8ffr

Revised structure of the rabies virus nucleoprotein-RNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 217.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ffr
沉积日期 deposition_date	2022-12-09
结构标题 title	Revised structure of the rabies virus nucleoprotein-RNA complex
关键词 keywords	PROTEIN-RNA COMPLEX, RABIES VIRUS, NUCLEOPROTEIN, VIRAL PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.72 Å
零角强度 I(0) i0	17745700000.00
分子量 molecular_weight	1100800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1362700 Å³
包络体积 envelope_volume	2240100 Å³
水化壳体积 shell_volume	245910 Å³
包络直径 envelope_diameter	207.7 Å
壳层 Rg shell_rg	85.57 Å
包络 Rg envelope_rg	67.10 Å
形状 Rg shape_rg	72.75 Å
总 Rg total_rg	72.77 Å
总原子数 total_atoms	77284
残基数 n_residues	9404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.3 Å
Rg (实空间) rg_real	72.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7750e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6610e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	74.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17830000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8226
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	108.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.545
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3421000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.697; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.651

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	50641.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	22

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V
原子数 atom_count	77284

MDADKIVFKVNNQVVSLKPEIIVDQHEYKYPAIKDLKKPCITLGKAPDLNKAYKSVLSGMSAAKLDPDDVCSYLAAAMQFFEGTCPEDWTSYGIVIARKGDKITPGSLVEIKRTDVEGNWALTGGMELTRDPTVPEHASLVGLLLSLYRLSKISGQNTGNYKTNIADRIEQIFETAPFVKIVEHHTLMTTHKMCANWSTIPNFRFLAGTYDMFFSRIEHLYSAIRVGTVVTAYEDCSGLVSFTGFIKQINLTAREAILYFFHKNFEEEIRRMFEPGQETAVPHSYFIHFRSLGLSGKSPYSSNAVGHVFNLIHFVGCYMGQVRSLNATVIAACAPHEMSVLGGYLGEEFFGKGTFERRFFRDEKELQEYEAAELTKTDVALADDGTVNSDDEDYFSGETRSPEAVYTRIMMNGGRLKRSHIRRYVSVSSNHQARPNSFAEFLNKTYSSDS

来源 Source

来源生物 organism	Rabies virus CVS-11
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11294
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (99-MER)
分子量 formula_weight	31153.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	W

CCCCCCCACCCACAAAAACCACAACACCCACAAACCCAAAAAACCCCACAACCCCCCCACACCCCACCAACCCCACAAACCCCACACACCCCACAAAAC

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (99-MER)
分子量 formula_weight	30984.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	X

CCACCAACCCCACACACCCCCCCACCCCCACCCACCACACAAAACCCCCAAAACCCCCCCAACCCCCAAACCCCACCAACCCCACCAACCCCACAAACC

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	270.430 Å
晶胞边长 b length_b	281.000 Å
晶胞边长 c length_c	236.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	88

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	49.750 Å
R 因子 r_factor	0.2253
R_work r_work	0.2237
R_free r_free	0.2552

fit	/app/data/saxs_computation/ff/8ffr/8ffr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/8ffr/8ffr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ff/8ffr/8ffr.dat

Revised structure of the rabies virus nucleoprotein-RNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)