8odx

Interleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with antagonistic FAb4 fragment and VHH.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 136.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8odx
沉积日期 deposition_date	2023-03-09
结构标题 title	Interleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with antagonistic FAb4 fragment and VHH.
关键词 keywords	receptor, fibronectin, antagonist, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.33 Å
零角强度 I(0) i0	133463000.00
分子量 molecular_weight	90623.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112420 Å³
包络体积 envelope_volume	155550 Å³
水化壳体积 shell_volume	37135 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.61 Å
包络 Rg envelope_rg	39.71 Å
形状 Rg shape_rg	39.31 Å
总 Rg total_rg	39.40 Å
总原子数 total_atoms	6382
残基数 n_residues	834
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7676
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.704
峰度 Kurtosis kurtosis	0.049
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9514000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.675; Smooth: 0.192

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-12 receptor subunit beta-1
分子量 formula_weight	40884.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6382

MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAEPPENPPQPQVRFSVEQLGQDGRRRLTLKEQPTQLELPEGCQGLAPGTEVTYRLQLHMLSCPCKAKATRTLHLGKMPYLSGAAYNVAVISSNQFGPGLNQTWHIPADTHTEPVALNISVGTNGTTMYWPARAQSMTYCIEWQPVGQDGGLATCSLTAPQDPDPAGMATYSWSRESGAMGQEKCYYITIFASAHPEKLTLWSTVLSTYHFGGNASAAGTPHHVSVKNHSLDSVSVDWAPSLLSTCPGVLKEYVVRCRDEDSKQVSEHPVQPTETQVTLSGLRAGVAYTVQVRADTAWLRGVWSQPQRFSIEGTSDEVDGGSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGRTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	FAb4 Heavy chain
分子量 formula_weight	26776.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGWSCIILFLVATATGVHSQVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFTSYGMSWVRQAPGKGLEWVAGISYDASDTEYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARSPDYIIDYGFDYWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1131344
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	anti Kappa Light chain VHH
分子量 formula_weight	18058.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MGKYLLPTAAAGLLLLAAQPAMAHHHHHHSSGLVPRGSHMSDEVDGQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	FAb4 Light chain
分子量 formula_weight	25204.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MGVKVLFALICIAVAEAAIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSDLAWYQQKPGKAPKLLIYDASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYWWYPFTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1131344
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	231.402 Å
晶胞边长 b length_b	231.402 Å
晶胞边长 c length_c	231.402 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	213
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	4.400 Å
最低分辨率 resolution_low	81.810 Å
R 因子 r_factor	0.2827
R_work r_work	0.2796
R_free r_free	0.3115

fit	/app/data/saxs_computation/od/8odx/8odx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/8odx/8odx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/8odx/8odx.dat

Interleukin 12 receptor subunit beta-1 Fn domains in complex with antagonistic FAb4 fragment and VHH.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)