SAXSdb — 8esh

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8esh
沉积日期 deposition_date	2022-10-14
结构标题 title	Structure of chimeric HLA-A*02:01 bound to CMV peptide
关键词 keywords	Major Histocompatibility Complex (MHC), IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.95 Å
零角强度 I(0) i0	36224700.00
分子量 molecular_weight	44296.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54517 Å³
包络体积 envelope_volume	67724 Å³
水化壳体积 shell_volume	24675 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.75 Å
包络 Rg envelope_rg	23.06 Å
形状 Rg shape_rg	22.93 Å
总 Rg total_rg	23.82 Å
总原子数 total_atoms	3126
残基数 n_residues	379
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9139
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9633000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA-A*02:01
分子量 formula_weight	31651.8 kDa
突变 mutation	F9D, A24S, G62R, E63N, K66I, V67F, A69T, H70N, H74D, V76E, D77S, T80N, V95L, R97S, H114N, Y116N, T142I, L156D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3187

SHSMRYFDTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDRNTRIFKTNSQTDRESLGNLRGYYNQSEAGSHTLQSMYGCDVGSDWRFLRGYNQNAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQITKHKWEAAHVAEQDRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	CMV peptide
分子量 formula_weight	1199.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ELNRKMIYM

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8eshA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	8eshA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.373 Å
晶胞边长 b length_b	147.373 Å
晶胞边长 c length_c	147.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	60.160 Å
R 因子 r_factor	0.2194
R_work r_work	0.2148
R_free r_free	0.2595

fit	/app/data/saxs_computation/es/8esh/8esh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/8esh/8esh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/8esh/8esh.dat

Structure of chimeric HLA-A*02:01 bound to CMV peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)