8j8z

Structure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 136.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-arrestin-1

Rattus norvegicus

UniProt P29066

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–418 链 B; UniProt 1–418 未记录 Fab30 Heavy Chain × 2 Fab30 Light Chain × 2 Atypical chemokine receptor 2 × 2 (O00590) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418 作者链 B; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418

Atypical chemokine receptor 2

物种未注明

UniProt O00590

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 338–355 链 V; UniProt 338–355 片段:C-terminal tail 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Beta-arrestin-1 × 2 (P29066) Fab30 Heavy Chain × 2 Fab30 Light Chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACKR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–18; UniProt 338–355 作者链 V; PDB构建体 1–18; UniProt 338–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8j8z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8j8z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8j8z
沉积日期 deposition_date2023-05-02
结构标题 titleStructure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp
关键词 keywordsGPCR, Arrestin, SIGNALING PROTEIN, SYGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; SYGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.78
零角强度 I(0) i0225837000.00
分子量 molecular_weight123840.0 kDa
排除体积 excluded_volume155820 ų
包络体积 envelope_volume216590 ų
水化壳体积 shell_volume47568 ų
包络直径 envelope_diameter143.2
壳层 Rg shell_rg43.14
包络 Rg envelope_rg38.96
形状 Rg shape_rg39.78
总 Rg total_rg39.97
总原子数 total_atoms8722
残基数 n_residues1136
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.7
Rg (实空间) rg_real40.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44
I(0) (实空间) i0_real2.2580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal225800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8758
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.4
偏度 Skewness skewness0.416
峰度 Kurtosis kurtosis-0.366
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17970000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.889

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)