SAXSdb — 8dau

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 48

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–835 链 B； UniProt 1–835 链 C； UniProt 1–835 链 D； UniProt 1–835 链 E； UniProt 1–835 链 F； UniProt 1–835	未记录	Nuclear protein localization protein 4 × 1 （P33755） Ubiquitin fusion degradation protein 1 × 1 （P53044） Ubiquitin × 3 （P0CG63） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6OA9 Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2019-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 3.90 Å
6OAA Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 1 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 4.10 Å
6OAB Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 2 提交 2019-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 3.60 Å
6OMB Cdc48 Hexamer (Subunits A to E) with substrate bound to the central pore 提交 2019-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OPC Cdc48 Hexamer in a complex with substrate and Shp1(Ubx Domain) 提交 2019-04-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8DAR Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex unbound but in the presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP 提交 2022-06-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.00 Å
8DAS Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intA) 提交 2022-06-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.80 Å
8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.60 Å
8U7T Substrate-bound Cdc48, Class 1 提交 2023-09-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8U8I Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 4 提交 2023-09-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8U9C Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 5 提交 2023-09-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8U9P Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 2 提交 2023-09-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8U9Q Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 6 提交 2023-09-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8U9Z Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 7 提交 2023-09-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8UA0 Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 8 提交 2023-09-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8UA1 Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 9 提交 2023-09-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8UAA Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, Class 3 提交 2023-09-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8UB4 Cdc48-Shp1 unfolding native substrate, consensus structure 提交 2023-09-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric	链 A 1–835（835 aa）链 B 1–835（835 aa）链 C 1–835（835 aa）链 D 1–835（835 aa）链 E 1–835（835 aa）链 F 1–835（835 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC48_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–838； UniProt 1–835 作者链 B； PDB构建体 4–838； UniProt 1–835 作者链 C； PDB构建体 4–838； UniProt 1–835 作者链 D； PDB构建体 4–838； UniProt 1–835 作者链 E； PDB构建体 4–838； UniProt 1–835 作者链 F； PDB构建体 4–838； UniProt 1–835

Nuclear protein localization protein 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P33755

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–580	未记录	Cell division control protein 48 × 6 （P25694） Ubiquitin fusion degradation protein 1 × 1 （P53044） Ubiquitin × 3 （P0CG63） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6JWH Yeast Npl4 zinc finger, MPN and CTD domains 提交 2019-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 113–580（468 aa）	突变：E123A,K124A,E125A	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；4% Tacsimat (pH 6.0), 12% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.193
6JWI Yeast Npl4 in complex with Lys48-linked diubiquitin 提交 2019-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 113–580（468 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.226
6JWI Yeast Npl4 in complex with Lys48-linked diubiquitin 提交 2019-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 113–580（468 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 BCN BICINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM Bicine-NaOH (pH 6.5), 18% PEG 3350, 200mM lithium sulfate	分辨率 2.55 Å R-free 0.226
6JWJ Npl4 in complex with Ufd1 提交 2019-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 113–580（468 aa）	突变：E123A,K124A,E125A	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；90mM BisTris-HCl (pH 7.5), 19% PEG 3350, 10mM ATP	分辨率 1.58 Å R-free 0.206
6OA9 Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ATP 提交 2019-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 3.90 Å
6OAA Cdc48-Npl4 complex processing poly-ubiquitinated substrate in the presence of ADP-BeFx, state 1 提交 2019-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Waited 20 seconds before blotting for 2.5-3 seconds.	分辨率 4.10 Å
8DAR Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex unbound but in the presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP 提交 2022-06-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.00 Å
8DAS Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intA) 提交 2022-06-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.80 Å
8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.60 Å
9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric	链 G 1–580（580 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPL4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–583； UniProt 1–580

Ubiquitin fusion degradation protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P53044

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–361	未记录	Cell division control protein 48 × 6 （P25694） Nuclear protein localization protein 4 × 1 （P33755） Ubiquitin × 3 （P0CG63） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZC1 Ufd1 exhibits the AAA-ATPase fold with two distinct ubiquitin interaction sites 提交 2005-04-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–208（208 aa）片段：N domain, residues 1-208	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；307 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM Phosphate 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.2mM Ufd1 \| 50mM Phosphate, 20mM NaCl,pH6.0	分辨率未提供
6JWJ Npl4 in complex with Ufd1 提交 2019-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 288–305（18 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；90mM BisTris-HCl (pH 7.5), 19% PEG 3350, 10mM ATP	分辨率 1.58 Å R-free 0.206
8DAR Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex unbound but in the presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP 提交 2022-06-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–361（361 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.00 Å
8DAS Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intA) 提交 2022-06-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–361（361 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 H 1–361（361 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.80 Å
8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 H 1–361（361 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–361（361 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 3–363； UniProt 1–361

Ubiquitin

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P0CG63

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–76 链 J； UniProt 1–76 链 K； UniProt 1–76	未记录	Cell division control protein 48 × 6 （P25694） Nuclear protein localization protein 4 × 1 （P33755） Ubiquitin fusion degradation protein 1 × 1 （P53044） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3OLM Structure and Function of a Ubiquitin Binding Site within the Catalytic Domain of a HECT Ubiquitin Ligase 提交 2010-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；13.5% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.272
4HCN Crystal structure of Burkholderia pseudomallei effector protein CHBP in complex with ubiquitin 提交 2012-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：unp RESIDUES 1-76	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FMT FORMIC ACID × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；293 K；12.5% PEG3350, 125MM MAGNESIUM FORMATE, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4NNJ Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin 提交 2013-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76 链 D 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76 链 E 1–76（76 aa）片段：UNP residues 1-76	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 29 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.201
4Q5E Shigella Effector Kinase OspG bound to E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–76（76 aa）	突变：C17S, C137S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.87 Å R-free 0.232
4Q5H Shigella Effector Kinase OspG bound to AMPPNP and E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–76（76 aa）	突变：C17S, C137S	MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
8DAT Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (intB) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）链 L 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.80 Å
8DAV Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uC) 提交 2022-06-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 I 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.50 Å
8DAW Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to three ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 2 (uD) 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）链 L 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 1 mM MgCl2, 5 mM ATP. Added 0.05% CHAPSO before vitrification. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；8 s wait, 4 s blot before plunging	分辨率 3.60 Å
9OFV Consensus reconstruction of the eukaryotic Ribosome-associated Quality Control complex 提交 2025-04-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：64-meric	链 H 1–76（76 aa）链 J 1–76（76 aa）链 K 1–76（76 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 12 SPD SPERMIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBI4P_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 J； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 K； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dau
沉积日期 deposition_date	2022-06-14
结构标题 title	Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA)
关键词 keywords	ATPASE, ATPASE COMPLEX, UBIQUITIN, SUMO, SMT3, QUALITY CONTROL, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.90 Å
零角强度 I(0) i0	3486990000.00
分子量 molecular_weight	488170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	608430 Å³
包络体积 envelope_volume	901210 Å³
水化壳体积 shell_volume	132930 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.5 Å
壳层 Rg shell_rg	62.03 Å
包络 Rg envelope_rg	53.11 Å
形状 Rg shape_rg	53.94 Å
总 Rg total_rg	53.96 Å
总原子数 total_atoms	34248
残基数 n_residues	4342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.4 Å
Rg (实空间) rg_real	53.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4870e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3489000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8645
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.252
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	624200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.754

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division control protein 48
分子量 formula_weight	92389.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	34248

GSHMGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDTVLIVLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVRKGDHFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHPQLFKAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEIDSIAPKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKNMKLADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRETVVESVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPELLSMWYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPDQIDPAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHRQHEAEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFNDAPLGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear protein localization protein 4
分子量 formula_weight	66144.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GSHMLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILNYSDKPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKEYHEKNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHVEFQKSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEMGLSRIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDISSYQVSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTETNSKFVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWEESLLKLVSSAGWQTLVMILQESG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin fusion degradation protein 1
分子量 formula_weight	40001.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

GSMFSGFSSFGGGNGFVNMPQTFEEFFRCYPIAMMNDRIRKDDANFGGKIFLPPSALSKLSMLNIRYPMLFKLTANETGRVTHGGVLEFIAEEGRVYLPQWMMETLGIQPGSLLQISSTDVPLGQFVKLEPQSVDFLDISDPKAVLENVLRNFSTLTVDDVIEISYNGKTFKIKILEVKPESSSKSICVIETDLVTDFAPPVGYVEPDYKALKAQQDKEKKNSFGKGQVLDPSVLGQGSMSTRIDYAGIANSSRNKLSKFVGQGQNISGKAPKAEPKQDIKDMKITFDGEPAKLDLPEGQLFFGFPMVLPKEDEESAAGSKSSEQNFQGQGISLRKSNKRKTKSDHDSSKSKAPKSPEVIEID

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8568.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8dauJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8dauK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36688

fit	/app/data/saxs_computation/da/8dau/8dau.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/8dau/8dau.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/8dau/8dau.dat

Saccharomyces cerevisiae Ufd1/Npl4/Cdc48 complex bound to two folded ubiquitin moieties and one unfolded ubiquitin in presence of SUMO-ubiquitin(K48polyUb)-mEOS and ATP, state 1 (uA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 48

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear protein localization protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin fusion degradation protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)