8i08

Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase quadruple mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 174.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8i08
沉积日期 deposition_date	2023-01-10
结构标题 title	Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase quadruple mutant
关键词 keywords	Ligase, GCL; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.55 Å
零角强度 I(0) i0	2298140000.00
分子量 molecular_weight	398160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	496780 Å³
包络体积 envelope_volume	637020 Å³
水化壳体积 shell_volume	99776 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.8 Å
壳层 Rg shell_rg	56.97 Å
包络 Rg envelope_rg	51.82 Å
形状 Rg shape_rg	52.55 Å
总 Rg total_rg	52.63 Å
总原子数 total_atoms	27879
残基数 n_residues	3564
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.5 Å
Rg (实空间) rg_real	52.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2298000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8652
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	217100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.577

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glyoxylate carboligase
分子量 formula_weight	64847.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.47
突变 mutation	N283Q, L478M, R484M, M488L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	31697

GMAKMRAVDAAMYVLEKEGITTAFGVPGAAINPFYSAMRKHGGIRHILARHVEGASHMAEGYTRATAGNIGVCLGTSGPAGTDMITALYSASADSIPILCITGQAPRARLHKEDFQAVDIEAIAKPVSKMAVTVREAALVPRVLQQAFHLMRSGRPGPVLVDLPFDVQVAEIEFDPDMYEPLPVYKPAASRMQIEKAVEMLIQAERPVIVAGGGVINADAAALLQQFAELTSVPVIPTLMGWGCIPDDHELMAGMVGLQTAHRYGNATLLASDMVFGIGNRFAQRHTGSVEKYTEGRKIVHIDIEPTQIGRVLCPDLGIVSDAKAALTLLVEVAQEMQKAGRLPCRKEWVADCQQRKRTLLRKTHFDNVPVKPQRVYEEMNKAFGRDVCYVTTIGLSQIAAAQMLHVFKDRHWINCGQAGPLGWTIPAALGVCAADPKRNVVAISGDFDFQFLIEELAVGAQFNIPYIHVLVNNAYLGMIRQSQMAFDLDYCVQLAFENINSSEVNGYGVDHVKVAEGLGCKAIRVFKPEDIAPAFEQAKALMAQYRVPVVVEVILERVTNISMGSELDNVMEFEDIADNAADAPTETCFMHYE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 5 non-polymer

描述 description	2,3-DIMETHOXY-5-METHYL-1,4-BENZOQUINONE
分子量 formula_weight	182.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3818

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	188.565 Å
晶胞边长 b length_b	188.565 Å
晶胞边长 c length_c	246.486 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.910 Å
最低分辨率 resolution_low	49.920 Å
R 因子 r_factor	0.2268
R_work r_work	0.2254
R_free r_free	0.2717

fit	/app/data/saxs_computation/i0/8i08/8i08.fit
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