SAXSdb — 8hfq

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hfq
沉积日期 deposition_date	2022-11-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of CpcL-PBS from cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
关键词 keywords	CpcL-phycobilisome, energy transfer, ferredoxin:NADP+ oxidoreductase, ultrafast spectroscopy, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.36 Å
零角强度 I(0) i0	8500070000.00
分子量 molecular_weight	769370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	958290 Å³
包络体积 envelope_volume	1195000 Å³
水化壳体积 shell_volume	160300 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.9 Å
壳层 Rg shell_rg	66.17 Å
包络 Rg envelope_rg	58.65 Å
形状 Rg shape_rg	59.37 Å
总 Rg total_rg	59.46 Å
总原子数 total_atoms	54193
残基数 n_residues	6851
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.1 Å
Rg (实空间) rg_real	59.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5000e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6210e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8500000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8337
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.422
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3068000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.004

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	C-phycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17602.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y,a,c,e,g,i
原子数 atom_count	54193

MKTPLTEAVSTADSQGRFLSSTELQIAFGRLRQANAGLQAAKALTDNAQSLVNGAAQAVYNKFPYTTQTQGNNFAADQRGKDKCARDIGYYLRIVTYCLVAGGTGPLDEYLIAGIDEINRTFDLSPSWYVEALKYIKANHGLSGDARDEANSYLDYAINALS

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 2 polymer

描述 description	C-phycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	18142.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z,b,d,f,h,j

MFDVFTRVVSQADARGEYLSGSQLDALSATVAEGNKRIDSVNRITGNASAIVSNAARALFAEQPQLIQPGGNAYTSRRMAACLRDMEIILRYVTYATFTGDASVLEDRCLNGLRETYVALGVPGASVAAGVQKMKEAALDIVNDPNGITRGDCSAIVAEIAGYFDRAAAAVA

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 3 polymer

描述 description	Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
分子量 formula_weight	32558.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MAITTAASRLGVAPYNESRPVELRPDFSLDDAKMVIRAVYRQVLGNDYIMDSERLKGAESLLTNGSISVREFVRTVAKSELYKKKFLYNNFQTRVIELNYKHLLGRAPFSEDEVIFHLDLYENQGFDADIDSYIDSVEYQENFGENIVPYYRFNNQVGDRTVGFTRMFRLYRGYANSDRSQLERSSSRLATELGQNTVSAIVGPSGSNAGWAYRPSRAGNTPAKALGGTVPFGQASKLFRVEITAISAPGYPKVRRSNKAVIVPFEQLNQTLQQINRLGGKVASITPASLS

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 2
分子量 formula_weight	30836.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MTSLVSAQRLGIVAVDEAIPLELRSRSTEEEVDAVILAVYRQVLGNDHLMSQERLTSAESLLRGREISVRDFVRAVALSEVYRQKFFHSNPQNRFIELNYKHLLGRAPYDQSEIAFHTDLYHQGGYEAEINSYIDSVEYTENFGDWVVPYFRGFATQRNQKTVGFSRSFQVYRGYATSDRSQGNGSRSRLTRELARNTASPVYAGSTAESLRGTSAGSRNQMYRLQVIQGAAPGRGTRVRRGKAEYLVSYDNLSAKLQQINRQGDTVTMISLA

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 5 polymer

描述 description	Ferredoxin--NADP reductase
分子量 formula_weight	46417.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MYSPGYVATSSRQSDAGNRLFVYEVIGLSQSTMTDGLDYPIRRSGSTFITVPLKRMNQEMRRITRMGGKIVSIKPLEGDSPLPHTEGIAKPSQSEGSGSEAVANPAPESNKTMTTTPKEKKADDIPVNIYRPKTPYIGKVLENYPLVREGAIGTVQHLTFDLSAGDLRYLEGQSIGIIPPGEDDKGKPHKLRLYSIASTRHGDFGDDKTVSLCVRQLEYQNEAGETVQGVCSTYLCNIKEGDDIAITGPVGKEMLLPPDEDANIVMLATGTGIAPFRAFLWRMFKEQHEDYKFKGLAWLIFGIPKSENILYKDDLEKMAAEFPDNFRLTYAISREQQNAEGGRMYIQHRVAENAEELWNLMQNPKTHTYMCGLKGMEPGIDEAFTALAEQNGKEWTTFQREMKKEHRWHVETY

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I-associated linker protein CpcL
分子量 formula_weight	28551.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MTLPLIAYAPVSQNQRVTNYEVSGDEHARIFTTEGTLSPSAMDNLIAAAYRQVFNEQQMIQSNRQIALESQFKNQQITVRDFIRGLALSDSFRRRNFEVNNNYRFVQMCIQRLLGRDVYSEEEKIAWSIVIATKGLPGFINELLNSQEYLENFGYDTVPYQRRRILPQRISGELPFARMPRYGADHREKLEAIGYFRNQAPLTYRWEWQKQPYPAGVYLAGKVVLYVGGALVSLGIIAVALSAWGIIGL

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 7 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	54

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	2.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	124441

fit	/app/data/saxs_computation/hf/8hfq/8hfq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hf/8hfq/8hfq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hf/8hfq/8hfq.dat

Cryo-EM structure of CpcL-PBS from cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)