8j9b

LnaB-actin binary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 193.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j9b
沉积日期 deposition_date	2023-05-03
结构标题 title	LnaB-actin binary complex
关键词 keywords	Legionella, AMPylation, Actin, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.14 Å
零角强度 I(0) i0	1972960000.00
分子量 molecular_weight	381020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	479110 Å³
包络体积 envelope_volume	800210 Å³
水化壳体积 shell_volume	104640 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.2 Å
壳层 Rg shell_rg	69.43 Å
包络 Rg envelope_rg	58.91 Å
形状 Rg shape_rg	63.16 Å
总 Rg total_rg	63.20 Å
总原子数 total_atoms	26804
残基数 n_residues	3374
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.3 Å
Rg (实空间) rg_real	63.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9730e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1976000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8197
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	92.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.588
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	58760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin gamma 1
分子量 formula_weight	41838.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	26804

MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

Entity 2 polymer

描述 description	Type IV secretion protein Dot
分子量 formula_weight	51122.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K

MLYFVLCDLKFNQFSRYPMSYQKIELSISLSLDSPKLDESDFILLSVKYLEKSLGKKKEFSGFFEDIEKLYFKQNYKEAIEKILDFCKKNESLLSEQVVQRLAEVAPRLKSNPKDNESRRLYETLYADHLESVIKQESDLSVFNELRDSYNAVKPEYAVTHETEIKTLDEAKQFILSFVMLNDNVELPLKAQSERYPKKDRSREELGNTPSANPGIMKPNSPNFTDNLVPVRDVPKIAINEKVAGGYSKTKPTTPFVASLSGTTYSLMVVLTDYIEKHKTDKDIEKKVNQIINLWISSYIKEGYHSYSEVVDVLTEPFLQSIFDKANIKLNYGVLDDTHAEFRKAQDYVFGLTIQSAMHHELQERFKNKEKLQEEVKNFESGLNKLNQNVENTGRHREALNKLNEVFQDWSAGKKSYDAFKSESNQLIHDIESEEQKSNRG

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.577 Å
晶胞边长 b length_b	110.577 Å
晶胞边长 c length_c	407.927 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.420 Å
最低分辨率 resolution_low	62.100 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2870
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/j9/8j9b/8j9b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/8j9b/8j9b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/8j9b/8j9b.dat

LnaB-actin binary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)