SAXSdb — 8h1s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h1s
沉积日期 deposition_date	2022-10-03
结构标题 title	Crystal structure of apo-LptDE complex
关键词 keywords	Lipopolysaccharide, Lipoprotein, LptDE, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.33 Å
零角强度 I(0) i0	773804000.00
分子量 molecular_weight	224450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	277740 Å³
包络体积 envelope_volume	412630 Å³
水化壳体积 shell_volume	68168 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.0 Å
壳层 Rg shell_rg	53.76 Å
包络 Rg envelope_rg	49.21 Å
形状 Rg shape_rg	50.32 Å
总 Rg total_rg	50.47 Å
总原子数 total_atoms	15855
残基数 n_residues	1981
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	773500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8394
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.619
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	114100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.895; Smooth: 0.343

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	LPS-assembly protein LptD
分子量 formula_weight	104387.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	15855

MAVKSLVFRRKFPLLVTGSLLALQPVAALTVQAADQFDCKVSATGGWDCSPLQNANANLPPRPAHTATSVSTAAAGSSVSGSGGETVEAEPTQRLVTESGGRALKSRSADYSHLDWIPREKLTAAQLAEIGPYCGGSYIEPVRPGMDDGAPSDESPTYVSAKASRYEQEKQIATLAGDVVLRQGSMQVEGDEANLHQLENRGELVGNVKLRDKGMLVVGDHAQVQLDNGEAQVDNAEYVIHKAHARGSALYAKRSENAIIMLKDGTYTRCEPSSNAWTLKGNNVKLNPATGFGTATNATLRVKDFPVFYTPYIYFPIDDRRQSGFLPPSFSSTSDTGFTLVTPYYFNLAPNYDATLYPRYMAKRGMMLEGEFRYLTHSSEGIVNAAYLNDKDDHREGFPDYSKDRWLYGLKNTTGLDSRWLAEVDYTRISDPYYFQDLDTDLGVGSTTYVNQRGTLTYRGDTFTGRLNAQAYQLATTTDVTPYDRLPQITFDGFLPYNPGGMQFTYGTEFVRFDRDLDENIYFNDDGSIRGKRPDASLQGLARATGDRMHLEPGMSLPMTRSWGYVTPTLKYLYTKYDLDLDSQGKTDLNKRDESFDSNQDRSLPLVKVDSGLYFDRDTTFAGTPFRQTLEPRAMYLYVPYKDQDSLPVFDTSEPSFSYDSLWRENRFTGKDRIGDANQLSLGVTSRFIEENGFERASISAGQIYYFRDRRVQLPGLTEKDLKRLNLDPSGLDNDSWRSPYAFAGQYRFNRDWRINSDFNWNPNTSRTESGSAIFHYQPEVDPGKVVNVGYRYRADARRFDSSRGTFRYGNENDIIKQHDFSVIWPLVPQWSVLARWQYDYNKNRTLEAFGGFEYDSCCWKLRLINRYWLDVDDDAFLVQSEKADRGIFLQIVLKGLGGIVGNKTEMFLDKGIQGYRQREDQAM

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	LPS-assembly lipoprotein LptE
分子量 formula_weight	22908.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

MKRILTSAALIGMTTLLAACGFQLRGLGDAQFALKEIDVSARNAYGPTVRELKETLENSGVKVTSNAPYHLVLVREDNQQRTVSYTGSARGAEFELTNTINYEIVGANDLVLMSNQVQVQKVYVHDENNLIGSDQEAAQLRSEMRRDLIQQLSMRLQALTPAQLDEAQRQAEAKAKAEAEALRAADEAERQRRAAEPQQSPIEFPTP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.027 Å
晶胞边长 b length_b	160.485 Å
晶胞边长 c length_c	218.075 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.280 Å
最低分辨率 resolution_low	43.090 Å
R 因子 r_factor	0.2439
R_work r_work	0.2421
R_free r_free	0.2788

fit	/app/data/saxs_computation/h1/8h1s/8h1s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h1/8h1s/8h1s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h1/8h1s/8h1s.dat

Crystal structure of apo-LptDE complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)