8dnj

Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with AstraZeneca WO2020/178282A1 compound 76

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.6 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2B of GTPase KRas

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–169	突变：C51S,C80L,C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U4U 1-[(5S,9P,12aR)-9-(2-chloro-6-hydroxyphenyl)-8-ethynyl-10-fluoro-3,4,12,12a-tetrahydro-6H-pyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-2(1H)-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.001M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, 10% Ethanol	分辨率 1.81 Å R-free 0.289
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–169	突变：C51S,C80L,C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U4U 1-[(5S,9P,12aR)-9-(2-chloro-6-hydroxyphenyl)-8-ethynyl-10-fluoro-3,4,12,12a-tetrahydro-6H-pyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-2(1H)-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.001M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, 10% Ethanol	分辨率 1.81 Å R-free 0.289
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–169	突变：C51S,C80L,C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U4U 1-[(5S,9P,12aR)-9-(2-chloro-6-hydroxyphenyl)-8-ethynyl-10-fluoro-3,4,12,12a-tetrahydro-6H-pyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-2(1H)-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.001M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, 10% Ethanol	分辨率 1.81 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DNJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XHA Crystal Structure of KRAS-G12V (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) and cysteine-rich domain (CRD) of RAF1/CRAF 提交 2020-06-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12V, C118S	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM MgCl2, 8% PGA, 0.35 mM D-myo-phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate	分辨率 2.87 Å R-free 0.269
6XI7 Crystal Structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) and cysteine-rich domain (CRD) of RAF1/CRAF (crystal form I) 提交 2020-06-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：C118S	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；2218.18 mM AMSO4, 6.5% (w/v) PEG 400, pH 5.3	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
7A1W KRASG12C GDP form in complex with Cpd3 提交 2020-08-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 QWK ~{N}-[6-(phenylmethyl)-7,8-dihydro-5~{H}-pyrido[4,3-d]pyrimidin-2-yl]propanamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG 3350 20% - Na2HPO4 200mM - pH7	分辨率 1.76 Å R-free 0.236
7A47 KRASG12C GDP form in complex with Cpd4 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 QY5 ~{N}-[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-3-[[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-propanoyl-amino]propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1 M Sodium Citrate pH 6.0	分辨率 2.16 Å R-free 0.208
7A47 KRASG12C GDP form in complex with Cpd4 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 QY5 ~{N}-[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-3-[[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-propanoyl-amino]propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1 M Sodium Citrate pH 6.0	分辨率 2.16 Å R-free 0.208
7A47 KRASG12C GDP form in complex with Cpd4 提交 2020-08-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 QY5 ~{N}-[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-3-[[3-bromanyl-2-(2-methylimidazol-1-yl)pyridin-4-yl]-propanoyl-amino]propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.1 M Sodium Citrate pH 6.0	分辨率 2.16 Å R-free 0.208
7EYX Crystal structure of Mg-free KRAS-G12D bound to GDP 提交 2021-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–169（168 aa）	突变：G12D	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；30% (w/v) PEG-8000, 0.1M Acetate pH 4.5, 0.2M Li2SO4 (final pH 4.7)	分辨率 1.82 Å R-free 0.212
7F0W Crystal structure of KRAS-G12D bound to GDP with switch 1 open conformation 提交 2021-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–169（168 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；1.0 M sodium citrate, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M NaCl	分辨率 1.39 Å R-free 0.190
7LZ5 Crystal structure of oncogenic KRAS Q61E GMPPCP-bound 提交 2021-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.50 Å R-free 0.179
7MDP KRas G12C in complex with G-2897 提交 2021-04-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	Z07 4-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazol-2-amine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 CAD CACODYLIC ACID × 4 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M MES pH 6.0, 21 % PEG 4K and 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.96 Å R-free 0.229
7OK3 Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor edaGDP 提交 2021-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G13C	VJ8 edaGDP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M (NH4)F, 20 % PEG3350, 67 mg/mL KRasG13C-edaGDP, 0.1 uL reservoir + 0.1 uL protein solution	分辨率 1.60 Å R-free 0.200
7OK4 Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based covalent Inhibitor bdaGDP 提交 2021-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G13C	VJB bdaGDP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M (NH4)F, 20 % PEG3350, 70 mg/mL KRas-bdaGDP, 0.1 uL reservoir + 0.1 uL protein solution	分辨率 1.70 Å R-free 0.182
7RP3 Crystal structure of GNE-1952 alkylated KRAS G12C in complex with 2H11 CLAMP 提交 2021-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–169（168 aa）	突变：G12C	MKZ 1-[4-[6-chloranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.10% n-Octyl-B-D-glucoside, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 22% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
7RPZ KRAS G12D in complex with MRTX-1133 提交 2021-08-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium Citrate pH 4.2,29% PEG 8K, 200 mM Ammonium Acetate	分辨率 1.30 Å R-free 0.171
7RT1 Crystal Structure of KRAS G12D with compound 15 (4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)naphthalen-2-ol) bound 提交 2021-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 7L8 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)naphthalen-2-ol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；25% PEG8000, 100 mM sodium citrate, pH 5.4, 200 mM ammonium acetate	分辨率 1.27 Å R-free 0.168
7RT2 Crystal Structure of KRAS G12D with compound 25 (4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)naphthalen-2-ol) bound 提交 2021-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 7NL 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)naphthalen-2-ol × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；28% PEG8000, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 200 mM ammonium acetate	分辨率 1.59 Å R-free 0.180
7RT3 Crystal Structure of KRAS G12D with compound 24 (4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2S,4S,7aR)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)naphthalen-2-ol) bound 提交 2021-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7NZ 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2S,4S,7aR)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)naphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；28% PEG8000, 100 mM sodium citrate, pH 4.6, 100 mM ammonium acetate	分辨率 1.56 Å R-free 0.199
7RT4 KRAS G12D in complex with Compound 5B (7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-4-(piperazin-1-yl)pyrido[4,3-d]pyrimidine) 提交 2021-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 7IZ 7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-4-(piperazin-1-yl)pyrido[4,3-d]pyrimidine × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG8000, sodium citrate, ammonium acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
7RT5 Crystal structure of KRAS G12D with compound 36 (4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-7-(8-ethynyl-7-fluoronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4s,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidine) bound 提交 2021-08-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 7OE 4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-7-(8-ethynyl-7-fluoronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4s,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM sodium citrate, pH 4.5, 26% PEG8000, 200 mM ammonium acetate	分辨率 1.29 Å R-free 0.187
7T1F Crystal structure of GDP-bound T50I mutant of human KRAS4B 提交 2021-12-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：T50I	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M calcium chloride and 20% PEG3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
7T1F Crystal structure of GDP-bound T50I mutant of human KRAS4B 提交 2021-12-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）	突变：T50I	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M calcium chloride and 20% PEG3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
7T1F Crystal structure of GDP-bound T50I mutant of human KRAS4B 提交 2021-12-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）	突变：T50I	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M calcium chloride and 20% PEG3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
7W5R KRAS G12V and peptide complex 提交 2021-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–168（168 aa）链 E 1–168（168 aa）链 I 1–168（168 aa）链 M 1–168（168 aa）链 Q 1–168（168 aa）链 U 1–168（168 aa）	突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V	MG MAGNESIUM ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8	分辨率 3.87 Å R-free 0.310
7YCC KRas G12C in complex with Compound 5c 提交 2022-07-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IQC 1-[7-[6-chloranyl-8-fluoranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-[(1-methylpiperidin-4-yl)amino]quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.79 Å R-free 0.255
7YCC KRas G12C in complex with Compound 5c 提交 2022-07-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IQC 1-[7-[6-chloranyl-8-fluoranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-[(1-methylpiperidin-4-yl)amino]quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.79 Å R-free 0.255
7YCC KRas G12C in complex with Compound 5c 提交 2022-07-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IQC 1-[7-[6-chloranyl-8-fluoranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-[(1-methylpiperidin-4-yl)amino]quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.79 Å R-free 0.255
7YCE KRas G12C in complex with Compound 7b 提交 2022-07-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C, C118S	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 IQN 1-[7-[6-chloranyl-2-(1-ethylpiperidin-4-yl)oxy-8-fluoranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.80 Å R-free 0.291
8B69 Heterotetramer of K-Ras4B(G12V) and Rgl2(RBD) 提交 2022-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–169（169 aa）链 D 1–169（169 aa）	突变：G12V 突变：G12V	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Sodium/potassium phosphate pH 7.5, 0.1M HEPES 7.5, 22.5% v/v PEG (16.67%w/v PEG 8000, 16.67%w/v PEG 10000, 16.67% w/v PEG 6000), 10% v/v Glycerol	分辨率 3.07 Å R-free 0.317
8BE3 Crystal structure of KRasG12V-Nanobody84 提交 2022-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–169（169 aa）	突变：G12V	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350 21%, MES 0.1 M pH 6.0, NaCl 150mM	分辨率 1.85 Å R-free 0.230
8BE3 Crystal structure of KRasG12V-Nanobody84 提交 2022-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12V	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350 21%, MES 0.1 M pH 6.0, NaCl 150mM	分辨率 1.85 Å R-free 0.230
8BE4 Crystal structure of SOS1-KRasG12V-Nanobody14 提交 2022-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 1–169（169 aa）	突变：G12V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；14% PEG 1000, Tris 0.1 M pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
8BE5 Crystal structure of SOS1-KRasG12V-Nanobody22-Nanobody75 提交 2022-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–169（169 aa）	突变：G12V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5 and 0.2 M sodium acetate	分辨率 3.13 Å R-free 0.278
8CX5 Crystal Structure of small molecule alpha,beta-ketoamide 4 covalently bound to K-Ras(G12R) 提交 2022-05-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12R, C51S, C80L, C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 P7U {(2S)-4-[(7P)-7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4R,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(3S)-2,2,3-trihydroxybutanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 6.5 30% w/v PEG 4K	分辨率 1.72 Å R-free 0.221
8CX5 Crystal Structure of small molecule alpha,beta-ketoamide 4 covalently bound to K-Ras(G12R) 提交 2022-05-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）	突变：G12R, C51S, C80L, C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 P7U {(2S)-4-[(7P)-7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4R,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(3S)-2,2,3-trihydroxybutanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES 6.5 30% w/v PEG 4K	分辨率 1.72 Å R-free 0.221
8DNK Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with Taiho WO2020/085493A1 compound 6 提交 2022-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：C51S,C80L,C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U50 2-{[(5-tert-butyl-6-chloro-1H-indazol-3-yl)amino]methyl}-4-chloro-1-methyl-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)-1H-imidazole-5-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate	分辨率 2.23 Å R-free 0.235
8EBZ Crystal Structure of GMPPNP-bound KRAS-G13D mutant at 1.2 Ang resolution 提交 2022-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G13D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG 400, 20% PEG 8000, 50 mM Magnesium Chloride	分辨率 1.20 Å R-free 0.171
8F0M Monobody 12D5 bound to KRAS(G12D) 提交 2022-11-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% w/v PEG3350, 0.05% w/v benzamidine hydrochloride	分辨率 2.44 Å R-free 0.245
8F0M Monobody 12D5 bound to KRAS(G12D) 提交 2022-11-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–169（169 aa）	突变：G12D, C51S, C80L, C118S	MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% w/v PEG3350, 0.05% w/v benzamidine hydrochloride	分辨率 2.44 Å R-free 0.245
8FMI Crystal structure of human KRAS at 1.12 A 提交 2022-12-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium Formate 0.2 M and PEG 3350 20%	分辨率 1.12 Å R-free 0.147
8TVK KRAS 1-169 G12C Mutant at 100k 提交 2023-08-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT	分辨率 1.04 Å R-free 0.205
8TXJ KRAS 1-169 G12C Mutant at 277k 提交 2023-08-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
8TXK KRAS 1-169 G12C Mutant at 240k 提交 2023-08-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT	分辨率 1.38 Å R-free 0.221
8TY2 KRAS 1-169 G12C Mutant at 293k 提交 2023-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT	分辨率 1.41 Å R-free 0.208
8TY8 KRAS 1-169 G12C Mutant at 310k 提交 2023-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
8TY9 KRAS 1-169 G12C Mutant at 313k 提交 2023-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	突变：G12C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200mM Na Acetate pH 3.6 100mM Tris pH 8.5 20% PEG 3350 1mM DTT	分辨率 1.43 Å R-free 0.213
8X6R KRasG12C in complex with inhibitor 提交 2023-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y9D 1-[7-[6-ethenyl-8-ethoxy-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(1-methylpiperidin-4-yl)oxy-quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.299
8X6R KRasG12C in complex with inhibitor 提交 2023-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y9D 1-[7-[6-ethenyl-8-ethoxy-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(1-methylpiperidin-4-yl)oxy-quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.299
8X6R KRasG12C in complex with inhibitor 提交 2023-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y9D 1-[7-[6-ethenyl-8-ethoxy-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(1-methylpiperidin-4-yl)oxy-quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.299
8X6R KRasG12C in complex with inhibitor 提交 2023-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y9D 1-[7-[6-ethenyl-8-ethoxy-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(1-methylpiperidin-4-yl)oxy-quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.299
8X6R KRasG12C in complex with inhibitor 提交 2023-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y9D 1-[7-[6-ethenyl-8-ethoxy-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(1-methylpiperidin-4-yl)oxy-quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.299
8X6R KRasG12C in complex with inhibitor 提交 2023-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y9D 1-[7-[6-ethenyl-8-ethoxy-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(1-methylpiperidin-4-yl)oxy-quinazolin-4-yl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]propan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.85 Å R-free 0.299
9UOH KRasG12C in complex with ASP2453 提交 2025-04-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–169（169 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1L9E ASP2453 × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MES, ammonium sulfate, PEG550MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.259

共 38 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RASK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–184； UniProt 1–169 作者链 B； PDB构建体 16–184； UniProt 1–169 作者链 C； PDB构建体 16–184； UniProt 1–169

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dnj
沉积日期 deposition_date	2022-07-11
结构标题 title	Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with AstraZeneca WO2020/178282A1 compound 76
关键词 keywords	Inhibitor, GTPase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.57 Å
零角强度 I(0) i0	62812900.00
分子量 molecular_weight	60032.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74262 Å³
包络体积 envelope_volume	90973 Å³
水化壳体积 shell_volume	28651 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.72 Å
包络 Rg envelope_rg	26.35 Å
形状 Rg shape_rg	26.59 Å
总 Rg total_rg	27.23 Å
总原子数 total_atoms	4211
残基数 n_residues	505
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.628
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.960

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2B of GTPase KRas
分子量 formula_weight	21133.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	C51S,C80L,C118S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4418

MKHHHHHHHLVPRGSMTEYKLVVVGACGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETSLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLLVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;1-[(5S,9P,12aR)-9-(2-chloro-6-hydroxyphenyl)-8-ethynyl-10-fluoro-3,4,12,12a-tetrahydro-6H-pyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-2(1H)-yl]propan-1-one ;
分子量 formula_weight	428.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8dnjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dnjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8dnjC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.594 Å
晶胞边长 b length_b	112.162 Å
晶胞边长 c length_c	57.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2418
R_work r_work	0.2392
R_free r_free	0.2889

fit	/app/data/saxs_computation/dn/8dnj/8dnj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dn/8dnj/8dnj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dn/8dnj/8dnj.dat