8ttc

Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ttc
沉积日期 deposition_date	2023-08-13
最后修订 last_revision	2024-08-21
结构标题 title	Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)
关键词 keywords	Vps29, Vps35, Fam21, Retromer, WASH complex, Endosome, Protein transport, endocytosis; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.94 Å
零角强度 I(0) i0	185498000.00
分子量 molecular_weight	110380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138810 Å³
包络体积 envelope_volume	180600 Å³
水化壳体积 shell_volume	44977 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.22 Å
包络 Rg envelope_rg	32.88 Å
形状 Rg shape_rg	32.93 Å
总 Rg total_rg	33.55 Å
总原子数 total_atoms	7779
残基数 n_residues	962
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	185500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.912

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	20521.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7807

MLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQFKIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTVVTYVYQLIGDDVKVERIEYKKS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子量 formula_weight	36237.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSDFADEQSLVGRFIHLLRSDDPDQQYLILNTARKHFGAGGNQRIRFTLPPLVFAAYQLAFRYKENSQMDDKWEKKCQKIFSFAHQTISALIKAELAELPLRLFLQGALAAGEIGFENHETVAYEFMSQAFSLYEDEISDSKAQLAAITLIIGTFERMKCFSEENHEPLRTQCALAASKLLKKPDQGRAVSTCAHLFWSGRNTDKNGEELHGGKRVMECLKKALKIANQCMDPSLQVQLFIEILNRYIYFYEKENDAVTIQVLNQLIQKIREDLPNLESSEETEQINKHFHNTLEHLRSRRESPESEGPIYEGLIL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	SER-ILE-PHE-ASP-ASP-ASP-MET-ASP-ASP-ILE-PHE-SER-SER-GLY
分子量 formula_weight	1563.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SIFDDDMDDIFSSG

Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.763 Å
晶胞边长 b length_b	88.763 Å
晶胞边长 c length_c	328.291 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.010 Å
最低分辨率 resolution_low	46.580 Å
R 因子 r_factor	0.2393
R_work r_work	0.2376
R_free r_free	0.2705

fit	/app/data/saxs_computation/tt/8ttc/8ttc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tt/8ttc/8ttc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tt/8ttc/8ttc.dat

Structure of retromer VPS29-VPS35 (483-796) complexed with Fam21A repeat 20 (1289-1302)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)