SAXSdb — 8e5p

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription termination factor Rho

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 6 RNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 a； UniProt 25–443 链 b； UniProt 25–443 链 c； UniProt 25–443 链 d； UniProt 25–443 链 e； UniProt 25–443 链 f； UniProt 25–443	未记录	RNA with 24 nt long spacer × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8E5P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6Z9Q Transcription termination intermediate complex 2 提交 2020-06-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
6Z9S Transcription termination intermediate complex 4 提交 2020-06-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7ADB Transcription termination intermediate complex 1 delta NusG 提交 2020-09-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7ADC Transcription termination intermediate complex 3 delta NusG 提交 2020-09-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7ADD Transcription termination intermediate complex IIIa 提交 2020-09-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7ADE Transcription termination complex IVa 提交 2020-09-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 5 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8E3H Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part 提交 2022-08-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
8E5L Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 21 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part 提交 2022-08-22	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8E6W Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, lambda-tR1 rut RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho part 提交 2022-08-23	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
8E70 Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 18 nt long RNA spacer, dC75 rut mimic RNA, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part 提交 2022-08-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 a 25–443（419 aa）链 b 25–443（419 aa）链 c 25–443（419 aa）链 d 25–443（419 aa）链 e 25–443（419 aa）链 f 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8PEU Rho-ATPgS-Psu complex III 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 25–443（419 aa）链 B 25–443（419 aa）链 C 25–443（419 aa）链 D 25–443（419 aa）链 E 25–443（419 aa）链 F 25–443（419 aa）链 I 25–443（419 aa）链 J 25–443（419 aa）链 K 25–443（419 aa）链 L 25–443（419 aa）链 M 25–443（419 aa）链 N 25–443（419 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 10 MG MAGNESIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å
8PEW Rho-ATPgS-Psu complex III expanded 提交 2023-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 A 25–443（419 aa）链 B 25–443（419 aa）链 C 25–443（419 aa）链 D 25–443（419 aa）链 E 25–443（419 aa）链 F 25–443（419 aa）链 G 25–443（419 aa）链 H 25–443（419 aa）链 I 25–443（419 aa）链 J 25–443（419 aa）链 K 25–443（419 aa）链 L 25–443（419 aa）链 M 25–443（419 aa）链 N 25–443（419 aa）链 O 25–443（419 aa）链 P 25–443（419 aa）链 X 25–443（419 aa）链 Y 25–443（419 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 16 MG MAGNESIUM ION × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.30 Å
8Q3N Bacterial transcription termination factor Rho + ADP 提交 2023-08-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 25–443（419 aa）链 B 25–443（419 aa）链 C 25–443（419 aa）链 D 25–443（419 aa）链 E 25–443（419 aa）链 F 25–443（419 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
8Q3O Bacterial transcription termination factor Rho + pppGpp 提交 2023-08-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 25–443（419 aa）链 B 25–443（419 aa）链 C 25–443（419 aa）链 D 25–443（419 aa）链 E 25–443（419 aa）链 F 25–443（419 aa）	未记录	0O2 guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0A0GPI6_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–419； UniProt 25–443 作者链 b； PDB构建体 1–419； UniProt 25–443 作者链 c； PDB构建体 1–419； UniProt 25–443 作者链 d； PDB构建体 1–419； UniProt 25–443 作者链 e； PDB构建体 1–419； UniProt 25–443 作者链 f； PDB构建体 1–419； UniProt 25–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e5p
沉积日期 deposition_date	2022-08-22
结构标题 title	Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part
关键词 keywords	;factor-dependent termination, Rho, transcription termination, transcription elongation complex, helicase, ATPase, TRANSCRIPTION-RNA complex ;; TRANSCRIPTION/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.44 Å
零角强度 I(0) i0	1220050000.00
分子量 molecular_weight	286090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	357160 Å³
包络体积 envelope_volume	508210 Å³
水化壳体积 shell_volume	89678 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.1 Å
壳层 Rg shell_rg	53.77 Å
包络 Rg envelope_rg	44.23 Å
形状 Rg shape_rg	44.44 Å
总 Rg total_rg	44.81 Å
总原子数 total_atoms	20038
残基数 n_residues	2510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1220000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9011
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.588
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	135000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.940

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA with 24 nt long spacer
分子量 formula_weight	12912.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	7
原子数 atom_count	20038

AUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAUUUGGUGAGAGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription termination factor Rho
分子量 formula_weight	47070.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,f,c,b,a,d

MNLTELKNTPVSELITLGENMGLENLARMRKQDIIFAILKQHAKSGEDIFGDGVLEILQDGFGFLRSADSSYLAGPDDIYVSPSQIRRFNLRTGDTISGKIRPPKEGERYFALLKVNEVNFDKPENARNKILFENLTPLHANSRLRMERGNGSTEDLTARVLDLASPIGRGQRGLIVAPPKAGKTMLLQNIAQSIAYNHPDCVLMVLLIDERPEEVTEMQRLVKGEVVASTFDEPASRHVQVAEMVIEKAKRLVEHKKDVIILLDSITRLARAYNTVVPASGKVLTGGVDANALHRPKRFFGAARNVEEGGSLTIIATALIDTGSKMDEVIYEEFKGTGNMELHLSRKIAEKRVFPAIDYNRSGTRKEELLTTQEELQKMWILRKIIHPMGEIDAMEFLINKLAMTKTNDDFFEMMKRS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

8. 引用文献 (2)

▶

分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	270373

fit	/app/data/saxs_computation/e5/8e5p/8e5p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/8e5p/8e5p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/8e5p/8e5p.dat

Escherichia coli Rho-dependent transcription pre-termination complex containing 24 nt long RNA spacer, Mg-ADP-BeF3, and NusG; Rho hexamer part

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription termination factor Rho

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)