SAXSdb — 8emv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3

Homo sapiens

UniProt Q01970

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 10–1234	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EMV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GNK Crystal structure of Galphaq in complex with full-length human PLCbeta3 提交 2012-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–1234（1225 aa）片段：UNP residues 10-1234	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；277.15 K；100 mM MES pH 6.75, 100-200 mM NaCl, and 11-12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 4.00 Å R-free 0.255
4GNK Crystal structure of Galphaq in complex with full-length human PLCbeta3 提交 2012-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 10–1234（1225 aa）片段：UNP residues 10-1234	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；277.15 K；100 mM MES pH 6.75, 100-200 mM NaCl, and 11-12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 4.00 Å R-free 0.255
4GNK Crystal structure of Galphaq in complex with full-length human PLCbeta3 提交 2012-08-17	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 934–1192（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；277.15 K；100 mM MES pH 6.75, 100-200 mM NaCl, and 11-12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 4.00 Å R-free 0.255
4QJ3 Structure of a fragment of human phospholipase C-beta3 delta472-559, in complex with Galphaq 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–470（461 aa）片段：UNP residues 10-891 链 B 570–891（322 aa）片段：UNP residues 10-891	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；100 mM BisTris, 200 mM NaCl, 5% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.240
4QJ4 Structure of a fragment of human phospholipase C-beta3 delta472-569, bound to IP3 and in complex with Galphaq 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–470（461 aa）片段：UNP residues 10-891 链 B 570–891（322 aa）片段：UNP residues 10-891	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.15 K；100 mM BisTris, 200 mM NaCl, 8% (v/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 3.30 Å R-free 0.267
4QJ5 Structure of a fragment of human phospholipase C-beta3 delta472-581, bound to IP3 and in complex with Galphaq 提交 2014-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–470（461 aa）片段：UNP residues 10-891 链 B 570–891（322 aa）片段：UNP residues 10-891	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；277.15 K；100 mM MES, 200 mM NaCl, 5% (v/v) PEG 3350, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 3.41 Å R-free 0.277
7SQ2 Reprocessed and refined structure of Phospholipase C-beta and Gq signaling complex 提交 2021-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–886（877 aa）	未记录	ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 7 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；7% PEG 6000, 100 mM Hepes, 1 mM CaCl2, 100 mM magnesium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
8EMW Phospholipase C beta 3 (PLCb3) in complex with Gbg on liposomes 提交 2022-09-28	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 10–1234（1225 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8EMX Phospholipase C beta 3 (PLCb3) in complex with Gbg on lipid nanodiscs 提交 2022-09-28	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 9–1234（1226 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8UQN PLCb3-Gaq complex on membranes 提交 2023-10-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–1234（1225 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8UQO PLCb3-Gbg-Gaq complex on membranes 提交 2023-10-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Q 10–1234（1225 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
9Y7H Gb1g2 crosslinked to PLCb3 提交 2025-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 10–882（873 aa）	突变：E60C, C193S, C221S, C358S, C516S, C824S, C834S	ME7 1,1'-ethane-1,2-diylbis(1H-pyrrole-2,5-dione) × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA and 0.1 mM EGTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9YAO Gbg crosslinked to PLCb3 - second conformation 提交 2025-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 10–882（873 aa）	突变：E60C, S193C, S221C, S358C, S824C, S834C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA and 0.1 mM EGTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
9YAP Gbg crosslinked to PLCb3 - second conformation 提交 2025-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 10–882（873 aa）	突变：E60C, S193C, S221C, S358C, S824C, S834C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA and 0.1 mM EGTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLCB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–1232； UniProt 10–1234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8emv
沉积日期 deposition_date	2022-09-28
结构标题 title	Phospholipase C beta 3 (PLCb3) in solution
关键词 keywords	PIP2 degradation, IP3 production, DAG production, G protein signaling, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.33 Å
零角强度 I(0) i0	112391000.00
分子量 molecular_weight	84556.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106470 Å³
包络体积 envelope_volume	136470 Å³
水化壳体积 shell_volume	39080 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.60 Å
包络 Rg envelope_rg	28.40 Å
形状 Rg shape_rg	28.32 Å
总 Rg total_rg	29.23 Å
总原子数 total_atoms	5949
残基数 n_residues	747
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	112400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9066
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.958

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
分子量 formula_weight	138830.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5949

GPSRATMALQLEPPTVVETLRRGSKFIKWDEETSSRNLVTLRVDPNGFFLYWTGPNMEVDTLDISSIRDTRTGRYARLPKDPKIREVLGFGGPDARLEEKLMTVVSGPDPVNTVFLNFMAVQDDTAKVWSEELFKLAMNILAQNASRNTFLRKAYTKLKLQVNQDGRIPVKNILKMFSADKKRVETALESCGLKFNRSESIRPDEFSLEIFERFLNKLCLRPDIDKILLEIGAKGKPYLTLEQLMDFINQKQRDPRLNEVLYPPLRPSQARLLIEKYEPNQQFLERDQMSMEGFSRYLGGEENGILPLEALDLSTDMTQPLSAYFINSSHNTYLTAGQLAGTSSVEMYRQALLWGCRCVELDVWKGRPPEEEPFITHGFTMTTEVPLRDVLEAIAETAFKTSPYPVILSFENHVDSAKQQAKMAEYCRSIFGDALLIEPLDKYPLAPGVPLPSPQDLMGRILVKNKKRHRPSAGGPDSAGRKRPLEQSNSALSESSAATEPSSPQLGSPSSDSCPGLSNGEEVGLEKPSLEPQKSLGDEGLNRGPYVLGPADREDEEEDEEEEEQTDPKKPTTDEGTASSEVNATEEMSTLVNYIEPVKFKSFEAARKRNKCFEMSSFVETKAMEQLTKSPMEFVEYNKQQLSRIYPKGTRVDSSNYMPQLFWNVGCQLVALNFQTLDVAMQLNAGVFEYNGRSGYLLKPEFMRRPDKSFDPFTEVIVDGIVANALRVKVISGQFLSDRKVGIYVEVDMFGLPVDTRRKYRTRTSQGNSFNPVWDEEPFDFPKVVLPTLASLRIAAFEEGGKFVGHRILPVSAIRSGYHYVCLRNEANQPLCLPALLIYTEASDYIPDDHQDYAEALINPIKHVSLMDQRARQLAALIGESEAQAGQETCQDTQSQQLGSQPSSNPTPSPLDASPRRPPGPTTSPASTSLSSPGQRDDLIASILSEVAPTPLDELRGHKALVKLRSRQERDLRELRKKHQRKAVTLTRRLLDGLAQAQAEGRCRLRPGALGGAADVEDTKEGEDEAKRYQEFQNRQVQSLLELREAQVDAEAQRRLEHLRQALQRLREVVLDANTTQFKRLKEMNEREKKELQKILDRKRHNSISEAKMRDKHKKEAELTEINRRHITESVNSIRRLEEAQKQRHDRLVAGQQQVLQQLAEEEPKLLAQLAQECQEQRARLPQEIRRSLLGEMPEGLGDGPLVACASNGHAPGSSGHLSGADSESQEENTQL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8emvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67716

fit	/app/data/saxs_computation/em/8emv/8emv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/em/8emv/8emv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/em/8emv/8emv.dat

Phospholipase C beta 3 (PLCb3) in solution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D