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8euf

Class2 of the INO80-Nucleosome complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 173.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin-remodeling ATPase INO80

物种未注明

UniProt P53115

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 Q； UniProt 1–1489 未记录 Actin-related protein 5 × 1 （P53946） Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 （P32617） RuvB-like protein 1 × 3 （Q03940） RuvB-like protein 2 × 3 （Q12464） Ino eighty subunit 2 × 1 （P40154） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 OTHER 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 462–598（137 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
分辨率 4.00 Å R-free 0.242
5NBN Crystal structure of the Arp4-N-actin-Arp8-Ino80HSA module of INO80 提交 2017-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 462–598（137 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 LAR LATRUNCULIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 18% (w/v) polyethylene glycol 3,350, latrunculin A solved in DMSO molar ration 1:1.5 (protein : latrunculin A)
分辨率 4.00 Å R-free 0.242
8A5A Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80 提交 2022-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 1–598（598 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8A5O Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80 提交 2022-06-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 1–598（598 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 948–1432（485 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 948–1432（485 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 948–1432（485 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 948–1440（493 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 4.04 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.01 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 Q 1–1489（1489 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.20 Å

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INO80_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–1489； UniProt 1–1489

Actin-related protein 5

物种未注明

UniProt P53946

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 R； UniProt 1–755 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 （P32617） RuvB-like protein 1 × 3 （Q03940） RuvB-like protein 2 × 3 （Q12464） Ino eighty subunit 2 × 1 （P40154） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 OTHER 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 12–755（744 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 12–755（744 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 12–755（744 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.01 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 R 1–755（755 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.20 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARP5_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–755； UniProt 1–755

Chromatin-remodeling complex subunit IES6

物种未注明

UniProt P32617

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 S； UniProt 1–166 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-related protein 5 × 1 （P53946） RuvB-like protein 1 × 3 （Q03940） RuvB-like protein 2 × 3 （Q12464） Ino eighty subunit 2 × 1 （P40154） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 OTHER 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 28–166（139 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 28–166（139 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 28–166（139 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 28–162（135 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.01 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 S 1–166（166 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.20 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IES6_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166

RuvB-like protein 1

物种未注明

UniProt Q03940

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 T； UniProt 1–463 链 V； UniProt 1–463 链 X； UniProt 1–463 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-related protein 5 × 1 （P53946） Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 （P32617） RuvB-like protein 2 × 3 （Q12464） Ino eighty subunit 2 × 1 （P40154） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 OTHER 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 21–463（443 aa）
链 V 21–463（443 aa）
链 X 21–463（443 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 21–463（443 aa）
链 V 21–463（443 aa）
链 X 21–463（443 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 21–463（443 aa）
链 V 21–463（443 aa）
链 X 21–463（443 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 21–463（443 aa）
链 V 21–463（443 aa）
链 X 21–463（443 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.01 Å
9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 T 1–463（463 aa）
链 V 1–463（463 aa）
链 X 1–463（463 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.20 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUVB1_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 V； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 X； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463

RuvB-like protein 2

物种未注明

UniProt Q12464

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 1–460 链 W； UniProt 1–460 链 Y； UniProt 1–460 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-related protein 5 × 1 （P53946） Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 （P32617） RuvB-like protein 1 × 3 （Q03940） Ino eighty subunit 2 × 1 （P40154） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 OTHER 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5OUN NMR solution structure of the external DII domain of Rvb2 from Saccharomyces cerevisiae 提交 2017-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 132–234（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] Rvb2DII, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 15–471（457 aa）
链 W 15–471（457 aa）
链 Y 15–471（457 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 15–471（457 aa）
链 W 15–471（457 aa）
链 Y 15–471（457 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 15–471（457 aa）
链 W 15–471（457 aa）
链 Y 15–471（457 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 15–460（446 aa）
链 W 15–460（446 aa）
链 Y 15–460（446 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9B1D Cryo-EM structure of native SWR1 bound to DNA (composite structure) 提交 2024-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 F 1–471（471 aa）
链 H 1–471（471 aa）
链 J 1–471（471 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH 7.6, 0.2 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 0.01% IGEPAL CA-630, 3.5% glycerol, and 0.25 mM TCEP, 1 mM ATP-gamma-s, 0.05% glutaraldehyde.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；6 second blot time and blot force of 12.
分辨率 3.30 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 F 1–471（471 aa）
链 H 1–471（471 aa）
链 J 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.
分辨率 4.40 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 U 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 W 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 Y 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 W 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 Y 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 U 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 W 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 Y 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 W 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 Y 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 W 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
链 Y 1–460（460 aa） 片段：residues 1-460
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.01 Å
9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 U 1–471（471 aa）
链 W 1–471（471 aa）
链 Y 1–471（471 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.20 Å

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUVB2_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460 作者链 W； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460 作者链 Y； PDB构建体 1–460； UniProt 1–460

Ino eighty subunit 2

物种未注明

UniProt P40154

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 Z； UniProt 1–320 未记录 Chromatin-remodeling ATPase INO80 × 1 （P53115） Actin-related protein 5 × 1 （P53946） Chromatin-remodeling complex subunit IES6 × 1 （P32617） RuvB-like protein 1 × 3 （Q03940） RuvB-like protein 2 × 3 （Q12464） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 OTHER 分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EUF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 293–320（28 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 293–320（28 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 293–320（28 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 293–320（28 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.90 Å
9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 4.04 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.01 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 Z 1–320（320 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.20 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IES2_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 Z； PDB构建体 1–320； UniProt 1–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8euf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8euf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8euf
沉积日期 deposition_date2022-10-18
结构标题 titleClass2 of the INO80-Nucleosome complex
关键词 keywordsChromatin Remodeler, hexasome, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-Hydrolase complex; DNA BINDING PROTEIN/Hydrolase
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.66 Å
零角强度 I(0) i02367590000.00
分子量 molecular_weight408550.0 kDa
排除体积 excluded_volume513040 ų
包络体积 envelope_volume703020 ų
水化壳体积 shell_volume112350 ų
包络直径 envelope_diameter189.4 Å
壳层 Rg shell_rg56.37 Å
包络 Rg envelope_rg51.23 Å
形状 Rg shape_rg51.71 Å
总 Rg total_rg51.63 Å
总原子数 total_atoms28707
残基数 n_residues3664
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax173.9 Å
Rg (实空间) rg_real51.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4450e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2367000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8515
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary63.8 Å
偏度 Skewness skewness0.435
峰度 Kurtosis kurtosis-0.061
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha326400000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.802; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.679
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)