SAXSdb — 8g8g

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g8g
沉积日期 deposition_date	2023-02-17
结构标题 title	Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4
关键词 keywords	Oct4, Nucleosome, Pioneer factor, LIN28B DNA, iPSc, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.94 Å
零角强度 I(0) i0	1181670000.00
分子量 molecular_weight	213350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237630 Å³
包络体积 envelope_volume	389800 Å³
水化壳体积 shell_volume	70141 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.56 Å
包络 Rg envelope_rg	48.69 Å
形状 Rg shape_rg	47.82 Å
总 Rg total_rg	48.28 Å
总原子数 total_atoms	14558
残基数 n_residues	1279
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.6 Å
Rg (实空间) rg_real	49.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1181000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6045
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.612
峰度 Kurtosis kurtosis	0.109
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	102900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.668; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.664

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	14558

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	13978.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	13524.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	LIN28B DNA (174-MER)
分子量 formula_weight	55827.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATGAAGTATGTGTCTTTATTCACAAGCTTGCACAATCCCTGCTGGACAATTCTGAGTGATGGCAGCTCCCACCTTTCCTTCTTTCTTCACTTAGACTACATTTATTCAGCATCTGTATTGTTGGAGTAAGTTCCATGTTAATACTCACCACTGAGGATATGTTAATACCACTTAACTTATGC

Entity 6 polymer

描述 description	LIN28B DNA (174-MER)
分子量 formula_weight	56519.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GCATAAGTTAAGTGGTATTAACATATCCTCAGTGGTGAGTATTAACATGGAACTTACTCCAACAATACAGATGCTGAATAAATGTAGTCTAAGTGAAGAAAGAAGGAAAGGTGGGAGCTGCCATCACTCAGAATTGTCCAGCAGGGATTGTGCAAGCTTGTGAATAAAGACACATACTTCAT

Entity 7 polymer

描述 description	POU domain, class 5, transcription factor 1
分子量 formula_weight	42299.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRDPNSMAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYEFCGGMAYCGPQVGVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHFGTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53000

fit	/app/data/saxs_computation/g8/8g8g/8g8g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/8g8g/8g8g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/8g8g/8g8g.dat

Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)