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8f1u

Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic serine endoprotease DegP

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0C0V0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric（72） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–385 链 B； UniProt 38–385 链 C； UniProt 38–385 链 D； UniProt 400–474 链 E； UniProt 400–474 链 F； UniProt 400–474 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) Telomeric repeat-binding factor 1 × 24 （P54274） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 13.80 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–385 链 B； UniProt 38–385 链 C； UniProt 38–385 链 D； UniProt 400–474 链 E； UniProt 400–474 链 F； UniProt 400–474 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) Telomeric repeat-binding factor 1 × 3 （P54274） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 13.80 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–385 链 B； UniProt 38–385 链 C； UniProt 38–385 链 D； UniProt 400–474 链 E； UniProt 400–474 链 F； UniProt 400–474 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385) 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474) Telomeric repeat-binding factor 1 × 3 （P54274） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 13.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8F1U Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2ZLE Cryo-EM structure of DegP12/OMP 提交 2008-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 27–474（448 aa）
链 B 27–474（448 aa）
链 C 27–474（448 aa）
链 E 27–474（448 aa）
链 F 27–474（448 aa）
链 G 27–474（448 aa）
链 H 27–474（448 aa）
链 I 27–474（448 aa）
链 J 27–474（448 aa）
链 K 27–474（448 aa）
链 L 27–474（448 aa）
链 M 27–474（448 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Embedded in vitreous ice using C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C-100, Protochip) and a Vitrobot (FEI) at 20 temperature and 100% relative humidity
分辨率 28.00 Å
3CS0 Crystal structure of DegP24 提交 2008-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–474（448 aa）
突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH5 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–474（448 aa）
未记录 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3MH5 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–474（448 aa）
未记录 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.309
3MH6 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 27–474（448 aa）
未记录 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.309
3MH7 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.96 Å R-free 0.249
3OTP Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate 提交 2010-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 B 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 C 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 D 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 E 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 F 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K
分辨率 3.76 Å R-free 0.251
3OU0 re-refined 3CS0 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 27–474（448 aa） 片段：DegP, UNP residues 27-474
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4A8D DegP dodecamer with bound OMP 提交 2011-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 B 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 C 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 D 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 E 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 F 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 G 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 H 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 I 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 J 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 K 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 L 27–474（448 aa） 片段：DEGP
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH；pH 8；300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；EMBEDDED IN VITREOUS ICE USING C-FLAT HOLEY CARBON GRIDS AND A VITROBOT AT 20C.
分辨率 28.00 Å
6JJK Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 35–474（440 aa）
链 B 35–474（440 aa）
链 C 35–474（440 aa）
链 D 35–474（440 aa）
链 E 35–474（440 aa）
链 F 35–474（440 aa）
突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；10% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.4
分辨率 3.60 Å R-free 0.265
6JJL Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 35–474（440 aa）
链 B 35–474（440 aa）
链 C 35–474（440 aa）
链 D 35–474（440 aa）
链 E 35–474（440 aa）
链 F 35–474（440 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350, 0.1 M tacsimate pH 3.5
分辨率 4.20 Å R-free 0.326
6JJO Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 27–474（448 aa）
链 B 27–474（448 aa）
链 C 27–474（448 aa）
链 D 27–474（448 aa）
链 E 27–474（448 aa）
链 F 27–474（448 aa）
突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.5
分辨率 4.16 Å R-free 0.278
8F0A Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage 提交 2022-11-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.60 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å

共 18 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DEGP_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 38–385 作者链 B； PDB构建体 1–348； UniProt 38–385 作者链 C； PDB构建体 1–348； UniProt 38–385 作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 400–474 作者链 E； PDB构建体 1–75； UniProt 400–474 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 400–474

Telomeric repeat-binding factor 1

Homo sapiens

UniProt P54274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric（72） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 404–430 链 b； UniProt 404–430 链 c； UniProt 404–430 片段：UNP residues 404-430 Periplasmic serine endoprotease DegP × 24 （P0C0V0） Periplasmic serine endoprotease DegP × 24 （P0C0V0） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 13.80 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 404–430 链 b； UniProt 404–430 链 c； UniProt 404–430 片段：UNP residues 404-430 Periplasmic serine endoprotease DegP × 3 （P0C0V0） Periplasmic serine endoprotease DegP × 3 （P0C0V0） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 13.80 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 a； UniProt 404–430 链 b； UniProt 404–430 链 c； UniProt 404–430 片段：UNP residues 404-430 Periplasmic serine endoprotease DegP × 3 （P0C0V0） Periplasmic serine endoprotease DegP × 3 （P0C0V0） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 13.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8F1U Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BA5 DNA-BINDING DOMAIN OF HUMAN TELOMERIC PROTEIN, HTRF1, NMR, 18 STRUCTURES 提交 1998-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 378–430（53 aa） 片段：DNA-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM PHOSPHATE POTASSIU；压力 1
NMR样品组成 H2O
分辨率未提供
1H6O Dimerisation domain from human TRF1 提交 2001-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–265（204 aa） 片段：DIMERISATION DOMAIN RESIDUES 63-265
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PH6, 5-15% GLYCEROL, 1-5 MM MAGNESIUM ACETATE, 1 % PEG 8000, pH 6.00
分辨率 2.90 Å R-free 0.303
1ITY Solution structure of the DNA binding domain of human TRF1 提交 2002-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 371–439（69 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；300 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.5-2.5mM TRF1 U-15N, 13C, 50mM phosphate buffer, 100mM NaCl | 90% H2O, 10% D2O, 100% D2O
分辨率未提供
1IV6 Solution Structure of the DNA Complex of Human TRF1 提交 2002-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 371–439（69 aa） 片段：DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；305 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.5-2.5mM TRF1-DNA complex; 5mM Phosphate buffer with 10mM NaCl | 90% H2O, 10% D2O or 100% D2O
分辨率未提供
1W0T hTRF1 DNA-binding domain in complex with telomeric DNA. 提交 2004-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 379–431（53 aa） 片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 379-431
链 B 379–431（53 aa） 片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 379-431
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 50 MM MES, PH 6.0, 0.1 M KCL, 2 MM MGCL2 AND 10 % PEG 400 AND CRYOPROTECTED IN 20 % GLYCEROL
分辨率 2.00 Å R-free 0.273
3BQO Crystal Structure of TRF1 TRFH domain and TIN2 peptide complex 提交 2007-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 58–268（211 aa） 片段：TRFH domain, Dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；289 K；NaCl 2.5 M MgCl2 0.35 M Tris 0.1 M pH 8.6 DTT 5 mM , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3BQO Crystal Structure of TRF1 TRFH domain and TIN2 peptide complex 提交 2007-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 58–268（211 aa） 片段：TRFH domain, Dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；289 K；NaCl 2.5 M MgCl2 0.35 M Tris 0.1 M pH 8.6 DTT 5 mM , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3L82 X-ray Crystal structure of TRF1 and Fbx4 complex 提交 2009-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 58–268（211 aa） 片段：Dimerization domain residues 58-268
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；289 K；300 mM NH4H2PO4, 100 mM sodium citrate pH 6.2, 10% n-propanol and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3L82 X-ray Crystal structure of TRF1 and Fbx4 complex 提交 2009-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 58–268（211 aa） 片段：Dimerization domain residues 58-268
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；289 K；300 mM NH4H2PO4, 100 mM sodium citrate pH 6.2, 10% n-propanol and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3L82 X-ray Crystal structure of TRF1 and Fbx4 complex 提交 2009-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 58–268（211 aa） 片段：Dimerization domain residues 58-268
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；289 K；300 mM NH4H2PO4, 100 mM sodium citrate pH 6.2, 10% n-propanol and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K
分辨率 2.40 Å R-free 0.263
5HKP Crystal structure of mouse Tankyrase/human TRF1 complex 提交 2016-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–55（55 aa） 片段：UNP residues 1-55
链 D 1–55（55 aa） 片段：UNP residues 1-55
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.035M Calcium Chloride dihydrate 0.07M MES monohydrate pH6.0 0.03M Tris pH8.5 31.5% v/v Polyethylene glycol 200 6% v/v Ethanol
分辨率 2.20 Å R-free 0.229
5WIR Structure of the TRF1-TERB1 interface 提交 2017-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 62–265（204 aa）
链 B 62–265（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；TRF1-TRFH and TERB1-TBM were mixed in a 1:5 molar ratio and crystal screens set up using 0.3 microliter protein solution and 0.3 microliter reservoir solution in a sitting drop format. Diffracting crystals were obtained in 0.1 M Tris-Cl (pH 8.5) and 30% PEG 300. Crystals were cryoprotected in the crystallization solution plus 10% PEG 400 and harvested in liquid nitrogen.
分辨率 2.10 Å R-free 0.210
5XUP Crystal structure of TRF1 and TERB1 提交 2017-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 65–266（202 aa） 片段：TRFH domain (UNP RESIDUES 65-266)
链 B 65–266（202 aa） 片段：TRFH domain (UNP RESIDUES 65-266)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；10% 2-propanol, 0.1M Tris-HCl
分辨率 2.10 Å R-free 0.221
8F0A Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage 提交 2022-11-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.60 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 b 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
链 c 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 a 404–430（27 aa） 片段：UNP residues 404-430
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8OX1 Structure of TRF1core in complex with telomeric nucleosome 提交 2023-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–439（439 aa）
链 M 1–439（439 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM HEPES-KOH pH 8.0, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.01% Igepal CA-630, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot Force: -15 Blot Time: 2.5 s
分辨率 2.70 Å
8W8G Crystal structure of human TRF1 with PinX1 提交 2023-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 58–269（212 aa）
链 B 58–269（212 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；289 K；0.05 M HEPES, 4% PEG2000 MME, 3% 1.6-hexanediol and 0.04 M NaCl
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
8W8G Crystal structure of human TRF1 with PinX1 提交 2023-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 58–269（212 aa）
链 D 58–269（212 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；289 K；0.05 M HEPES, 4% PEG2000 MME, 3% 1.6-hexanediol and 0.04 M NaCl
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
9HCL Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 12 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 TWC 2-ethyl-5-(trifluoromethyl)-2,4-dihydro-3H-pyrazol-3-one × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.87 Å R-free 0.220
9HCM Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 45 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 LX7 1-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.32 Å R-free 0.314
9HCN Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 46 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 UVA N-methyl-2-(methylsulfonyl)aniline × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.93 Å R-free 0.224
9HCP Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 15 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 LL0 2-(difluoromethoxy)benzene-1-sulfonamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.70 Å R-free 0.240
9HCQ Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 47 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 JHJ N-(4-methoxyphenyl)-N'-pyridin-4-ylurea × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.96 Å R-free 0.245
9HCR Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 48 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 W1P 5-methyl-2-phenyl-2,4-dihydro-3H-pyrazol-3-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.93 Å R-free 0.217
9HCS Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 49 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 JGA N-ethyl-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
9HCT Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 50 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 B0V 2-methoxy-~{N}-(2,4,6-trimethylphenyl)ethanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CA CALCIUM ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.70 Å R-free 0.240
9HCU Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 51 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 ZU7 N-(4-fluorophenyl)-2-(piperazin-1-yl)acetamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.07 Å R-free 0.260
9HCV Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 16 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1ITZ 5-cyclobutyl-3-pyridin-2-yl-1,2,4-oxadiazole × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.08 Å R-free 0.268
9HCW Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 52 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A1IT0 1-(methylsulfonylamino)cyclohexane-1-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.08 Å R-free 0.255
9HCX Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 53 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 W0S 1-(3,4,5-trimethoxyphenyl)methanamine × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.69 Å R-free 0.247
9HCY Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 54 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A9E 2-(4-ethylphenoxy)-1-piperidin-1-yl-ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.93 Å R-free 0.223
9HCZ Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 6 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 TT3 2-(3-fluorophenoxy)-N,N-dimethylacetamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.55 Å R-free 0.214
9HD0 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 55 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A9E 2-(4-ethylphenoxy)-1-piperidin-1-yl-ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；SNAQVQVGAPEEEEEEEEDAGLVAEAEAVAAGWMLDFLCLSLCRAFRDGRSEDFRRTRNSAEAIIHGLSSLTACQLRTIYICQFLTRIAAGKTLDAQFENDERITPLESALMIWGSIEKEHDKLHEEIQNLIKIQAIAVCMENGNFKEAEEVFERIFGDPNSHMPFKSKLLMIISQKDTFHSFFQHFSYNHMMEKIKSYVNYVLSEKSSTFLMKAAAKVVESKR
分辨率 1.93 Å R-free 0.223
9HD1 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 59 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 XH1 N-propan-2-ylurea × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.73 Å R-free 0.227
9HD2 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 40 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A1ITY 4-[(3,5-dimethoxyphenyl)methoxy]naphthalene-1-sulfonic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution
分辨率 2.07 Å R-free 0.268
9HD3 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 27 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A1ITX 4-ethoxynaphthalene-1-sulfonic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.19 Å R-free 0.274
9HD9 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 1 提交 2024-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 UUP N-cyclopropylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.87 Å R-free 0.266
9HDA Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 58 提交 2024-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.10 Å R-free 0.283
9HF4 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 32 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A1IUC 4-phenylmethoxynaphthalene-1-sulfonic acid × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.17 Å R-free 0.258
9HF6 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 1 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 UUP N-cyclopropylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.23 Å R-free 0.248
9HF7 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 3 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 JFP N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.38 Å R-free 0.255
9HF8 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 4 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 T9Q N-Benzyl-2-methoxyacetamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.19 Å R-free 0.255
9HF9 Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 5 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 NZ1 5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine × 4 GOL GLYCEROL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
9HFA Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 6 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 TT3 2-(3-fluorophenoxy)-N,N-dimethylacetamide × 4 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.05 Å R-free 0.246
9HFB Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 7 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 JP4 [2-(morpholin-4-yl)phenyl]methanol × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.29 Å R-free 0.265
9HFC Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 8 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 WHM 2-[(3-fluorophenyl)methyl]-1lambda~6~,2-thiazolidine-1,1-dione × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.17 Å R-free 0.243
9HFD Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 9 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 VW4 (2S)-2-phenylpropane-1-sulfonamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
9HFE Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 10 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 PK4 2-fluoro-N,3-dimethylbenzene-1-sulfonamide × 4 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.04 Å R-free 0.247
9HFF Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 11 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 A1IUE (2~{S})-2-[(5-chloranylpyrimidin-2-yl)-methyl-amino]propan-1-ol × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.06 Å R-free 0.261
9HFG Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 14 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 A1A34 2-methoxy-N-[(4-methylphenyl)methyl]acetamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.02 Å R-free 0.253
9HFH Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 16 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 A1ITZ 5-cyclobutyl-3-pyridin-2-yl-1,2,4-oxadiazole × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.12 Å R-free 0.263
9HFI Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 17 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 A1BGH (3R)-3-[1-methyl-4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-2-yl]piperidine × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.44 Å R-free 0.276
9HHK Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 2 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 A1IU1 ~{N}-(furan-2-ylmethyl)-2-methyl-furan-3-carboxamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.23 Å R-free 0.246
9HLP Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 18 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 A1IV7 1-piperidin-4-ylindole × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.24 Å R-free 0.255
9HLQ Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 57 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 HHQ 4-iodanyl-3~{H}-pyridin-2-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 50 mM CaCl2 and 35-45 % PEG 200, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.50 Å R-free 0.297
9HLR Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 15 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 LL0 2-(difluoromethoxy)benzene-1-sulfonamide × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.48 Å R-free 0.269
9HLT Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 13 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 UJK 1-(2-methylphenyl)-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.16 Å R-free 0.261
9HLU Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 19 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 48–268（221 aa）
未记录 UUG (4-bromo-2-methoxyphenyl)methanol × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291 K；150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.23 Å R-free 0.279

共 57 个其他 PDB 条目、71 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TERF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 a； PDB构建体 1–27； UniProt 404–430 作者链 b； PDB构建体 1–27； UniProt 404–430 作者链 c； PDB构建体 1–27； UniProt 404–430

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8f1u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8f1u
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8f1u
沉积日期 deposition_date2022-11-06
结构标题 titleStructure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1
关键词 keywordsProtease, chaperone, hydrolase, cage, complex; CHAPERONE, HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.54 Å
零角强度 I(0) i0245886000.00
分子量 molecular_weight126630.0 kDa
排除体积 excluded_volume159060 ų
包络体积 envelope_volume213690 ų
水化壳体积 shell_volume49641 ų
包络直径 envelope_diameter123.8 Å
壳层 Rg shell_rg41.90 Å
包络 Rg envelope_rg36.64 Å
形状 Rg shape_rg36.50 Å
总 Rg total_rg37.05 Å
总原子数 total_atoms18060
残基数 n_residues1212
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.5 Å
Rg (实空间) rg_real36.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal245900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8883
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.9 Å
偏度 Skewness skewness0.331
峰度 Kurtosis kurtosis-0.525
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60590000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.927
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)