SAXSdb — 8fud

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0SH11） PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0SH11） GLYCEROL × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS29_MOUSE
Isoform	Q9QZ88-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–188； UniProt 1–186 作者链 B； PDB构建体 3–188； UniProt 1–186

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

物种未注明

UniProt G0SH11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9QZ88） PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9QZ88） GLYCEROL × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SH11_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–10； UniProt 71–80 作者链 D； PDB构建体 1–10； UniProt 71–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fud
沉积日期 deposition_date	2023-01-17
最后修订 last_revision	2024-07-24
结构标题 title	Crystal structure of Vps29 in complex with Chaetomium thermophilum Vps5 (71 to 80)
关键词 keywords	Retromer, endosome, sorting nexin, membrane trafficking, Protein transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8fud__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8fud__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8fud__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.87 Å
Rg（电子密度）	15.53 Å
总 Rg	16.69 Å
原子数	1532
残基数	193
排除体积	27478 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8fud__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8fud__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	21089.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3441

GSMAGHRLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQFKIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTVVTYVYQLIGDDVKVERIEYKKS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子量 formula_weight	983.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

EDDPLGPLGA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

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晶胞边长 a length_a	54.051 Å
晶胞边长 b length_b	68.597 Å
晶胞边长 c length_c	211.139 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.680 Å
最低分辨率 resolution_low	41.620 Å
R 因子 r_factor	0.1782
R_work r_work	0.1769
R_free r_free	0.2025

Crystal structure of Vps29 in complex with Chaetomium thermophilum Vps5 (71 to 80)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fud__assembly_1__model_1

8fud__assembly_1__model_1 | I(q)

8fud__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Vps29 in complex with Chaetomium thermophilum Vps5 (71 to 80)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fud__assembly_1__model_1

8fud__assembly_1__model_1 | I(q)

8fud__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)