SAXSdb — 8jg9

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jg9
沉积日期 deposition_date	2023-05-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer
关键词 keywords	II-A type anti-CRISPR protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.54 Å
零角强度 I(0) i0	2247130000.00
分子量 molecular_weight	348190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	415500 Å³
包络体积 envelope_volume	644230 Å³
水化壳体积 shell_volume	102060 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.2 Å
壳层 Rg shell_rg	58.40 Å
包络 Rg envelope_rg	49.07 Å
形状 Rg shape_rg	51.49 Å
总 Rg total_rg	51.87 Å
总原子数 total_atoms	24264
残基数 n_residues	2646
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.0 Å
Rg (实空间) rg_real	52.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2248000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.626
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	155400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.928

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	124158.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	24264

MKRNYILGLDIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRELINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYNNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPRIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	sgRNA
分子量 formula_weight	31304.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

GGUCUGCUAUUUCUAUUUACGUUUUAGUACUCUGGAAACAGAAUCUACUAAAACAAGGCAAAAUGCCGUGUUUAUCUCGUCAACUUGUUGGCGAGAUC

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5[alpha]

Entity 3 polymer

描述 description	AcrIIA15
分子量 formula_weight	20161.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

SMRKTIERLLNSELSSNSIAVRTGVSQAVISKLRNGKKELGNLTLNSAEKLFEYQKEMEKVDTWIVYRGRTADMNKSYIAEGSTYEEVYNNFVDKYGYDVLDEDIYEIQLLKKNGENLDDYDVDSDGINNYDKLDEFRESDYVDLEDYDYRELFENSSSQVYYHEFEITHE

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus delphini
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53344
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7722.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

ATAATTATGACAAATGTCATAGAAA

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7628.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TTTTCTATGACATTTGTCATAATTA

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72182

fit	/app/data/saxs_computation/jg/8jg9/8jg9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jg/8jg9/8jg9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jg/8jg9/8jg9.dat

Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)