SAXSdb — 8eki

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC20

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein transport protein USE1 × 1 （P53146） Protein transport protein TIP20 × 1 （P33891） Protein transport protein SEC39 × 1 （Q12745） Protein transport protein DSL1 × 1 （P53847）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 1–275

Protein transport protein USE1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53146

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein transport protein SEC20 × 1 （P28791） Protein transport protein TIP20 × 1 （P33891） Protein transport protein SEC39 × 1 （Q12745） Protein transport protein DSL1 × 1 （P53847）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	USE1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

Protein transport protein TIP20

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P33891

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein transport protein SEC20 × 1 （P28791） Protein transport protein USE1 × 1 （P53146） Protein transport protein SEC39 × 1 （Q12745） Protein transport protein DSL1 × 1 （P53847）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIP20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–701； UniProt 1–701

Protein transport protein SEC39

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12745

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein transport protein SEC20 × 1 （P28791） Protein transport protein USE1 × 1 （P53146） Protein transport protein TIP20 × 1 （P33891） Protein transport protein DSL1 × 1 （P53847）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC39_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709

Protein transport protein DSL1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53847

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Protein transport protein SEC20 × 1 （P28791） Protein transport protein USE1 × 1 （P53146） Protein transport protein TIP20 × 1 （P33891） Protein transport protein SEC39 × 1 （Q12745）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 30–783； UniProt 1–754

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eki
沉积日期 deposition_date	2022-09-21
结构标题 title	CryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1
关键词 keywords	Tether, SNARE, Complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8eki__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8eki__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8eki__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	80.34 Å
Rg（电子密度）	81.81 Å
总 Rg	81.39 Å
原子数	18792
残基数	2283
排除体积	336550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8eki__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC20
分子量 formula_weight	32244.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18792

MVVTFLQDLEVLQDALLNNLQKLSAISRRKESGESKHDNKDSFAAIANEHNDEEEEIEFEDLVNIIESKVSDFESVLKCSIVEMTYKYPELKLQWEKSPRYDQCDKLHIVKLDKQMNEDIYAQLVEELDFVLQFVDWFYCYRLKVKEILRQHHKRDLAWNDEKRDRAIKFHAVDYDKLHQGTSSSSSLTSTSMEKASTREKLLSKTKQLTNNLVRGNQILQSGILQSDLNLDELRAQTNSLTQIDDKYTQFETVFKKTADLVKVLENASHQEKRD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein USE1
分子量 formula_weight	24254.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAETSNDPFLSYVLSSKQLTNLNRLRRKAVTKQLGSSDDNKVSEEFLRYQHTYQREAFEYLQTKHDAHKIMESQYEQYQSSSKTRRYSIDLDSVDAVDTESQTEYPNEEFIDRNEDSEAVMELRKRLLGKGQNKGLGYETTKSVDRQIEDQDTLQQDLIQDMSKLVGSLKQGAVAFQSALDEDKQVLGAAEIGIQVASQGLMDVSGKLRKYD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein TIP20
分子量 formula_weight	81253.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNGIDDLLNINDRIKQVQNERNELASKLQNLKQSLASNDTEVALSEVIAQDIIEVGASVEGLEQLRAKYGDLQILNKLEKVAVQQTQMQAGVDKLDSFERQLDELAEQPPDQFTLDDVKALHSKLTSVFATVPQINNIDSQYAAYNKLKSKVTGKYNDVIIQRLATNWSNTFDQKLLEAQWDTQKFASTSVGLVKCLRENSTKLYQLSLLYLPLEEETQNGDSERPLSRSNNNQEPVLWNFKSLANNFNVRFTYHFHATSSSSKIETYFQFLNDYLAENLYKCINIFHDDCNGLTKPVIHEQFINYVLQPIRDKVRSTLFQNDLKTLIVLISQILATDKNLLNSFHYHGLGLVSLISDEVWEKWINYEVEMANRQFINITKNPEDFPKSSQNFVKLINKIYDYLEPFYDLDFDLLVRYKLMTCSLIFMNLTSSYLDYILTVDSLNETRTKEQELYQTMAKLQHVNFVYRKIKSLSSNFIFIQLTDIVNSTESKKYNSLFQNVENDYEKAMSTDMQNSIVHRIQKLLKETLRNYFKISTWSTLEMSVDENIGPSSVPSAELVNSINVLRRLINKLDSMDIPLAISLKVKNELLNVIVNYFTESILKLNKFNQNGLNQFLHDFKSLSSILSLPSHATNYKCMSLHELVKILKLKYDPNNQQFLNPEYIKTGNFTSLKEAYSIKYLKDTKIQDALYRIIYGNIL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein transport protein SEC39
分子量 formula_weight	82483.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLEEQLYLLACIFASRADTRNIKKLSTRLGSQSKYLEILCVLWPELDDPKNLLFLRELEEEVQSPEGEETTDEDVIVELLESDSSLIPLIESDTTTRSNRYHELQEFISKKLNNKTLENFEEWLRERILICNEMIPETPLLYSVLWETAKSKVLSTKFIGWVEGVLKPLDHLNKRLHLIFKINEWEKMPDSELFKIIFDGVEDMQGYIGIADVIEDELAPTLSYGKKWETFITEFFNKQQFSLKSDTNYQLFIKLYYSLEKGVKDNSEASRKLQSNVVDILFHNSENLFNLSSLTHKLDELWSILSGFPDEITIEEQKTITALEMKQFMEFFIKCSTKFSFKEIFAITQEEESAQLAHFSSLCHEEFNKANEISSFLQAMYETVLDISKDDKIFTRISMDEKLYSILEILLQMNEFAYIEAIIERFDYSNNTQIYELLVKFFWHFFNNASNGLRKEPEMKKASQTLQIIQKHMSQRAGTNLTKLEVLLEISDKLSHYSINLNKSHNGARDTAFKPSNILEYRDCPLDIISNLLELNPRLYKDLPTTKSLLFGIYDSLSINREGQTGKVEVDLMVLHIDYALVNLDFGTAYELGKQVFEICQEAGQHMMKALGDEHWLTFYQMGKFVDPNWVDNEIPTEIIVLQMSILGRLLEVCPLEEVEIVTSQWSTLELELSARDLVKDKYALDGQNDNKSKVGGIAREIFHNVTNF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein transport protein DSL1
分子量 formula_weight	91445.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKHHHHHHHGAAGTSLYKKAGENLYFQGSMESLFPNKGEIIRELLKDPLILKNDSKRSNGSELELDSSDLLQREAILANELNILDNLKTFLNLIKEVKTNLNILELENCYYSLQSLRKKMRNNAAYLKQSFNFQQSISTYVDTLHLELVSTLYKILTNGFWKITENSIQFTPTVEWGKDKVHIEYDTFMDFVAQQYFPKGSLDNQAWFILDMTSADSQEQVRAKLNTIMKEYMNLSRIVSMIKNSIFISGKEISYENEKNILVFSKSSSHGQHCVSTVLTSFEAVCDFMLDGLAFRDRKTLSYELGPLFNTEFTKFVKNNASIILESLDSPLKNLVSVINNKLTRLVAKSEVTNWTHSGKEIQDLLMNKQLYYNLLLDKVLESHISEIRSIFEDPKKSWQNLEVVELTTSNTNTMSEKIGKNDSDVQNEKELHNAVSKDDDWNWEVEDDDADAWGDEIDVNIDDEEEKTNQEKEKEPEEEENAWDEAWAIDENIDDASLENGKEHLKAHDVGSLDKDHIEVTQLPKLFLAISQNFKSSFADSHVDEQYFAYKYNLLQTSYMAMCTANFSHNWCQLYVDMRYLIERDEKLYRIKELTRNLLETKLNMKYRIVCQLIRHQLTEFRENERNPSWDATIEKLLPYILKEIVRPLQKIRGEEGSRYLLSFLNFLYNDCVTKEILKWQIISEVNSENLGELVSLLVNNTDIQLLAKEPSYKKMREKFATMGKFLPLHLKEIMEMFYNGDFYLFATDELIQWIELLFADTPLRRNAIDDIYEIRGTALDD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	49947

CryoEM structure of the Dsl1 complex bound to SNAREs Sec20 and Use1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein USE1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein TIP20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein SEC39

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein transport protein DSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8eki__assembly_1__model_1

8eki__assembly_1__model_1 | I(q)

8eki__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)