8go3

Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （P0ABJ1） ubiquinol oxidase × 1 （B6HZN6） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 （C3TLX2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1 COPPER (II) ION × 1 Ubiquinone-8 × 1 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B7MD89_ECO45
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2

物种未注明

UniProt P0ABJ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 （B7MD89） ubiquinol oxidase × 1 （B6HZN6） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 （C3TLX2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1 COPPER (II) ION × 1 Ubiquinone-8 × 1 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

ubiquinol oxidase

物种未注明

UniProt B6HZN6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 （B7MD89） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （P0ABJ1） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 （C3TLX2） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1 COPPER (II) ION × 1 Ubiquinone-8 × 1 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6HZN6_ECOSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

物种未注明

UniProt C3TLX2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 （B7MD89） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （P0ABJ1） ubiquinol oxidase × 1 （B6HZN6） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1 COPPER (II) ION × 1 Ubiquinone-8 × 1 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3TLX2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8go3
沉积日期 deposition_date	2022-08-24
最后修订 last_revision	2023-08-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent
关键词 keywords	Cytochrome bo3, ubiquinol oxidase, DDM detergent, TRANSLOCASE; TRANSLOCASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8go3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8go3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8go3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.42 Å
Rg（电子密度）	31.05 Å
总 Rg	31.82 Å
原子数	9739
残基数	1203
排除体积	178500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8go3__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	74424.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9739

MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLTSVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYDQIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTVVGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIGTTLTGINFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPILTVTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVFGVFSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVNAFFGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGGMTGVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFGFKLNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTMLMIAASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSSPPPFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVIAAFSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEKLENQHFDEITKAGLKNGN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	34947.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRLRKYNKSLGWLSLFAGTVLLSGCNSALLDPKGQIGLEQRSLILTAFGLMLIVVIPAILMAVGFAWKYRASNKDAKYSPNWSHSNKVEAVVWTVPILIIIFLAVLTWKTTHALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMNSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGISASYSGPGFSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ubiquinol oxidase
分子量 formula_weight	22642.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATDTLTHATAHAHEHGHHDAGGTKIFGFWIYLMSDCILFSILFATYAVLVNGTAGGPTGKDIFELPFVLVETFLLLFSSITYGMAAIAMYKNNKSQVISWLALTWLFGAGFIGMEIYEFHHLIVNGMGPDRSGFLSAFFALVGTHGLHVTSGLIWMAVLMVQIARRGLTSTNRTRIMCLSLFWHFLDVVWICVFTVVYLMGAM

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4
分子量 formula_weight	12037.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSHSTDHSGASHGSVKTYMTGFILSIILTVIPFWMVMTGAASPAVILGTILAMAVVQVLVHLVCFLHMNTKSDEGWNMTAFVFTVLIIAILVVGSIWIMWNLNYNMMMH

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	HEME O
分子量 formula_weight	838.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	538627

Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ubiquinol oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8go3__assembly_1__model_1

8go3__assembly_1__model_1 | I(q)

8go3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ubiquinol oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8go3__assembly_1__model_1

8go3__assembly_1__model_1 | I(q)

8go3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)