8ju3

Mu phage tail fiber

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 158.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ju3
沉积日期 deposition_date	2023-06-24
结构标题 title	Mu phage tail fiber
关键词 keywords	bacteriophage, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.41 Å
零角强度 I(0) i0	17498000.00
分子量 molecular_weight	31227.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38359 Å³
包络体积 envelope_volume	59184 Å³
水化壳体积 shell_volume	15938 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.6 Å
壳层 Rg shell_rg	33.08 Å
包络 Rg envelope_rg	44.37 Å
形状 Rg shape_rg	43.37 Å
总 Rg total_rg	42.73 Å
总原子数 total_atoms	2203
残基数 n_residues	290
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5932
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.801
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.176
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	586400.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.030; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.008; Smooth: 0.610

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	;Tail fiber protein S,Tail fiber protein S' ;
分子量 formula_weight	52697.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2435

MFYIDNDSGVTVMPPVSAQRSAIVRWFSEGDGNNVITWPGMDWFNIVQAELLNTLEEAGIQPDKTKLNQLALSIKAIMSNNALLIKNNLSEIKTAGASAQRTARENLDIYDASLNKKGLVQLTSATDSPSETLAATAKAVKIAMDNANARLAKDRNGADIPNKPLFIQNLGLQETVNQASGALQQNQNGADIPGKDTFTKNIGACRAYSAWLNIGGDSQVWTTAQFISWLESQGAFNHPYWMCKGSWAYANNKVITDTGCGNICLAGAVVEVIGTRGAMTIRVTTPSTSSGGGITNAQFTYINHGDAYAPGWRRDYNTKNQQPAFALGQTGSTVGNDKAVGWNWNSGVYNANIGGASTLILHFNMNTGSCPAVQFRVNYRNGGIFYRSARDGYGFEADWSEIYTTTRKPSAGDVGAYTQAECNSRFITGIRLGGLSSVQTWNGPGWSDRSGYVVTGSVNGNRDELIDTTQARPIQYCINGTWYNAGSI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Mu
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681603
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.839 Å
晶胞边长 b length_b	63.839 Å
晶胞边长 c length_c	462.383 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.880 Å
R 因子 r_factor	0.1984
R_work r_work	0.1976
R_free r_free	0.2149

fit	/app/data/saxs_computation/ju/8ju3/8ju3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ju/8ju3/8ju3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ju/8ju3/8ju3.dat

Mu phage tail fiber

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)