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8dpx

Preligand association structure of DR5

Method: SOLUTION NMR Dmax: 113.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10B

Homo sapiens

UniProt O14763

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 77–184 链 B； UniProt 77–184 链 C； UniProt 77–184 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成：400 uM [U-100% 15N, U-100% 13C, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：500 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：250 uM [U-100% 15N; U-100% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM [U-100% 13C] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H] Isotopically mixed DR5 ectodomain, 250 uM DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] DR5 ectodomain, 5.5 mM DGS-NTA (Ni), 55 mM DMPC, 110 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：400 uM [U-100% 15N, U-85% 2H] DR5 ectodomain, 4.4 mM DGS-NTA (Ni), 44 mM DMPC, 88 mM D7PC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8DPX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D0G CRYSTAL STRUCTURE OF DEATH RECEPTOR 5 (DR5) BOUND TO APO2L/TRAIL 提交 1999-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130
链 S 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130
链 T 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN RESIDUES 1-130
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；15% Peg8K, 10% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulface, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 B 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 C 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 H 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
链 I 54–183（130 aa） 片段：EXTRACELLULAR DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1ZA3 The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 提交 2005-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 54–183（130 aa） 片段：Extra-cellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；292 K；20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.35 Å R-free 0.280
1ZA3 The crystal structure of the YSd1 Fab bound to DR5 提交 2005-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 54–183（130 aa） 片段：Extra-cellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；292 K；20% PEG 8000, 0.2M MgAcetate, 0.1M NaCacodylate pH 6.2-6.6, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.35 Å R-free 0.280
2H9G Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) 提交 2006-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 54–183（130 aa） 片段：extra cellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.32 Å R-free 0.282
2H9G Crystal structure of phage derived Fab BdF1 with human Death Receptor 5 (DR5) 提交 2006-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 54–183（130 aa） 片段：extra cellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；Crystals from drops containing an equal volume of protein and well solution consisting of 20% PEG 3350, 0.2M Na2HPO4, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1-6.8. The crystals were cryo-protected with well solution supplemented with 20% PEG 200., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.32 Å R-free 0.282
3X3F TRAIL-R2 Extracellular Region Complexed to a Fab fragment from Human Agonist Antibody KMTR2 提交 2015-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 54–184（131 aa） 片段：UNP residues 54-184
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；7.5% PEG 3350, 75mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4I9X Crystal structure of human cytomegalovirus glycoprotein UL141 targeting the death receptor TRAIL-R2 提交 2012-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 58–184（127 aa） 片段：TRAIL-R2, UNP residues 58-184
链 D 58–184（127 aa） 片段：TRAIL-R2, UNP residues 58-184
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；295.15 K；20% PEG 8K, CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 T 57–182（126 aa） 片段：UNP residues 57-182
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 57–182（126 aa） 片段：UNP residues 57-182
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 57–182（126 aa） 片段：UNP residues 57-182
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4OD2 Crystal structure of the Fab fragment of an anti-DR5 antibody bound to DR5 提交 2014-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 73–183（111 aa） 片段：UNP residues 73-183
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；Protein (7mg/mL in 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl) was mixed with equal volume of well solution (30% PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 3.20 Å R-free 0.305
6NHW Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 - Dimer of Trimer 提交 2018-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 208–242（35 aa） 片段：residues 208-242
链 B 208–242（35 aa） 片段：residues 208-242
链 C 208–242（35 aa） 片段：residues 208-242
链 D 208–242（35 aa） 片段：residues 208-242
链 E 208–242（35 aa） 片段：residues 208-242
链 F 208–242（35 aa） 片段：residues 208-242
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-15N; U-2H; 15%-13C] Transmembrane Domain of Death Receptor 5, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6NHY Structure of the transmembrane domain of the Death Receptor 5 mutant (G217Y) - Trimer Only 提交 2018-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 208–242（35 aa）
链 B 208–242（35 aa）
链 C 208–242（35 aa）
突变：G217Y 突变：G217Y 突变：G217Y 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N; 85%-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM DMPC, 100 mM DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [15%-13C; U-15N; H-2H] Transmembrane Domain of DR5 Mutant G217Y, 50 mM [acyl chain U-2H] DMPC, 100 mM [acyl chain U-2H] DHPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6T3J Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies 提交 2019-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 58–184（127 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；281 K；10% (w/v) PEG 4000 200 mM ammonium sulphate 100 mM Sodium acetate pH 4.6
分辨率 3.05 Å R-free 0.282
6T3J Dual Epitope Targeting by Anti-DR5 Antibodies 提交 2019-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 J 58–184（127 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；281 K；10% (w/v) PEG 4000 200 mM ammonium sulphate 100 mM Sodium acetate pH 4.6
分辨率 3.05 Å R-free 0.282

共 11 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TR10B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 77–184 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 77–184 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 77–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dpx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dpx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8dpx
沉积日期 deposition_date2022-07-17
结构标题 titlePreligand association structure of DR5
关键词 keywordspreligand association structure, autoinhibition state, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.97 Å
零角强度 I(0) i05471640000.00
分子量 molecular_weight547900.0 kDa
排除体积 excluded_volume651500 ų
包络体积 envelope_volume89238 ų
水化壳体积 shell_volume26360 ų
包络直径 envelope_diameter123.7 Å
壳层 Rg shell_rg34.22 Å
包络 Rg envelope_rg32.00 Å
形状 Rg shape_rg28.99 Å
总 Rg total_rg28.98 Å
总原子数 total_atoms72135
残基数 n_residues4905
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.5 Å
Rg (实空间) rg_real28.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5471000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7897
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.4 Å
偏度 Skewness skewness0.470
峰度 Kurtosis kurtosis-0.186
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha1067000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.380; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)