8irf

XFEL structure of cyanobacterial photosystem II following two flashes (2F) with a 1-microsecond delay

Method: X-RAY DIFFRACTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8irf
沉积日期 deposition_date	2023-03-17
结构标题 title	XFEL structure of cyanobacterial photosystem II following two flashes (2F) with a 1-microsecond delay
关键词 keywords	PSII, photosystem II, XFEL, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (41)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	38235.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	62602

MTTTLQRRESANLWERFCNWVTSTDNRLYVGWFGVIMIPTLLAATICFVIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVVPSSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIIFHFLLGASCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPLASAFAVFLIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHQLGVAGVFGGALFCAMHGSLVTSSLIRETTETESANYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVVGVWFAALGISTMAFNLNGFNFNHSVIDAKGNVINTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLA

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56068.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

GLPWYRVHTVLINDPGRLIAAHLMHTALVAGWAGSMALYELATFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTGSWSGWSITGETGIDPGFWSFEGVALAHIVLSGLLFLAACWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKMFGIHLFLAGLLCFGFGAFHLTGLFGPGMWVSDPYGLTGSVQPVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHILVRPPQRLYKALRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDSSYFQQEINRRVQASLASGATLEEAWSAIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGPMNKGDGIAQAWKGHAVFRNKEGEELFVRRMPAFFESFPVILTDKNGVVKADIPFRRAESKYSFEQQGVTVSFYGGELNGQTFTDPPTVKSYARKAIFGEIFEFDTETLNSDGIFRTSPRGWFTFAHAVFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFSGIDPELSPEQVEWGFYQKVGDVTTRK

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	49668.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

NSIFATNRDQESSGFAWWAGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFELAHFIPEKPMYEQGLILIPHIATLGWGVGPGGEVVDTFPFFVVGVVHLISSAVLGFGGVYHAIRGPETLEEYSSFFGYDWKDKNKMTTILGFHLIVLGIGALLLVAKAMFFGGLYDTWAPGGGDVRVITNPTLDPRVIFGYLLKSPFGGEGWIVSVNNLEDVVGGHIWIGLICIAGGIWHILTTPFGWARRAFIWSGEAYLSYSLGALSMMGFIATCFVWFNNTVYPSEFYGPTGPEASQAQAMTFLIRDQKLGANVGSAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNFVSPRSWLATSHFVLAFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRESEPVLSMPSLD

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	38404.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

ERGWFDILDDWLKRDRFVFVGWSGILLFPCAYLALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTVAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQLGGLWTFIALHGAFGLIGFMLRQFEIARLVGVRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFQDGEGASTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRSYDFISQEIRAAEDPEFETFYTKNLLLNEGIRAWMAPQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9580.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MAGTTGERPFSDIITSVRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPDSYYAQEQRSIPLVTDRFEAKQQVETFLEQLK

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4936.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

TSNTPNQEPVSYPIFTVRWVAVHTLAVPTIFFLGAIAAMQFIQR

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7227.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

ARRTWLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFLVFLLIILEIYNSTLILDGVNVSWKALG

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4438.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

METLKITVYIVVTFFVLLFVFGFLSGDPARNPKRKDLE

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	3974.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MSEGGRIPLWIVATVAGMGVIVIVGLFFYGAYAGLGSSL

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4101.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

KLPEAYAIFDPLVDVLPVIPVLFLALAFVWQAAVGFR

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4299.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MEPNPNRQPVELNRTSLYLGLLLILVLALLFSSYFFN

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	4009.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MEVNQLGLIATALFVLVPSVFLIILYVQTESQQKSS

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
分子量 formula_weight	26651.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

QTLTYDDIVGTGLANKCPTLDDTARGAYPIDSSQTYRIARLCLQPTTFLVKEEPKNKRQEAEFVPTKLVTRETTSLDQIQGELKVNSDGSLTFVEEDGIDFQPVTVQMAGGERIPLLFTVKNLVASTQPNVTSITTSTDFKGEFNVPSYRTANFLDPKGRGLASGYDSAIALPQAKEEELARANVKRFSLTKGQISLNVAKVDGRTGEIAGTFESEQLSDDDMGAHEPHEVKIQGVFYASIEPA

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3906.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

METITYVFIFACIIALFFFAIFFREPPRITKK

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
分子量 formula_weight	11656.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

ATASTEEELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 16 polymer

描述 description	Cytochrome c-550
分子量 formula_weight	15148.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

AELTPEVLTVPLNSEGKTITLTEKQYLEGKRLFQYACASCHVGGITKTNPSLDLRTETLALATPPRDNIEGLVDYMKNPTTYDGEQEIAEVHPSLRSADIFPKMRNLTEKDLVAIAGHILVEPKILGDKWGGGKVYY

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X
分子量 formula_weight	4191.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

TITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Ycf12
分子量 formula_weight	3228.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

EVIAQLTMIAMIGIAGPMIIFLLAVRRGNL

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6766.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II protein Y
分子量 formula_weight	3859.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

DWRVLVVLLPVLLAAGWAVRNILPYAVKQVQKLL

来源 Source

来源生物 organism	Thermostichus vulcanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32053
宿主生物 host_organism	Thermostichus vulcanus

Entity 21 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 22 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 23 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	70

Entity 24 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 26 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 27 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 28 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 29 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 30 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 31 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 32 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 33 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 34 non-polymer

描述 description	heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	294.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 35 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 36 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 37 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 38 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 39 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 40 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 41 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1825

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.770 Å
晶胞边长 b length_b	231.760 Å
晶胞边长 c length_c	288.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.1415
R_work r_work	0.1396
R_free r_free	0.1774

XFEL structure of cyanobacterial photosystem II following two flashes (2F) with a 1-microsecond delay

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (41)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer