8jwx

bottom segment of the bacteriophage M13 mini variant

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 133.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8jwx
沉积日期 deposition_date	2023-06-29
最后修订 last_revision	2024-01-03
结构标题 title	bottom segment of the bacteriophage M13 mini variant
关键词 keywords	M13, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.01 Å
零角强度 I(0) i0	539554000.00
分子量 molecular_weight	209380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	269550 Å³
包络体积 envelope_volume	364420 Å³
水化壳体积 shell_volume	68185 Å³
包络直径 envelope_diameter	201.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.35 Å
包络 Rg envelope_rg	50.82 Å
形状 Rg shape_rg	48.93 Å
总 Rg total_rg	49.19 Å
总原子数 total_atoms	14790
残基数 n_residues	1950
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.2 Å
Rg (实空间) rg_real	44.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	538800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7183
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.507
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.275
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1156
最高正则化参数 α highest_alpha	112200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.003; Oscil: 0.872; Stabil: 0.962; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Attachment protein G3P
分子量 formula_weight	42573.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,A,F,K,T
原子数 atom_count	14790

AETVESCLAKPHTENSFTNVWKDDKTLDRYANYEGCLWNATGVVVCTGDETQCYGTWVPIGLAIPENEGGGSEGGGSEGGGSEGGGTKPPEYGDTPIPGYTYINPLDGTYPPGTEQNPANPNPSLEESQPLNTFMFQNNRFRNRQGALTVYTGTVTQGTDPVKTYYQYTPVSSKAMYDAYWNGKFRDCAFHSGFNEDPFVCEYQGQSSDLPQPPVNAGGGSGGGSGGGSEGGGSEGGGSEGGGSEGGGSGGGSGSGDFDYEKMANANKGAMTENADENALQSDAKGKLDSVATDYGAAIDGFIGDVSGLANGNGATGDFAGSNSQMAQVGDGDNSPLMNNFRQYLPSLPQSVECRPFVFGAGKPYEFSIDCDKINLFRGVFAFLLYVATFMYVFSTFANILRNKES

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage M13
通用名 common_name	Bacteriophage M13
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1977402
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein G8P
分子量 formula_weight	5243.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	15

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,S,B,C,D,G,H,I,L,M,N,V,W,X

AEGDDPAKAAFNSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKLFKKFTSKAS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage M13
通用名 common_name	Bacteriophage M13
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1977402
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 3 polymer

描述 description	Head virion protein G6P
分子量 formula_weight	12358.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,E,J,O,Y

MPVLLGIPLLLRFLGFLLVTLFGYLLTFLKKGFGKIAIAISLFLALIIGLNSILVGYLSDISAQLPSDFVQGVQLILPSNALPCFYVILSVKAAIFIFDVKQKIVSYLDWDK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage M13
通用名 common_name	Bacteriophage M13
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1977402
宿主生物 host_organism	Escherichia

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	45177

fit	/app/data/saxs_computation/jw/8jwx/8jwx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jw/8jwx/8jwx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jw/8jwx/8jwx.dat

bottom segment of the bacteriophage M13 mini variant

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)