SAXSdb — 8xrp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xrp
沉积日期 deposition_date	2024-01-07
结构标题 title	The Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and receptor subunit beta-2 complex
关键词 keywords	IL-12, IL-12RB1, IL-12RB2, receptor complex, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.96 Å
零角强度 I(0) i0	2444490000.00
分子量 molecular_weight	409490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	510510 Å³
包络体积 envelope_volume	845400 Å³
水化壳体积 shell_volume	120390 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.0 Å
壳层 Rg shell_rg	60.05 Å
包络 Rg envelope_rg	60.36 Å
形状 Rg shape_rg	61.00 Å
总 Rg total_rg	60.79 Å
总原子数 total_atoms	28740
残基数 n_residues	3560
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.3 Å
Rg (实空间) rg_real	61.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8080e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2443000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8510
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.516
峰度 Kurtosis kurtosis	0.099
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	179100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.729

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-12 subunit alpha
分子量 formula_weight	23781.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	28740

LSLARNLPVATPDPGMFPCLHHSQNLLRAVSNMLQKARQTLEFYPCTSEEIDHEDITKDKTSTVEACLPLELTKNESCLNSRETSFITNGSCLASRKTSFMMALCLSSIYEDLKMYQVEFKTMNAKLLMDPKRQIFLDQNMLAVIDELMQALNFNSETVPQKSSLEEPDFYKTKIKLCILLHAFRIRAVTIDRVMSYLNASHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-12 subunit beta
分子量 formula_weight	34811.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

AIWELKKDVYVVELDWYPDAPGEMVVLTCDTPEEDGITWTLDQSSEVLGSGKTLTIQVKEFGDAGQYTCHKGGEVLSHSLLLLHKKEDGIWSTDILKDQKEPKNKTFLRCEAKNYSGRFTCWWLTTISTDLTFSVKSSRGSSDPQGVTCGAATLSAERVRGDNKEYEYSVECQEDSACPAAEESLPIEVMVDAVHKLKYENYTSSFFIRDIIKPDPPKNLQLKPLKNSRQVEVSWEYPDTWSTPHSYFSLTFCVQVQGKSKREKKDRVFTDKTSATVICRKNASISVRAQDRYYSSSWSEWASVPCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-12 receptor subunit beta-2
分子量 formula_weight	34627.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

KIDACKRGDVTVKPSHVILLGSTVNITCSLKPRQGCFHYSRRNKLILYKFDRRINFHHGHSLNSQVTGLPLGTTLFVCKLACINSDEIQICGAEIFVGVAPEQPQNLSCIQKGEQGTVACTWERGRDTHLYTEYTLQLSGPKNLTWQKQCKDIYCDYLDFGINLTPESPESNFTAKVTAVNSLGSSSSLPSTFTFLDIVRPLPPWDIRIKFQKASVSRCTLYWRDEGLVLLNRLRYRPSNSRLWNMVNVTKAKGRHDLLDLKPFTEYEFQISSKLHLYKGSWSDWSESLRAQTPEEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 4 polymer

描述 description	Interleukin-12 receptor subunit beta-1
分子量 formula_weight	24736.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

CRTSECCFQDPPYPDADSGSASGPRDLRCYRISSDRYECSWQYEGPTAGVSHFLRCCLSSGRCCYFAAGSATRLQFSDQAGVSVLYTVTLWVESWARNQTEKSPEVTLQLYNSVKYEPPLGDIKVSKLAGQLRMEWETPDNQVGAEVQFRHRTPSSPWKLGDCGPQDDDTESCLCPLEMNVAQEFQLRRRQLGSQGSSWSKWSSPVCVPPENPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	423691

fit	/app/data/saxs_computation/xr/8xrp/8xrp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xr/8xrp/8xrp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xr/8xrp/8xrp.dat

The Cryo-EM structure of IL-12, receptor subunit beta-1 and receptor subunit beta-2 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)