SAXSdb — 8ou0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ou0
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
结构标题 title	bovine sperm endpiece singlet microtubules (one tubulin dimer and associated microtubule inner proteins)
关键词 keywords	microtubule, microtubule inner protein, sperm, cilia, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.96 Å
零角强度 I(0) i0	220979000.00
分子量 molecular_weight	115980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143850 Å³
包络体积 envelope_volume	186920 Å³
水化壳体积 shell_volume	47936 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.63 Å
包络 Rg envelope_rg	31.96 Å
形状 Rg shape_rg	31.96 Å
总 Rg total_rg	32.55 Å
总原子数 total_atoms	8139
残基数 n_residues	1027
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9008
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin beta-4B chain
分子量 formula_weight	49877.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8139

MREIVHLQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLERINVYYNEATGGKYVPRAVLVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEGEFEEEAEEEVA

Entity 2 polymer

描述 description	Stabilizer of axonemal microtubules 1
分子量 formula_weight	54672.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAPTKGKCVCELCSCGRHHCPHLPTKIYDKTEKPCLLSEYTENYPVYHSYLPRESFKPKMDYQRACTPMEGLTTSRRDFGPHKVLPVKIHQPNPFVPSEENMDLQTTYKQDYNPYPLCRVDPFKPRDSKYPCGDKMESLPTYKADYLPWNQPRRELLRPPHHYRPASTKFDSRTTQQDDYSMKGLVNTRSCKPPAVPKLCNVPLEDLTNYKMSYVAHPLEKRFVHESEKFRPCEIPFESLTTHKESYRGLMGEPAKSLKPPARPYGLDTPFSNTTEFRDKYQAWPTPQVFSKPPSMYVPPEEKMDLLTTVQTHYTYPKGAPAESCRPALSVKKGGRFEGSTTTKEDYKQWASTRTEPAKPIPQLNLPTEPLDCLTTARAHYVPHLPMMTKSCKPVWSGPQGNIPVEGQTTYTISFTPKEMSRCLASYPEPPGYIFEEIDALGHRIYRPVSQTGSRRSSRFSVGDSENPNQQELTVSA

Entity 3 polymer

描述 description	Sperm acrosome associated 9
分子量 formula_weight	25174.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MMNEVKESLRSVEQKYKIFQQQQFTFIGALEHCRENAHDKIRPISSIGQVQSYMEHHCSNSTDRRILLMFLDICSELSKLCQHFEALHAGTPVTNNLLEKCKTLVSQSNDLSSLRAKYPHDVVNHLSCDEARNHYGGVVSLIPIILDLMKEWVAHSEKLPRKALQQVSEPQAATRATAHAPQASGTQPQLRKQNCGQLIQNIPKPGGKDQGSSKPPWRPPGGKL

Entity 4 polymer

描述 description	Tubulin alpha-3 chain
分子量 formula_weight	49978.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVVDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIVDLVLDRIRKLADLCTGLQGFLIFHSFGGGTGSGFASLLMERLSVDYGKKSKLEFAIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCMLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKLDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDLAALEKDYEEVGVDSVEAEAEEGEEY

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	8ou0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	8ou0A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8ou0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain

结构域编号 domain_id	8ou0B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	8ou0B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Helix hairpin bin

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	240292

fit	/app/data/saxs_computation/ou/8ou0/8ou0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ou/8ou0/8ou0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ou/8ou0/8ou0.dat

bovine sperm endpiece singlet microtubules (one tubulin dimer and associated microtubule inner proteins)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)