8cvo

Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S5

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2B7I5L8_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

30S ribosomal protein S3

物种未注明

UniProt A0A2B7I5Y3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2B7I5Y3_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

30S ribosomal protein S7

物种未注明

UniProt A0A2B7ITZ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A2B7ITZ4_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt A0A2B7JN42

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2B7JN42_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

30S ribosomal protein S10

物种未注明

UniProt A0A085B5E4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A085B5E4_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

30S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt A0A2C6LKT6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2C6LKT6_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

30S ribosomal protein S14 type Z

物种未注明

UniProt A0A2B7JMX1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S19 × 1 （A0A2B7ITR7） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2B7JMX1_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

30S ribosomal protein S19

物种未注明

UniProt A0A2B7ITR7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （A0A2B7I5L8） 30S ribosomal protein S3 × 1 （A0A2B7I5Y3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A2B7ITZ4） 30S ribosomal protein S9 × 1 （A0A2B7JN42） 30S ribosomal protein S10 × 1 （A0A085B5E4） 30S ribosomal protein S13 × 1 （A0A2C6LKT6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （A0A2B7JMX1） Sarecycline × 1 MAGNESIUM ION × 12 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2B7ITR7_CUTAC
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cvo
沉积日期 deposition_date	2022-05-18
结构标题 title	Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map
关键词 keywords	ribosome, sarecycline, acne, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cvo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cvo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cvo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.55 Å
Rg（电子密度）	39.64 Å
总 Rg	39.88 Å
原子数	17421
残基数	1400
排除体积	273080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cvo__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	498742.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17421

UUUUUCAUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGAAAGGCCCUGCUUUUGUGGGGUGCUCGAGUGGCGAACGGGUGAGUAACACGUGAGUAACCUGCCCUUGACUUUGGGAUAACUUCAGGAAACUGGGGCUAAUACCGGAUAGGAGCUCCUGCUGCAUGGUGGGGGUUGGAAAGUUUCGGCGGUUGGGGAUGGACUCGCGGCUUAUCAGCUUGUUGGUGGGGUAGUGGCUUACCAAGGCUUUGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGACCGGCCACAUUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGGAAGCCUGAUGCAGCAACGCCGCGUGCGGGAUGACGGCCUUCGGGUUGUAAACCGCUUUCGCCUGUGACGAAGCGUGAGUGACGGUAAUGGGUAAAGAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUGAUACGUAGGGUGCGAGCGUUGUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAGGGCUCGUAGGUGGUUGAUCGCGUCGGAAGUGUAAUCUUGGGGCUUAACCCUGAGCGUGCUUUCGAUACGGGUUGACUUGAGGAAGGUAGGGGAGAAUGGAAUUCCUGGUGGAGCGGUGGAAUGCGCAGAUAUCAGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGGUUCUCUGGGCCUUUCCUGACGCUGAGGAGCGAAAGCGUGGGGAGCGAACAGGCUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCUGUAAACGGUGGGUACUAGGUGUGGGGUCCAUUCCACGGGUUCCGUGCCGUAGCUAACGCUUUAAGUACCCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGCCCCGCACAAGCGGCGGAGCAUGCGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGUAGAACCUUACCUGGGUUUGACAUGGAUCGGGAGUGCUCAGAGAUGGGUGUGCCUCUUUUGGGGUCGGUUCACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUCACUGUUGCCAGCACGUUAUGGUGGGGACUCAGUGGAGACCGCCGGGGUCAACUCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGUCCAGGGCUUCACGCAUGCUACAAUGGCUGGUACAGAGAGUGGCGAGCCUGUGAGGGUGAGCGAAUCUCGGAAAGCCGGUCUCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACUCGACCUCAUGAAGUCGGAGUCGCUAGUAAUCGCAGAUCAGCAACGCUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGGCUUGUACACACCGCCCGUCAAGUCAUGAAAGUUGGUAACACCCGAAGCCGGUGGCCUAACCGUUGUGGGGGAGCCGUCGAAGGUGGGACUGGUGAUUAGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCUAAGGAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S5
分子量 formula_weight	22603.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSGTQRRGGGAGGERRGRDNRRGQNDRNRNQNEYLERVVAINRVAKVVQGGRRFSFTALVVVGDGEGSVGVGYGKAKEVPAAIAKAVEEAKKHFFKVPLVGRTITHPVIGEKAAGVVMLRPASPGTGVIAGGSARAVLECAGVHDVLAKSLGSSNAINVVHATVDALQQLEEPEEVARRRGKSVEDIAPAAMLRARKEADEAAAAARMEEKAGVN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S3
分子量 formula_weight	29728.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MGQKINPHGFRLGVTTDHKTRWYAEKQYAELVGEDVKIREWLHKNLERAGLSSIEIERRSERVTIFLYAARPGIVIGRNGAEAERVRGELEKLTGKQIQLNILEVKSPETDAQLVAQGIAEQLAARVAFRRAMRKAQQSAMNAGALGIRIKCSGRLGGAEMSRSEGYREGRVPLHTLRADIDYGFFEARTTFGRIGVKVWIYKGDVTGTRAERAAQKAARQAAQGGRGGRGGNRRGRGDRPDRRGGRRRAEAAKQSAETPAPQTENAGA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	17615.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MPRKGPAPKRPVMVDPVYGSPLVSQLVSKILLDGKKTVAQNIVYTALEGCRAKNNTDPVQTLKRALDNIKPSLEVKSRRVGGATYQVPVEVKPARQTTLAMRWLVNFSRERREKTMAERLMNEILDASNGLGASVKRREDTHKMAEANRAFAHYRW

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	18630.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MTDTPTENLENTEVTPFTEGDREIAYRTDSNPTVAAGDSKRPAMIAPGAATGRRKEAIARVRITPGSGQWKINGRTLEDYFPNKVHQQIVTEPFATAGVEGAYDVIARIGGGGVTGQAGALRLGIARALNNVDPEASRPALKKAGMLTRDARVKERKKAGLKKARKAPQYSKR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	11750.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MAGQKIRIRLRAYDHEVIDSSARKIVDTVTRTGAKVAGPVPLPTEKNVFCVIRSPHKYKDSREHFEMRTHKRLIDILEPTPKTVDSLMRLDLPAGVDIEIKLP

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	14030.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MARLIGVDLPRDKRLEVALTYIYGIGRTRATETLKATGISGDLRVHELTDDQLVALRDHIEANYHVEGDLRREVAADIRRKIEIGTYQGRRHRSGLPVRGQRTRTNARTRKGKRKAVAKKKAK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S14 type Z
分子量 formula_weight	6924.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MAKTALKVKAARKPKFGVRAYTRCQRCGRPHSVYRKFGLCRICLREMAHAGQLPGVTKSSW

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19
分子量 formula_weight	10536.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MPRSLKKGPFVDEHLAKKVTAQNEAGTHNVIKTWSRRSMVTPDMIGHTIGVHDGRKHVPVFVTESMVGHKLGEFAPTRTFKGHVKDDKKARRR

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	Sarecycline
分子量 formula_weight	487.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8cvoI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	455 — Ribosomal Protein S7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S7/S5

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	70853

Cutibacterium acnes 30S ribosomal subunit with Sarecycline bound, head domain only in the local refined map

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S14 type Z

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cvo__assembly_1__model_1

8cvo__assembly_1__model_1 | I(q)

8cvo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer