SAXSdb — 8gkl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mucin-16

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 12695–12821	片段：SEA5 domain, residues 12695-12821	MUC16 antibody AR9.6 Fab light chain × 1 MUC16 antibody AR9.6 Fab heavy chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M PCTP pH 4.0 25% PEG 1500	分辨率 2.60 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8GKL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7SA9 Human MUC16 SEA5 Domain 提交 2021-09-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12665–12857（193 aa）片段：SEA5 Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；ammonium acetate, PEG 10000	分辨率 1.69 Å R-free 0.216
7SA9 Human MUC16 SEA5 Domain 提交 2021-09-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 12665–12857（193 aa）片段：SEA5 Domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；ammonium acetate, PEG 10000	分辨率 1.69 Å R-free 0.216
8VM1 Structural Elucidation of the Mesothelin Mucin16 CA125 Interaction 提交 2024-01-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 13475–13600（126 aa）片段：residues 296-359 of mesothelin (Uniprot numbering),SEA 10 domain of mucin-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Bis-Tris, NH4CL, PEG3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.298
8VRS Mucin 16 peptide fused to MBP in complex with 4H11-scFv antibody 提交 2024-01-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 14421–14446（26 aa）片段：residues 14421-14446 of mucin-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, 10mM Barium Chloride, 27% PEG MME 5000	分辨率 2.47 Å R-free 0.237
8VRS Mucin 16 peptide fused to MBP in complex with 4H11-scFv antibody 提交 2024-01-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 14421–14446（26 aa）片段：residues 14421-14446 of mucin-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, 10mM Barium Chloride, 27% PEG MME 5000	分辨率 2.47 Å R-free 0.237

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MUC16_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–127； UniProt 12695–12821

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8gkl
沉积日期 deposition_date	2023-03-19
结构标题 title	Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6
关键词 keywords	CA125, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.90 Å
零角强度 I(0) i0	56514500.00
分子量 molecular_weight	58181.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72302 Å³
包络体积 envelope_volume	91924 Å³
水化壳体积 shell_volume	28493 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.96 Å
包络 Rg envelope_rg	28.91 Å
形状 Rg shape_rg	28.89 Å
总 Rg total_rg	29.41 Å
总原子数 total_atoms	4100
残基数 n_residues	543
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6355
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.593
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.046
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7867000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.754; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.092; Positv: 1.000; Valcen: 0.876; Smooth: 0.844

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mucin-16
分子量 formula_weight	14210.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	4224

GPLLVPFTLNFTITNLKYEEDMHCPGSRKFNTTERVLQSLLGPMFKNTSVGPLYSGCRLTLLRSEKDGAATGVDAICTHRLDPKSPGVDREQLYWELSQLTNGIKELGPYTLDRNSLYVNGFTHQTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MUC16 antibody AR9.6 Fab light chain
分子量 formula_weight	23884.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDNYGISFMNWFQQKPGHPPKLLIYGASNQGSGVPARFSGSGSGTDFSLNIHPMEEDDAAMYFCQQTKEVPWTFGGGTKVEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MUC16 antibody AR9.6 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25216.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCAASGFTFSTFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSSTIYYGDTLQGRFIISRDNPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCARSGYDYDPIYYALDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	124

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.470 Å
晶胞边长 b length_b	124.360 Å
晶胞边长 c length_c	235.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	42.740 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2154
R_free r_free	0.2692

fit	/app/data/saxs_computation/gk/8gkl/8gkl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gk/8gkl/8gkl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gk/8gkl/8gkl.dat

Crystal Structure of the Humanized MUC16 Specific Antibody huAR9.6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mucin-16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)