SAXSdb — 8hxb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NFkB inhibitor

Monkeypox virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–220 链 B； UniProt 18–220 链 C； UniProt 18–220 链 D； UniProt 18–220 链 E； UniProt 18–220 链 F； UniProt 18–220	未记录	T-lymphocyte activation antigen CD86 × 6 （P42081）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HXB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8HXA Cryo-EM structure of MPXV M2 in complex with human B7.1 提交 2023-01-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 18–220（203 aa）链 B 18–220（203 aa）链 C 18–220（203 aa）链 D 18–220（203 aa）链 E 18–220（203 aa）链 F 18–220（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8HXC Cryo-EM structure of MPXV M2 heptamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 18–220（203 aa）链 B 18–220（203 aa）链 C 18–220（203 aa）链 D 18–220（203 aa）链 E 18–220（203 aa）链 F 18–220（203 aa）链 G 18–220（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3I8Y9_MONPV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 C； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 D； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 E； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220 作者链 F； PDB构建体 1–203； UniProt 18–220

T-lymphocyte activation antigen CD86

Homo sapiens

UniProt P42081

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 26–238 链 H； UniProt 26–238 链 I； UniProt 26–238 链 J； UniProt 26–238 链 K； UniProt 26–238 链 L； UniProt 26–238	未记录	NFkB inhibitor × 6 （Q3I8Y9）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8HXB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I85 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CTLA-4/B7-2 COMPLEX 提交 2001-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–134（109 aa）片段：IG V-TYPE (RECEPTOR BINDING) DOMAIN 链 B 26–134（109 aa）片段：IG V-TYPE (RECEPTOR BINDING) DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG20K, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.300
1NCN the receptor-binding domain of human B7-2 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–134（109 aa）片段：Ig V-type domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG4000, NaAC, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
1NCN the receptor-binding domain of human B7-2 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–134（109 aa）片段：Ig V-type domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG4000, NaAC, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
5YXK High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group 提交 2017-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–134（109 aa）片段：Ig-like V-type 链 B 26–134（109 aa）片段：Ig-like V-type	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
5YXK High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group 提交 2017-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–134（109 aa）片段：Ig-like V-type 链 D 26–134（109 aa）片段：Ig-like V-type	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
8FXX Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (heptameric ring) 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 C 26–134（109 aa）链 E 26–134（109 aa）链 G 26–134（109 aa）链 H 26–134（109 aa）链 J 26–134（109 aa）链 L 26–134（109 aa）链 N 26–134（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8FXY Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (hexameric ring) 提交 2023-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 26–243（218 aa）链 E 26–243（218 aa）链 G 26–243（218 aa）链 H 26–243（218 aa）链 J 26–243（218 aa）链 L 26–243（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
8HXC Cryo-EM structure of MPXV M2 heptamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 26–238（213 aa）链 I 26–238（213 aa）链 J 26–238（213 aa）链 K 26–238（213 aa）链 L 26–238（213 aa）链 M 26–238（213 aa）链 N 26–238（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD86_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–213； UniProt 26–238 作者链 H； PDB构建体 1–213； UniProt 26–238 作者链 I； PDB构建体 1–213； UniProt 26–238 作者链 J； PDB构建体 1–213； UniProt 26–238 作者链 K； PDB构建体 1–213； UniProt 26–238 作者链 L； PDB构建体 1–213； UniProt 26–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hxb
沉积日期 deposition_date	2023-01-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of MPXV M2 hexamer in complex with human B7.2
关键词 keywords	M2, complex, immune evasion, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.13 Å
零角强度 I(0) i0	665600000.00
分子量 molecular_weight	212380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	263900 Å³
包络体积 envelope_volume	405580 Å³
水化壳体积 shell_volume	60679 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.7 Å
壳层 Rg shell_rg	61.18 Å
包络 Rg envelope_rg	51.93 Å
形状 Rg shape_rg	54.17 Å
总 Rg total_rg	54.16 Å
总原子数 total_atoms	14892
残基数 n_residues	1842
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	665800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8518
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.014
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.788
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.260

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NFkB inhibitor
分子量 formula_weight	23285.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14892

VEYKNTICPPRQDYRYWYFVAELTIGVNYDINSTIIGECHMSESYIDRNANIVLTGYGLKINMTIMDTDQRFVAAAEGVGKDNKLSVLLFTTQRLDKVHHNISVTITCMEMNCGTTKYNSDLPESIHKSSSCDITINGSCVTCVNLETDPTKINPHYLHPKNKYLYHNSEYSMRGSYGVTFIDELNQCLLDIKELSYDICYRE

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-lymphocyte activation antigen CD86
分子量 formula_weight	24420.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

LKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMGRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGVMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198500

fit	/app/data/saxs_computation/hx/8hxb/8hxb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hx/8hxb/8hxb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hx/8hxb/8hxb.dat

Cryo-EM structure of MPXV M2 hexamer in complex with human B7.2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NFkB inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-lymphocyte activation antigen CD86

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)