8oki

Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex bound to Spt4/5

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N

Pyrococcus furiosus DSM 3638

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A5C0XPL7_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–910； UniProt 1–910

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U0M3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8U0M3_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1117； UniProt 1–1117

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U0M5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO1C_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U0E4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO3_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

Transcription elongation factor Spt5

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8TZK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPT5_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U0M2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO5_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

Transcription elongation factor Spt4

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U440

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPT4_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–61； UniProt 1–61

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U0E8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO6_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–57； UniProt 1–57

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U4N1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO11_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt P60292

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO10_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8TZI3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPO12_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–49； UniProt 1–49

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U439

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 × 1 （Q8U216） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8U439_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–189； UniProt 1–189

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4

Pyrococcus furiosus DSM 3638

UniProt Q8U216

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 2 RNA 1	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N × 1 （A0A5C0XPL7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8U0M3） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C × 1 （Q8U0M5） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 × 1 （Q8U0E4） Transcription elongation factor Spt5 × 1 （Q8TZK1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 × 1 （Q8U0M2） Transcription elongation factor Spt4 × 1 （Q8U440） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 × 1 （Q8U0E8） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 × 1 （Q8U4N1） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 × 1 （P60292） DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 × 1 （Q8TZI3） DNA Template Strand × 1 DNA Non-Template Strand × 1 RNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 × 1 （Q8U439） ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q8U216_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8oki
沉积日期 deposition_date	2023-03-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex bound to Spt4/5
关键词 keywords	RNA, Polymerase, Elongation complex, Pyrococcus furiosus, DNA, Archaea, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8oki__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8oki__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8oki__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.80 Å
Rg（电子密度）	49.99 Å
总 Rg	50.20 Å
原子数	28556
残基数	3482
排除体积	508370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8oki__assembly_1__model_1`	16-meric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N
分子量 formula_weight	103612.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
突变 mutation	0
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	28556

MQSMKKVIGSIEFGILSPQEIRKMSAVEVTVPDTYDDDGYPIEGGVMDKRMGVIDPGLRCETCGGRAGECPGHFGHIELARPVIHVGFAKTIYRILESTCRECGRIKLTDEEIEEYMKKIELARNRRSEFNEIIKEIHKKAKERMVCPHCGAPQYPIKFEKPTIYWEIRKDEQGNEYRHRLMPTEVRDWLEKIPDKDLPLLGLDPEKSRPEWMVLTVLPVPPVTARPSITLETGIRAEDDLTHKLVDIIRINNRLKQNIEAGAPQLIIEDLWDLLQYHVTTYINNEAPGVPPAKHKSGRPLKTLAQRLKGKEGRFRGNLSGKRVNFSARTVISPDPMISINEVGVPVEVAMELTVPEKVTEFNIERLRKMVLNGPDKYPGANYVIDPEGRRRRIMDSNKETLANQLDIGWTVERHLMDGDIVLFNRQPSLHRMSIMAHRVRVMPYRTFRLNLAVCPPYNADFDGDEMNLHVPQTEEAQAEARILMEVQNHIISPRYGGPIIGGIQDHISGGYLLTREGAYFTRDEVEQMLMFAGVDITELPEPDKYDENGNPLWSGKTIFSLLLPEDLTVWYRNKLCDEPERCEALEKLIEEKLMPDPEEVRKLAYDGFVYIQNGKLLSGAIDKKAYGREDGIILDLIVREYGVERARQFLDQVTKLTIWVITHKGFTTGIDDEDLPEEARDRIREIIREAEERVNKLIEAYKRGELEPLPGKSLEDTLESLIMAVLAEARDNAGAVAEKYLGMDNHTVIMAKTGARGKILNITQMAALLGQQSIRGKRLYRGFRGRVLSHFKPGDLGARAKGFVVNSYKSGLTPQEYFFHAMGGREGLVDTAVRTAQSGYMQRRLINALQDLKVEYDGTVRSPEGIIVQFKYGEDGVDPMKSWRGKTVDVDRIIVRTLLKMRGNNKAKV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	127188.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRGPTVVDVTPDDLWIVMESYWQEKGLVRQHLDSYNAFIERGLQEVVNEFGGIKPDIPDFEVKFGKIRVGEPEFQEPHGQRKPLYPMDARIRNLTYAAPLYLEMIPVIKGVEQDPVEVRIGELPIMLKSKVCRLYGLSDEELIKLGEDPKDPGGYFIINGSERVIVSIEDIAPNRTLVEKDERQEKYIAKVFSYRHGYRALVAVERRKDGILYVDIPNVPKPVKFVYVMRALGLERDKDIVEAVGNDPEVQQIMFDNLEDASDITTQQEALEFIGKLVAPGQAREYRLKRAEYVIDNNLLPHMGVSPEDRIKKAYYLGMMALKVIELSLGRRPEDDKDHYANKRLRLAGDLLKDLFRVAFSQLVKDIQYQMTKTYQRKGDKYTFGNIHRFIRNSIRPDVLTERIEHALATGAWPGGRTGVSQLLDRTNYMSTLSHLRRVTSPLDREQPHFEARDLHGTHWGRICPTETPEGPNCGLVKNLALMAQITTAVPEEEIREYLMSLGIVPIEVRRPDPTLWRVYLNGVLIGTIEDGKALVQRIRQDRRSGKISDVINVAYYEDVKEVYVNSDDGRVRRPLIIVENGVPKLTKEHVQAVKEGRLKWSDLIKMGIIEYLDAEEEENAYVAMWPWEVTEEHTHLELMPAAILGLPASLVPYPEHNAAPRNTYGAGMAKQSLGLGWANFRIRVDTRGHLLHYPQIPLVNSRIMKAVGYEDRPAGQNFVVAVLAYQGYNMEDAIIINKASIERGLARSTFFRTYEAEEKKYLGGQTDKFEIPDPTVRGYRGEKYYRNLDEDGLIFPESKVEGKDVLVGRTSPPRFLEERGLGTVSLQERRETSVAVRPSEKGVVDKVIITETGDGTKLVKVTVRDLRIPELGDKFASRHGQKGVIGLIVPQEDMPWTESGIVPDLIVNPHGIPSRMTVGQLIEAIGGKVASLKGRRVDGTAFIGEPEEKLRKELEELGFKHTGREIMYDGITGKRLEADIFIGVIYYQRLHHMVADKIHARSRGPVQVLTKQPTEGRAREGGLRFGEMERDVLVGHGAAMLLIERLLEESDKTEVWVCENCGHIALEDKRRRRVYCPVCGEEERISKVEMSYAFKLLLDELKAMVIRPKLNLSERV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C
分子量 formula_weight	44468.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVSLSTIKSLIEKKGANLPENVKSELYEKLKKYNEKYKLTKAEIEAIIDDVVKEYERALVEPGEPVGTVAAQSIGEPSTQMTLNTFHYAGVAEINVTLGLPRIIEIVDARKNPSTPMMTVYLDEEHRYDRAKAEEVARRIEGTTLENLARSTTLDLINFEFIVEIDPERLERSGLTMEKVVKKLESSFKSAEFEVDGYTLIVRPKKADKISDLRRFAEKIKKHRLKGLSGVGKTIVRKEGDEYVIYTEGSNFKQVLKVPGVDPTRTRTNNIHEIAEVLGIEAARNAIIDEIVSTMQEQGLEVDIRHIMLVADMMTLDGIVRPIGRHGVVGEKSSVLARAAFEITVQHLFEAAEKGEVDNLNGVIENVLIGQPVPVGTGMVKLTMKLPLRPQKEKEEV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3
分子量 formula_weight	31688.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAGIEVQILEKKEDSIKFVLKGVHVSFANALRRTILGEVPTFAVDEVEFYENDSALFDEIIAHRLAMIPLTTPVDRFELDALELDDYTVTLSLEAEGPGIVYSGDLKSDDPDVKPVNPNIPIVKLAEGQRLVFNAYAKLGRGKDHAKWQPGFVYYKYYTIVHISKSIPEWKELKKLAKKRGLPVEETEEEVLVTTIKPFYIPKDFEEYEGKEIWEEIVPNTYIFTVETNGELPVEEIVSIALKILMRKADRFISELQKLTSWSHPQFEKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Transcription elongation factor Spt5
分子量 formula_weight	16816.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAGKIFAVRVTHGQEETTAKLIYSKVRTYNLPIYAILAPSRVKGYIFVEAPNKGVVDEAIRGIRHARGVLPGEVPFKEIEHFLEEKPAVSGLEPGDLVEVIAGPFKGQKAKVVKIDESKDEVVVQFIDAIVPIPVTIKGDYVRLISKLQKEE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5
分子量 formula_weight	9260.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAGKKEFSIFDHVLVPEHRVLSEEEKKALLEKYKITLAQLPQIKASDPAVKALGAKPGDVIEIKRKSPTAGVYYYYRVVVED

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Transcription elongation factor Spt4
分子量 formula_weight	6965.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSEKACRHCHYITSEDRCPVCGSRDLSEEWFDLVIIVDVENSEIAKKIGAKVPGKYAIRVR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6
分子量 formula_weight	6243.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MFKYTRFEKARIIGARALQISMGAPVLIDVPPGITPLEAAILEFEKGVIPITVIRPS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11
分子量 formula_weight	11132.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MKIEVIKKEENLLEFYLEGEDHTFANLLVETLRENPHVKFTAYTIEHPITMARKPRFRVVTDGEITPEEALEEAAKKIFERAKEVLEAWEKAVKS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
分子量 formula_weight	7800.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MIVPVRCFTCGKVIGDKYYEFKRRVEAGEDPEKVLDDLGLERYCCRRMLLSHVELIDDIMHYRVY

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12
分子量 formula_weight	5770.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVEAVYRCFKCGREVKLDLSITRDLRCPYCGSKILYKPRPKVPRRVKAI

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA Template Strand
分子量 formula_weight	8043.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

GGGAAGTAGTTACGCCTGGTCATTAC

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	DNA Non-Template Strand
分子量 formula_weight	7932.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

GTAATGACCAGGCGTAACTACTTCCC

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	2909.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

GACCAGGCG

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7
分子量 formula_weight	21731.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MYKIVTVKDVVRIPPTMFTMDPKEAAKIILRETYEGTYDKDEGVILSILEVKDIKDGIIIPGDGATYHEVVFDVLVWEPKIHEVVEGYVADVMPFGAFIRIGPIDGLVHISQLMDDYVVYDERNKQFVGKEKKYLLKIGDLVRARIINISAKSKVIRENRIGLTMRQPGLGKFEWIEKEKKKEKEEGKK

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
分子量 formula_weight	14116.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MIGRGKLGEKYITIAEAKELLLKRREEEVKAGIEEPLYYEARLALEHAERFAKLPADKAKEAVEELMNAFEWMSDRIACKIVDIMPEDSMDLRVIFAKEEYQPTQEEMKQILDILDKYRE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Pyrococcus furiosus DSM 3638

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52527

Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus transcription elongation complex bound to Spt4/5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription elongation factor Spt5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription elongation factor Spt4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体