Chromatin-remodeling ATPase INO80
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 | 链 Q; UniProt 948–1440 | 未记录 | Actin-related protein 5 × 1 (P53946) Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 (P32617) RuvB-like protein 1 × 3 (Q03940) RuvB-like protein 2 × 3 (Q12464) Ino eighty subunit 2 × 1 (P40154) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 OTHER | 分辨率 3.48 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8EU9 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 H
462–598(137 aa)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.242 |
| 5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 G
462–598(137 aa)
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.242 |
| 8A5A Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80 提交 2022-06-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 G
1–598(598 aa)
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 G
1–598(598 aa)
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
948–1432(485 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.04 Å |
| 8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
948–1432(485 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.80 Å |
| 8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
948–1432(485 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.64 Å |
| 8EUF Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.41 Å |
| 9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:20-meric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.91 Å |
| 9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:20-meric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.09 Å |
| 9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:20-meric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å |
| 9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.55 Å |
| 9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:20-meric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.30 Å |
| 9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.90 Å |
| 9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:12-meric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 4.04 Å |
| 9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 | 构建体不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.01 Å |
| 9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:eicosameric |
链 Q
1–1489(1489 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.20 Å |
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| UniProt名称 | INO80_YEAST |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 Q; PDB构建体 1–493; UniProt 948–1440 |