P177A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.2 M AmAc, 0.1 M Tris-HCl, Ap5a in five time stoichiometric excess	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
4X8L Crystal structure of E. coli Adenylate kinase P177A mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：P177A	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 4K, 0.2 M AmAc, 0.1 M Tris-HCl, Ap5a in five time stoichiometric excess	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
4X8M Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Y171W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；28% PEG 4K, 0.2 M NaOAc, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.60 Å R-free 0.309
4X8O Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：Y171W	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；28% PEG 4K, 0.1 M NaCit., 0.2 M AmAc	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
4X8O Crystal structure of E. coli Adenylate kinase Y171W mutant in complex with inhibitor Ap5a 提交 2014-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：Y171W	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；28% PEG 4K, 0.1 M NaCit., 0.2 M AmAc	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
6F7U Molecular Mechanism of ATP versus GTP Selectivity of Adenylate Kinase 提交 2017-12-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；32% PEG 8000, 0.2 M Na-Acetate, 0.1 M Na-Cacodylate	分辨率 1.40 Å R-free 0.190
6HAM Adenylate kinase 提交 2018-08-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；14% PEG 4000 0.05M Tris pH=8	分辨率 2.55 Å R-free 0.243
7APU Structure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution. 提交 2020-10-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.	分辨率 1.36 Å R-free 0.206
7APU Structure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution. 提交 2020-10-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291.15 K；AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.	分辨率 1.36 Å R-free 0.206
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8BQF Adenylate Kinase L107I MUTANT 提交 2022-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–214（214 aa）	突变：L107I	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；7.5% PEG 3,350, 7.5% PEG 4,000, 7.5% PEG 2,000, 7.5% PEG 5,000 monomethyl ether, 0.07M ammonium nitrate, 2.5% ethylene glycol and 0.05M MES pH=7.	分辨率 2.05 Å R-free 0.258
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ4 E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis 提交 2023-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；291 K；24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4	分辨率 2.11 Å R-free 0.253
8RJ6 E. coli adenylate kinase in complex with ATP and AMP and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
8RJ6 E. coli adenylate kinase in complex with ATP and AMP and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
8RJ9 E. coli adenylate kinase Asp84Ala variant in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24-26% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane.	分辨率 1.59 Å R-free 0.203
8RJ9 E. coli adenylate kinase Asp84Ala variant in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis. 提交 2023-12-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–214（214 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24-26% PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane.	分辨率 1.59 Å R-free 0.203
9L14 Crystal structure of the monobody CL-1 in complex with the Escherichia coli adenylate kinase 提交 2024-12-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–214（214 aa）	未记录	AP5 BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES buffer pH 7.5, 10% (v/v) 2-propanol, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 1.86 Å R-free 0.235

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UniProt名称	KAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214 作者链 B； PDB构建体 1–214； UniProt 1–214

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8crg
沉积日期 deposition_date	2023-03-08
结构标题 title	E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis
关键词 keywords	phosphotransferase, energy metabolism, AP4A hydrolysis, potential moonlighting protein, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.92 Å
零角强度 I(0) i0	43102400.00
分子量 molecular_weight	49082.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60820 Å³
包络体积 envelope_volume	74920 Å³
水化壳体积 shell_volume	25167 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.93 Å
包络 Rg envelope_rg	25.89 Å
形状 Rg shape_rg	25.96 Å
总 Rg total_rg	26.49 Å
总原子数 total_atoms	6859
残基数 n_residues	428
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8506
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.467
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.832; Smooth: 0.897

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Adenylate kinase
分子量 formula_weight	23620.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7869

MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSGSELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDCRNGFLLDGFPRTIPQADAMKEAGINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFNPPKVEGKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNTKYAKVDGTKPVAEVRADLEKILG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	209.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	492

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.810 Å
晶胞边长 b length_b	77.360 Å
晶胞边长 c length_c	59.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	37.610 Å
R 因子 r_factor	0.1639
R_work r_work	0.1632
R_free r_free	0.1907

fit	/app/data/saxs_computation/cr/8crg/8crg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cr/8crg/8crg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cr/8crg/8crg.dat