SAXSdb — 8h1r

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h1r
沉积日期 deposition_date	2022-10-03
结构标题 title	Crystal structure of LptDE-YifL complex
关键词 keywords	Lipopolysaccharide, Lipoprotein, LptDE, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.06 Å
零角强度 I(0) i0	708056000.00
分子量 molecular_weight	217230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	270130 Å³
包络体积 envelope_volume	406530 Å³
水化壳体积 shell_volume	68460 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.8 Å
壳层 Rg shell_rg	52.62 Å
包络 Rg envelope_rg	50.18 Å
形状 Rg shape_rg	50.03 Å
总 Rg total_rg	50.26 Å
总原子数 total_atoms	15559
残基数 n_residues	1893
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.7 Å
Rg (实空间) rg_real	49.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	707600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7744
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.497
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.276
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	96700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.832; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	LPS-assembly protein LptD
分子量 formula_weight	104387.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	15559

MAVKSLVFRRKFPLLVTGSLLALQPVAALTVQAADQFDCKVSATGGWDCSPLQNANANLPPRPAHTATSVSTAAAGSSVSGSGGETVEAEPTQRLVTESGGRALKSRSADYSHLDWIPREKLTAAQLAEIGPYCGGSYIEPVRPGMDDGAPSDESPTYVSAKASRYEQEKQIATLAGDVVLRQGSMQVEGDEANLHQLENRGELVGNVKLRDKGMLVVGDHAQVQLDNGEAQVDNAEYVIHKAHARGSALYAKRSENAIIMLKDGTYTRCEPSSNAWTLKGNNVKLNPATGFGTATNATLRVKDFPVFYTPYIYFPIDDRRQSGFLPPSFSSTSDTGFTLVTPYYFNLAPNYDATLYPRYMAKRGMMLEGEFRYLTHSSEGIVNAAYLNDKDDHREGFPDYSKDRWLYGLKNTTGLDSRWLAEVDYTRISDPYYFQDLDTDLGVGSTTYVNQRGTLTYRGDTFTGRLNAQAYQLATTTDVTPYDRLPQITFDGFLPYNPGGMQFTYGTEFVRFDRDLDENIYFNDDGSIRGKRPDASLQGLARATGDRMHLEPGMSLPMTRSWGYVTPTLKYLYTKYDLDLDSQGKTDLNKRDESFDSNQDRSLPLVKVDSGLYFDRDTTFAGTPFRQTLEPRAMYLYVPYKDQDSLPVFDTSEPSFSYDSLWRENRFTGKDRIGDANQLSLGVTSRFIEENGFERASISAGQIYYFRDRRVQLPGLTEKDLKRLNLDPSGLDNDSWRSPYAFAGQYRFNRDWRINSDFNWNPNTSRTESGSAIFHYQPEVDPGKVVNVGYRYRADARRFDSSRGTFRYGNENDIIKQHDFSVIWPLVPQWSVLARWQYDYNKNRTLEAFGGFEYDSCCWKLRLINRYWLDVDDDAFLVQSEKADRGIFLQIVLKGLGGIVGNKTEMFLDKGIQGYRQREDQAM

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	LPS-assembly lipoprotein LptE
分子量 formula_weight	22908.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MKRILTSAALIGMTTLLAACGFQLRGLGDAQFALKEIDVSARNAYGPTVRELKETLENSGVKVTSNAPYHLVLVREDNQQRTVSYTGSARGAEFELTNTINYEIVGANDLVLMSNQVQVQKVYVHDENNLIGSDQEAAQLRSEMRRDLIQQLSMRLQALTPAQLDEAQRQAEAKAKAEAEALRAADEAERQRRAAEPQQSPIEFPTP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Uncharacterized lipoprotein YifL
分子量 formula_weight	7184.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MKNVFKALTVLLTLFSLTGCGLKGPLYFPPADKNAPPPTKPVETQTQSTVPDKNDRATGDGPSQVNY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-3-{[(2S)-3-HYDROXY-2-(PALMITOYLAMINO)PROPYL]THIO}PROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE
分子量 formula_weight	896.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	93.848 Å
晶胞边长 b length_b	140.475 Å
晶胞边长 c length_c	133.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	43.250 Å
R 因子 r_factor	0.2355
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2640

fit	/app/data/saxs_computation/h1/8h1r/8h1r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h1/8h1r/8h1r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h1/8h1r/8h1r.dat

Crystal structure of LptDE-YifL complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)