SAXSdb — 8jj6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Negative elongation factor B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–560	未记录	Negative elongation factor complex member C/D × 1 （H0UI80） NELF-E × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M BICINE pH 8.5 and 20% v/v Polyethylene glycol 300	分辨率 2.72 Å R-free 0.262
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–560	未记录	Negative elongation factor complex member C/D × 1 （H0UI80） NELF-E × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M BICINE pH 8.5 and 20% v/v Polyethylene glycol 300	分辨率 2.72 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8JJ6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6GML Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF 提交 2018-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 V 42–580（539 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7PKS Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation 提交 2021-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7YCX The structure of INTAC-PEC complex 提交 2022-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 f 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric	链 v 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8UHA Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF - tilted 提交 2023-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8UHD Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF - post-translocated 提交 2023-10-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8UHG Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF - poised post-translocated 提交 2023-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric	链 V 1–554（554 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8UI0 Structure of poised transcription complex Pol II-DSIF-NELF - pre-translocated 提交 2023-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric	链 V 1–554（554 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8W8E human co-transcriptional RNA capping enzyme RNGTT 提交 2023-09-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.90 Å
9J0N Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9J0O Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9J0P Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc) 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 V 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9VD9 Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex 提交 2025-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric	链 f 1–580（580 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NELFB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–560； UniProt 1–560 作者链 B； PDB构建体 1–560； UniProt 1–560

Negative elongation factor complex member C/D

Homo sapiens

UniProt H0UI80

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 45–191	未记录	Negative elongation factor B × 1 （Q8WX92） NELF-E × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M BICINE pH 8.5 and 20% v/v Polyethylene glycol 300	分辨率 2.72 Å R-free 0.262
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 45–191	未记录	Negative elongation factor B × 1 （Q8WX92） NELF-E × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M BICINE pH 8.5 and 20% v/v Polyethylene glycol 300	分辨率 2.72 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H0UI80_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–147； UniProt 45–191 作者链 D； PDB构建体 1–147； UniProt 45–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jj6
沉积日期 deposition_date	2023-05-29
结构标题 title	Structure of the NELF-BCE complex
关键词 keywords	transcription elongation factor, negative transcription elongation factor(NELF), TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.74 Å
零角强度 I(0) i0	386723000.00
分子量 molecular_weight	166770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211100 Å³
包络体积 envelope_volume	322970 Å³
水化壳体积 shell_volume	57124 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.6 Å
壳层 Rg shell_rg	47.13 Å
包络 Rg envelope_rg	53.37 Å
形状 Rg shape_rg	52.80 Å
总 Rg total_rg	52.27 Å
总原子数 total_atoms	11726
残基数 n_residues	1462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.0 Å
Rg (实空间) rg_real	52.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	386200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5729
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.649
峰度 Kurtosis kurtosis	0.322
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	21280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.848; Smooth: 0.568

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Negative elongation factor B
分子量 formula_weight	63842.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11833

MFAGLQDLGVANGEDLKETLTNCTEPLKAIEQFQTENGVLLPSLQSALPFLDLHGTPRLEFHQSVFDELRDKLLERVSAIASEGKAEERYKKLEDLLEKSFSLVKMPSLQPVVMCVMKHLPKVPEKKLKLVMADKELYRACAVEVKRQIWQDNQALFGDEVSPLLKQYILEKESALFSTELSVLHNFFSPSPKTRRQGEVVQRLTRMVGKNVKLYDMVLQFLRTLFLRTRNVHYCTLRAELLMSLHDLDVGEICTVDPCHKFTWCLDACIRERFVDSKRARELQGFLDGVKKGQEQVLGDLSMILCDPFAINTLALSTVRHLQELVGQETLPRDSPDLLLLLRLLALGQGAWDMIDSQVFKEPKMEVELITRFLPMLMSFLVDDYTFNVDQKLPAEEKAPVSYPNTLPESFTKFLQEQRMACEVGLYYVLHITKQRNKNALLRLLPGLVETFGDLAFGDIFLHLLTGNLALLADEFALEDFCSSLFDGFFLTASPRKENVHRHALRLLIHLHPRVAPSKLEALQKALEPTGQSGEAVKELYSQLGEKLEQLDHRKPSPAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Negative elongation factor complex member C/D
分子量 formula_weight	16887.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

EGEDDAEVQQECLHKFSTRDYIMEPSIFNTLKRYFQAGGSPENVIQLLSENYTAVAQTVNLLAEWLIQTGVEPVQVQETVENHLKSLLIKHFDPRKADSIFTEEGETPAWLEQMIAHTTWRDLFYKLAEAHPDCLMLNFTVKLISDA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NELF-E
分子量 formula_weight	5712.9 kDa
突变 mutation	L8M, N20M, L30M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MLVIPPGMSEEEEALQKKFMKLKKKKKALMALKKQSSSSTTSQGGVKRSLY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	107

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.614 Å
晶胞边长 b length_b	166.709 Å
晶胞边长 c length_c	75.025 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	37.510 Å
R 因子 r_factor	0.2087
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2622

fit	/app/data/saxs_computation/jj/8jj6/8jj6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jj/8jj6/8jj6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jj/8jj6/8jj6.dat

Structure of the NELF-BCE complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Negative elongation factor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Negative elongation factor complex member C/D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)