8ddr

cryo-EM structure of TRPM3 ion channel in the absence of PIP2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 167.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 3

Mus musculus

UniProt Q5F4S7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–1344 链 B; UniProt 2–1344 链 C; UniProt 2–1344 链 D; UniProt 2–1344 未记录 Unidentified segment at the N-terminus of TRPM3 × 4 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 4 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 4 NA SODIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5F4S7_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1343; UniProt 2–1344 作者链 B; PDB构建体 1–1343; UniProt 2–1344 作者链 C; PDB构建体 1–1343; UniProt 2–1344 作者链 D; PDB构建体 1–1343; UniProt 2–1344

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ddr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ddr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ddr
沉积日期 deposition_date2022-06-18
结构标题 titlecryo-EM structure of TRPM3 ion channel in the absence of PIP2
关键词 keywordsTRPM3, ion channel, PIP2, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.39
零角强度 I(0) i02644680000.00
分子量 molecular_weight455620.0 kDa
排除体积 excluded_volume580100 ų
包络体积 envelope_volume903010 ų
水化壳体积 shell_volume134410 ų
包络直径 envelope_diameter166.8
壳层 Rg shell_rg62.92
包络 Rg envelope_rg51.17
形状 Rg shape_rg53.41
总 Rg total_rg53.60
总原子数 total_atoms32042
残基数 n_residues3940
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.7
Rg (实空间) rg_real53.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03
I(0) (实空间) i0_real2.6450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2647000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8776
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary75.2
偏度 Skewness skewness0.019
峰度 Kurtosis kurtosis-0.492
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha395900000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.880

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)