SAXSdb — 8ewf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope protein

Chikungunya virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Spike glycoprotein E2 × 4 （Q5XXP3） Chimeric MXRA8 receptor: D1 from Duck MXRA8 and D2 from Mouse MXRA8 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1I7PD18_CHIKV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–439； UniProt 810–1248 作者链 G； PDB构建体 1–439； UniProt 810–1248 作者链 K； PDB构建体 1–439； UniProt 810–1248 作者链 O； PDB构建体 1–439； UniProt 810–1248

Spike glycoprotein E2

Chikungunya virus

UniProt Q5XXP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	E1 envelope protein × 4 （A0A1I7PD18） Chimeric MXRA8 receptor: D1 from Duck MXRA8 and D2 from Mouse MXRA8 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_CHIK3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–419； UniProt 330–748 作者链 I； PDB构建体 1–419； UniProt 330–748 作者链 M； PDB构建体 1–419； UniProt 330–748 作者链 Q； PDB构建体 1–419； UniProt 330–748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ewf
沉积日期 deposition_date	2022-10-22
结构标题 title	CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor
关键词 keywords	;WEEV, MXRA8, Receptor, Alphavirus, Avian, VLP, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, VIRUS LIKE PARTICLE, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ewf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ewf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ewf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.91 Å
Rg（电子密度）	59.78 Å
总 Rg	60.18 Å
原子数	56651
残基数	3697
排除体积	508130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ewf__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E1 envelope protein
分子量 formula_weight	47346.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,K,O
原子数 atom_count	56651

YEHVTVIPNTVGVPYKTLVNRPGYSPMVLEMELQSVTLEPTLSLDYITCEYKTVIPSPYVKCCGTAECKDKSLPDYSCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDAENTQLSEAHVEKSESCKTEFASAYRAHTASASAKLRVLYQGNNITVAAYANGDHAVTVKDAKFVVGPMSSAWTPFDNKIVVYKGDVYNMDYPPFGAGRPGQFGDIQSRTPESKDVYANTQLVLQRPAAGTVHVPYSQAPSGFKYWLKERGASLQHTAPFGCQIATNPVRAVNCAVGNIPISIDIPDAAFTRVVDAPSVTDMSCEVPACTHSSDFGGVAIIKYTASKKGKCAVHSMTNAVTIREADVEVEGNSQLQISFSTALASAEFRVQVCSTQVHCAAACHPPKDHIVNYPASHTTLGVQDISTTAMSWVQKITGGVGLIVAVAALILIVVLCVSFSRH

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46858.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I,M,Q

NFNVYKATRPYLAHCPDCGEGHSCHSPIALERIRNEATDGTLKIQVSLQIGIKTDDSHDWTKLRYMDSHTPADAERAGLLVRTSAPCTITGTMGHFILARCPKGETLTVGFTDSRKISHTCTHPFHHEPPVIGRERFHSRPQHGKELPCSTYVQSTAATAEEIEVHMPPDTPDRTLMTQQSGNVKITVNGQTVRYKCNCGGSNEGLTTTDKVINNCKIDQCHAAVTNHKNWQYNSPLVPRNAELGDRKGKIHIPFPLANVTCRVPKARNPTVTYGKNQVTMLLYPDHPTLLSYRNMGQEPNYHEEWVTHKKEVTLTVPTEGLEVTWGNNEPYKYWPQMSTNGTAHGHPHEIILYYYELYPTMTVVIVSVASFVLLSMVGTAVGMCVCARRRCITPYELTPGATVPFLLSLLCCVRTTKA

来源 Source

来源生物 organism	Chikungunya virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37124
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chimeric MXRA8 receptor: D1 from Duck MXRA8 and D2 from Mouse MXRA8
分子量 formula_weight	30539.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SSSLVSESVVSLAAGTQAVLRCQSPRMVWTQDRLNDRQRVVHWDVYSTYYGDNKMERLCDMYSAGDQRVYSSYNQGRIFMPQNAFTDGNFSLVIKDVAESDGGIYSCNLHHHYCHLYETVKIQLDVTKKAKAAKEYWDGEKAVIVALEGSTVMLPCVNRNQIWTERHLEEAQQVVHWDRQLPGVSHDRADRLLDLYASGERRAYGPPFLRDRVSVNTNAFARGDFSLRIDELERADEGIYSCHLHHHYCGLHERRVFHLQVTEPA

来源 Source

来源生物 organism	Anas platyrhynchos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8839
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	745448

CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spike glycoprotein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ewf__assembly_1__model_1

8ewf__assembly_1__model_1 | I(q)

8ewf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Western equine encephalitis virus VLP in complex with the avian MXRA8 receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 envelope protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Spike glycoprotein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ewf__assembly_1__model_1

8ewf__assembly_1__model_1 | I(q)

8ewf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)