← 返回搜索
8kc9

Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to cyclosporin A

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 120.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl 3-hydroxylase 1

Homo sapiens

UniProt Q32P28

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–736 未记录 Cartilage-associated protein × 1 （O75718） Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B × 1 （P23284） DSN-MLE-MLE-MVA-BMT-ABA-SAR-MLE-VAL-MLE-ALA × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KC9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8K0E Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP heterodimer 提交 2023-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–736（736 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
8K0F Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, in its apo state 提交 2023-07-08 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–736（736 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8K0I Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, in its dual-ternary state 提交 2023-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–736（736 aa）
链 a 1–736（736 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
8K0M Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to 2-oxoglutarate 提交 2023-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–736（736 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8K17 Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to collagen alpha-1(I) chain 提交 2023-07-10 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–736（736 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P3H1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736

Cartilage-associated protein

Homo sapiens

UniProt O75718

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–401 未记录 Prolyl 3-hydroxylase 1 × 1 （Q32P28） Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B × 1 （P23284） DSN-MLE-MLE-MVA-BMT-ABA-SAR-MLE-VAL-MLE-ALA × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KC9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8K0E Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP heterodimer 提交 2023-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–401（401 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
8K0F Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, in its apo state 提交 2023-07-08 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–401（401 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8K0I Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, in its dual-ternary state 提交 2023-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–401（401 aa）
链 b 1–401（401 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
8K0M Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to 2-oxoglutarate 提交 2023-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–401（401 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8K17 Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to collagen alpha-1(I) chain 提交 2023-07-10 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–401（401 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRTAP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–401； UniProt 1–401

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase B

Homo sapiens

UniProt P23284

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–216 未记录 Prolyl 3-hydroxylase 1 × 1 （Q32P28） Cartilage-associated protein × 1 （O75718） DSN-MLE-MLE-MVA-BMT-ABA-SAR-MLE-VAL-MLE-ALA × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KC9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CYN CYCLOPHILIN B COMPLEXED WITH [D-(CHOLINYLESTER)SER8]-CYCLOSPORIN 提交 1995-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–208（178 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.85 Å
3ICH Crystal structure of cyclophilin B at 1.2 A resolution 提交 2009-07-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–216（183 aa） 片段：UNP residues 34-216
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；25% w/v PEG 1500, 0.1M MMT buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.20 Å R-free 0.162
3ICI Crystal structure of cyclophilin B in complex with calmegin fragment 提交 2009-07-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–216（183 aa） 片段：UNP residues 34-216
未记录 ZN ZINC ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；22% w/v PEG 8000, 10mM ZnCl2, 0.1M Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3ICI Crystal structure of cyclophilin B in complex with calmegin fragment 提交 2009-07-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 34–216（183 aa） 片段：UNP residues 34-216
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；22% w/v PEG 8000, 10mM ZnCl2, 0.1M Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
8K0F Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, in its apo state 提交 2023-07-08 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–216（216 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8K0I Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, in its dual-ternary state 提交 2023-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–216（216 aa）
链 c 1–216（216 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
8K0M Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to 2-oxoglutarate 提交 2023-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–216（216 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8K17 Human collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to collagen alpha-1(I) chain 提交 2023-07-10 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–216（216 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPIB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8kc9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8kc9
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8kc9
沉积日期 deposition_date2023-08-06
最后修订 last_revision2024-09-18
结构标题 titleHuman collagen prolyl processing enzyme complex, P3H1/CRTAP/PPIB heterotrimer, bound to cyclosporin A
关键词 keywordscomplex, hydroxylase, collagen, ER protein, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.59 Å
零角强度 I(0) i0291361000.00
分子量 molecular_weight137840.0 kDa
排除体积 excluded_volume172480 ų
包络体积 envelope_volume243940 ų
水化壳体积 shell_volume55995 ų
包络直径 envelope_diameter121.3 Å
壳层 Rg shell_rg42.55 Å
包络 Rg envelope_rg35.98 Å
形状 Rg shape_rg36.60 Å
总 Rg total_rg36.97 Å
总原子数 total_atoms9714
残基数 n_residues1188
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.0 Å
Rg (实空间) rg_real37.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal291400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8872
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.4 Å
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.360
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52330000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.922
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)