SAXSdb — 8eb0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase RNF216

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） Ubiquitin × 2 （P0CG48） ZINC ION × 7 SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RN216_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–277； UniProt 510–784

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

Homo sapiens

UniProt P68036

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E3 ubiquitin-protein ligase RNF216 × 1 （Q9NWF9） Ubiquitin × 2 （P0CG48） ZINC ION × 7 SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2L3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–157； UniProt 1–154

Ubiquitin

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	E3 ubiquitin-protein ligase RNF216 × 1 （Q9NWF9） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） ZINC ION × 7 SULFATE ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 D； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eb0
沉积日期 deposition_date	2022-08-30
结构标题 title	RNF216/E2-Ub/Ub transthiolation complex
关键词 keywords	ubiquitin, transthiolation, ZF, RBR, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8eb0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8eb0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8eb0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.66 Å
Rg（电子密度）	26.75 Å
总 Rg	27.44 Å
原子数	4423
残基数	550
排除体积	78796 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8eb0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF216
分子量 formula_weight	31552.1 kDa
突变 mutation	C688A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4423

GPGQLIECRCCYGEFPFEELTQCADAHLFCKECLIRYAQEAVFGSGKLELSCMEGSCTCSFPTSELEKVLPQTILYKYYERKAEEEVAAAYADELVRCPSCSFPALLDSDVKRFSCPNPHCRKETCRKCQGLWKEHNGLTCEELAEKDDIKYRTSIEEKMTAARIRKCHKCGTGLIKSEGANRMSCRCGAQMCYLCRVSINGYDHFCQHPRSPGAPCQECSRCSLWTDPTEDDEKLIEEIQKEAEEEQKRKNGENTFKRIGPPLEKPVEKVQRVEAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
分子量 formula_weight	18126.8 kDa
突变 mutation	C86K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGMAASRRLMKELEEIRKCGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNIDEKGQVKLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFCKNAEEFTKKYGEKRPVD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8eb0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	8eb0C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8eb0D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	152.545 Å
晶胞边长 b length_b	70.363 Å
晶胞边长 c length_c	65.152 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.030 Å
最低分辨率 resolution_low	41.370 Å
R 因子 r_factor	0.3062
R_work r_work	0.3026
R_free r_free	0.3389

RNF216/E2-Ub/Ub transthiolation complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase RNF216

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8eb0__assembly_1__model_1

8eb0__assembly_1__model_1 | I(q)

8eb0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

RNF216/E2-Ub/Ub transthiolation complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase RNF216

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8eb0__assembly_1__model_1

8eb0__assembly_1__model_1 | I(q)

8eb0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)