← 返回搜索
8fml

Cryo-EM structure of NLR family apoptosis inhibitory protein 5 (NAIP5) in complex with a full-length flagellin (FliC) ligand

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 138.6 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e

Mus musculus

UniProt Q9R016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–1403 未记录 Flagellin × 1 （P06179） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8FML Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6B5B Cryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome 提交 2017-09-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1403（1403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
7RAV Cryo-EM structure of the unliganded form of NLR family apoptosis inhibitory protein 5 (NAIP5) 提交 2021-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–1403（1402 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIR1E_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 11–1412； UniProt 2–1403

Flagellin

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2

UniProt P06179

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–495 未记录 Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e × 1 （Q9R016） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8FML Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IO1 CRYSTAL STRUCTURE OF F41 FRAGMENT OF FLAGELLIN 提交 2000-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 53–450（398 aa） 片段：F41 L-TYPE (RESIDUES 54-451)
突变：G426A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；289 K；PEG 6000, NaCl, Glycerol, Iso-Propanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1UCU R-type straight flagellar filament made of full-length flagellin 提交 2003-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–494（494 aa）
突变：A449V 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL；pH 7.8；150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL
分辨率 4.00 Å
3A5X L-type straight flagellar filament made of full-length flagellin 提交 2009-08-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–495（494 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL；pH 7.8；150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5YUD Flagellin derivative in complex with the NLR protein NAIP5 提交 2017-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 452–495（44 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.28 Å
6CH3 Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliS-FliC complex 提交 2018-02-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 455–495（41 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；tascimate
分辨率 2.68 Å R-free 0.258
9IWQ Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament 提交 2024-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–495（494 aa）
突变：G426A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.08 Å
9M5T Structure of the flagellar filament in short-length at 3.02 angstroms resolution 提交 2025-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 44 PDB 声明：44-meric
链 AA 1–495（495 aa）
链 AB 1–495（495 aa）
链 AC 1–495（495 aa）
链 AD 1–495（495 aa）
链 AE 1–495（495 aa）
链 AF 1–495（495 aa）
链 AG 1–495（495 aa）
链 AH 1–495（495 aa）
链 AI 1–495（495 aa）
链 AJ 1–495（495 aa）
链 AK 1–495（495 aa）
链 BA 1–495（495 aa）
链 BB 1–495（495 aa）
链 BC 1–495（495 aa）
链 BD 1–495（495 aa）
链 BE 1–495（495 aa）
链 BF 1–495（495 aa）
链 BG 1–495（495 aa）
链 BH 1–495（495 aa）
链 BI 1–495（495 aa）
链 BJ 1–495（495 aa）
链 BK 1–495（495 aa）
链 CA 1–495（495 aa）
链 CB 1–495（495 aa）
链 CC 1–495（495 aa）
链 CD 1–495（495 aa）
链 CE 1–495（495 aa）
链 CF 1–495（495 aa）
链 CG 1–495（495 aa）
链 CH 1–495（495 aa）
链 CI 1–495（495 aa）
链 CJ 1–495（495 aa）
链 CK 1–495（495 aa）
链 DA 1–495（495 aa）
链 DB 1–495（495 aa）
链 DC 1–495（495 aa）
链 DD 1–495（495 aa）
链 DE 1–495（495 aa）
链 DF 1–495（495 aa）
链 DG 1–495（495 aa）
链 DH 1–495（495 aa）
链 DI 1–495（495 aa）
链 DJ 1–495（495 aa）
链 DK 1–495（495 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
9M67 the flagellar filament cap FliD in complex with FliC 提交 2025-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–495（495 aa）
链 B 1–495（495 aa）
链 C 1–495（495 aa）
链 D 1–495（495 aa）
链 E 1–495（495 aa）
链 F 1–495（495 aa）
链 G 1–495（495 aa）
链 H 1–495（495 aa）
链 I 1–495（495 aa）
链 J 1–495（495 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9M6H structure of FliD-FliC at a 10:10 stoichiometry 提交 2025-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric
链 B 54–454（401 aa）
链 D 54–454（401 aa）
链 F 54–454（401 aa）
链 H 54–454（401 aa）
链 J 54–454（401 aa）
链 L 54–454（401 aa）
链 N 54–454（401 aa）
链 P 54–454（401 aa）
链 R 54–454（401 aa）
链 T 54–454（401 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIC_SALTY
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 8–502； UniProt 1–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8fml

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8fml
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8fml
沉积日期 deposition_date2022-12-23
结构标题 titleCryo-EM structure of NLR family apoptosis inhibitory protein 5 (NAIP5) in complex with a full-length flagellin (FliC) ligand
关键词 keywordsInflammasome, Innate immunity, Bacterial ligand, host-pathogen interaction, Protein complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.49 Å
零角强度 I(0) i0390496000.00
分子量 molecular_weight163840.0 kDa
排除体积 excluded_volume206040 ų
包络体积 envelope_volume276560 ų
水化壳体积 shell_volume57461 ų
包络直径 envelope_diameter139.6 Å
壳层 Rg shell_rg45.44 Å
包络 Rg envelope_rg40.12 Å
形状 Rg shape_rg40.47 Å
总 Rg total_rg40.83 Å
总原子数 total_atoms11528
残基数 n_residues1439
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax138.6 Å
Rg (实空间) rg_real40.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal390400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8630
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.7 Å
偏度 Skewness skewness0.444
峰度 Kurtosis kurtosis-0.385
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha58950000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.857
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)