8g8e

Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 109.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g8e
沉积日期 deposition_date	2023-02-17
结构标题 title	Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence
关键词 keywords	Oct4, Nucleosome, LIN28B DNA, iPSC, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.34 Å
零角强度 I(0) i0	39501800.00
分子量 molecular_weight	36231.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39915 Å³
包络体积 envelope_volume	60648 Å³
水化壳体积 shell_volume	21063 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.17 Å
包络 Rg envelope_rg	28.24 Å
形状 Rg shape_rg	27.22 Å
总 Rg total_rg	27.82 Å
总原子数 total_atoms	2464
残基数 n_residues	204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7468
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.748
峰度 Kurtosis kurtosis	0.295
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1948000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.515; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.256; Smooth: 0.902

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	LIN28B DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	56519.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J
原子数 atom_count	2464

GCATAAGTTAAGTGGTATTAACATATCCTCAGTGGTGAGTATTAACATGGAACTTACTCCAACAATACAGATGCTGAATAAATGTAGTCTAAGTGAAGAAAGAAGGAAAGGTGGGAGCTGCCATCACTCAGAATTGTCCAGCAGGGATTGTGCAAGCTTGTGAATAAAGACACATACTTCAT

Entity 2 polymer

描述 description	LIN28B DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	55827.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATGAAGTATGTGTCTTTATTCACAAGCTTGCACAATCCCTGCTGGACAATTCTGAGTGATGGCAGCTCCCACCTTTCCTTCTTTCTTCACTTAGACTACATTTATTCAGCATCTGTATTGTTGGAGTAAGTTCCATGTTAATACTCACCACTGAGGATATGTTAATACCACTTAACTTATGC

Entity 3 polymer

描述 description	POU domain, class 5, transcription factor 1
分子量 formula_weight	42299.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRDPNSMAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	65000

fit	/app/data/saxs_computation/g8/8g8e/8g8e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/8g8e/8g8e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/8g8e/8g8e.dat

Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)