8ikw

A complex structure of PGIP-PG

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 187.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ikw
沉积日期 deposition_date	2023-03-01
结构标题 title	A complex structure of PGIP-PG
关键词 keywords	PGIP, polygalacturonase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.69 Å
零角强度 I(0) i0	1221020000.00
分子量 molecular_weight	285540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	354850 Å³
包络体积 envelope_volume	511150 Å³
水化壳体积 shell_volume	80478 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.9 Å
壳层 Rg shell_rg	55.75 Å
包络 Rg envelope_rg	51.95 Å
形状 Rg shape_rg	53.68 Å
总 Rg total_rg	53.81 Å
总原子数 total_atoms	20058
残基数 n_residues	2636
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.5 Å
Rg (实空间) rg_real	53.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1221000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5528
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.254
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	109600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.017; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Polygalacturonase inhibitor 2
分子量 formula_weight	34023.8 kDa
突变 mutation	N303D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	22453

ELCNPQDKQALLQIKKDLGNPTTLSSWLPTTDCCNRTWLGVLCDTDTQTYRVNNLDLSGLNLPKPYPIPSSLANLPYLNFLYIGGINNLVGPIPPAIAKLTQLHYLYITHTNVSGAIPDFLSQIKTLVTLDFSYNALSGTLPPSISSLPNLVGITFDGNRISGAIPDSYGSFSKLFTSMTISRNRLTGKIPPTFANLNLAFVDLSRNMLEGDASVLFGSDKNTQKIHLAKNSLAFDLGKVGLSKNLNGLDLRNNRIYGTLPQGLTQLKFLHSLDVSFNNLCGEIPQGGNLQRFDVSAYANNKCLCGSPLPACT

来源 Source

来源生物 organism	Phaseolus vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3885
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Endo-polygalacturonase
分子量 formula_weight	36222.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

DPCSVTEYSGLATAVSSCKNIVLNGFQVPTGKQLDLSSLQNDSTVTFKGTTTFATTADNDFNPIVISGSNITITGASGHVIDGNGQAYWDGKGSNSNSNQKPDHFIVVQKTTGNSKITNLNIQNWPVHCFDITGSSQLTISGLILDNRAGDKPNAKSGSLPAAHNTDGFDISSSDHVTLDNNHVYNQDDCVAVTSGTNIVVSNMYCSGGHGLSIGSVGGKSDNVVDGVQFLSSQVVNSQNGCRIKSNSGATGTINNVTYQNIALTNISTYGVDVQQDYLNGGPTGKPTNGVKISNIKFIKVTGTVASSAQDWFILCGDGSCSGFTFSGNAITGGGKTSSCNYPTNTCPS

来源 Source

来源生物 organism	Fusarium phyllophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	47803
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	716.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2395

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.727 Å
晶胞边长 b length_b	105.218 Å
晶胞边长 c length_c	113.821 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	63.93 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	86.27 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	34.290 Å
R 因子 r_factor	0.1939
R_work r_work	0.1919
R_free r_free	0.2325

fit	/app/data/saxs_computation/ik/8ikw/8ikw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ik/8ikw/8ikw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ik/8ikw/8ikw.dat

A complex structure of PGIP-PG

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)