8js6

Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with cyanide-bound ferric heme

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 169.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8js6
沉积日期 deposition_date	2023-06-19
最后修订 last_revision	2024-06-26
结构标题 title	Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with cyanide-bound ferric heme
关键词 keywords	heme-binding, PAS, coiled-coil, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.10 Å
零角强度 I(0) i0	1283890000.00
分子量 molecular_weight	288730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	357620 Å³
包络体积 envelope_volume	555030 Å³
水化壳体积 shell_volume	92165 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.2 Å
壳层 Rg shell_rg	53.81 Å
包络 Rg envelope_rg	49.49 Å
形状 Rg shape_rg	50.12 Å
总 Rg total_rg	50.19 Å
总原子数 total_atoms	20370
残基数 n_residues	2512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.3 Å
Rg (实空间) rg_real	50.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1284000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8577
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.411
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	168200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.767

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Sensor protein FixL
分子量 formula_weight	30655.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.13.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	20477

APTRVTHPPDDGRGEHFRVRIEGFGVGTWDLDLKTWALDWSDTARTLLGIGQDQPASYDLFLSRLEPDDRERVESAIKRVSERGGGFDVSFRVAGTSNAGQWIRARAGLIRDEAGTARHLSGIFLDIDEEKQVEGALRTRETHLRSILHTIPDAMIVIDGHGIIQLFSTAAERLFGWSELEAIGQNVNILMPEPDRSRHDSYISRYRTTSDPHIIGIGRIVTGKRRDGTTFPMHLSIGEMQSGGEPYFTGFVRDLTEHQQTQARLQELQSELV

来源 Source

来源生物 organism	Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 3 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	187.834 Å
晶胞边长 b length_b	198.733 Å
晶胞边长 c length_c	266.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.680 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2186
R_free r_free	0.2472

fit	/app/data/saxs_computation/js/8js6/8js6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/js/8js6/8js6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/js/8js6/8js6.dat

Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with cyanide-bound ferric heme

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction