SAXSdb — 8eki

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eki
沉积日期 deposition_date	2022-09-21
结构标题 title	CryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1
关键词 keywords	Tether, SNARE, Complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	80.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	81.81 Å
零角强度 I(0) i0	947047000.00
分子量 molecular_weight	266610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	336550 Å³
包络体积 envelope_volume	608350 Å³
水化壳体积 shell_volume	69780 Å³
包络直径 envelope_diameter	269.2 Å
壳层 Rg shell_rg	62.45 Å
包络 Rg envelope_rg	78.18 Å
形状 Rg shape_rg	81.82 Å
总 Rg total_rg	81.39 Å
总原子数 total_atoms	18792
残基数 n_residues	2283
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	236.7 Å
Rg (实空间) rg_real	80.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0480e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	936400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.444
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.827
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0661
最高正则化参数 α highest_alpha	28220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.682; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC20
分子量 formula_weight	32244.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18792

MVVTFLQDLEVLQDALLNNLQKLSAISRRKESGESKHDNKDSFAAIANEHNDEEEEIEFEDLVNIIESKVSDFESVLKCSIVEMTYKYPELKLQWEKSPRYDQCDKLHIVKLDKQMNEDIYAQLVEELDFVLQFVDWFYCYRLKVKEILRQHHKRDLAWNDEKRDRAIKFHAVDYDKLHQGTSSSSSLTSTSMEKASTREKLLSKTKQLTNNLVRGNQILQSGILQSDLNLDELRAQTNSLTQIDDKYTQFETVFKKTADLVKVLENASHQEKRD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein USE1
分子量 formula_weight	24254.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAETSNDPFLSYVLSSKQLTNLNRLRRKAVTKQLGSSDDNKVSEEFLRYQHTYQREAFEYLQTKHDAHKIMESQYEQYQSSSKTRRYSIDLDSVDAVDTESQTEYPNEEFIDRNEDSEAVMELRKRLLGKGQNKGLGYETTKSVDRQIEDQDTLQQDLIQDMSKLVGSLKQGAVAFQSALDEDKQVLGAAEIGIQVASQGLMDVSGKLRKYD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein TIP20
分子量 formula_weight	81253.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNGIDDLLNINDRIKQVQNERNELASKLQNLKQSLASNDTEVALSEVIAQDIIEVGASVEGLEQLRAKYGDLQILNKLEKVAVQQTQMQAGVDKLDSFERQLDELAEQPPDQFTLDDVKALHSKLTSVFATVPQINNIDSQYAAYNKLKSKVTGKYNDVIIQRLATNWSNTFDQKLLEAQWDTQKFASTSVGLVKCLRENSTKLYQLSLLYLPLEEETQNGDSERPLSRSNNNQEPVLWNFKSLANNFNVRFTYHFHATSSSSKIETYFQFLNDYLAENLYKCINIFHDDCNGLTKPVIHEQFINYVLQPIRDKVRSTLFQNDLKTLIVLISQILATDKNLLNSFHYHGLGLVSLISDEVWEKWINYEVEMANRQFINITKNPEDFPKSSQNFVKLINKIYDYLEPFYDLDFDLLVRYKLMTCSLIFMNLTSSYLDYILTVDSLNETRTKEQELYQTMAKLQHVNFVYRKIKSLSSNFIFIQLTDIVNSTESKKYNSLFQNVENDYEKAMSTDMQNSIVHRIQKLLKETLRNYFKISTWSTLEMSVDENIGPSSVPSAELVNSINVLRRLINKLDSMDIPLAISLKVKNELLNVIVNYFTESILKLNKFNQNGLNQFLHDFKSLSSILSLPSHATNYKCMSLHELVKILKLKYDPNNQQFLNPEYIKTGNFTSLKEAYSIKYLKDTKIQDALYRIIYGNIL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC39
分子量 formula_weight	82483.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLEEQLYLLACIFASRADTRNIKKLSTRLGSQSKYLEILCVLWPELDDPKNLLFLRELEEEVQSPEGEETTDEDVIVELLESDSSLIPLIESDTTTRSNRYHELQEFISKKLNNKTLENFEEWLRERILICNEMIPETPLLYSVLWETAKSKVLSTKFIGWVEGVLKPLDHLNKRLHLIFKINEWEKMPDSELFKIIFDGVEDMQGYIGIADVIEDELAPTLSYGKKWETFITEFFNKQQFSLKSDTNYQLFIKLYYSLEKGVKDNSEASRKLQSNVVDILFHNSENLFNLSSLTHKLDELWSILSGFPDEITIEEQKTITALEMKQFMEFFIKCSTKFSFKEIFAITQEEESAQLAHFSSLCHEEFNKANEISSFLQAMYETVLDISKDDKIFTRISMDEKLYSILEILLQMNEFAYIEAIIERFDYSNNTQIYELLVKFFWHFFNNASNGLRKEPEMKKASQTLQIIQKHMSQRAGTNLTKLEVLLEISDKLSHYSINLNKSHNGARDTAFKPSNILEYRDCPLDIISNLLELNPRLYKDLPTTKSLLFGIYDSLSINREGQTGKVEVDLMVLHIDYALVNLDFGTAYELGKQVFEICQEAGQHMMKALGDEHWLTFYQMGKFVDPNWVDNEIPTEIIVLQMSILGRLLEVCPLEEVEIVTSQWSTLELELSARDLVKDKYALDGQNDNKSKVGGIAREIFHNVTNF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 5 polymer

描述 description	Protein transport protein DSL1
分子量 formula_weight	91445.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGENLYFQGSMESLFPNKGEIIRELLKDPLILKNDSKRSNGSELELDSSDLLQREAILANELNILDNLKTFLNLIKEVKTNLNILELENCYYSLQSLRKKMRNNAAYLKQSFNFQQSISTYVDTLHLELVSTLYKILTNGFWKITENSIQFTPTVEWGKDKVHIEYDTFMDFVAQQYFPKGSLDNQAWFILDMTSADSQEQVRAKLNTIMKEYMNLSRIVSMIKNSIFISGKEISYENEKNILVFSKSSSHGQHCVSTVLTSFEAVCDFMLDGLAFRDRKTLSYELGPLFNTEFTKFVKNNASIILESLDSPLKNLVSVINNKLTRLVAKSEVTNWTHSGKEIQDLLMNKQLYYNLLLDKVLESHISEIRSIFEDPKKSWQNLEVVELTTSNTNTMSEKIGKNDSDVQNEKELHNAVSKDDDWNWEVEDDDADAWGDEIDVNIDDEEEKTNQEKEKEPEEEENAWDEAWAIDENIDDASLENGKEHLKAHDVGSLDKDHIEVTQLPKLFLAISQNFKSSFADSHVDEQYFAYKYNLLQTSYMAMCTANFSHNWCQLYVDMRYLIERDEKLYRIKELTRNLLETKLNMKYRIVCQLIRHQLTEFRENERNPSWDATIEKLLPYILKEIVRPLQKIRGEEGSRYLLSFLNFLYNDCVTKEILKWQIISEVNSENLGELVSLLVNNTDIQLLAKEPSYKKMREKFATMGKFLPLHLKEIMEMFYNGDFYLFATDELIQWIELLFADTPLRRNAIDDIYEIRGTALDD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	49947

fit	/app/data/saxs_computation/ek/8eki/8eki.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/8eki/8eki.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/8eki/8eki.dat

CryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)